Вторым фильмом для Avco мог стать «Филадельфийский эксперимент» (1984), но Карпентер был недоволен собственным сценарием и отказался от проекта. Вместо этого он начал работу над научно-фантастическим боевиком-антиутопией «Побег из Нью-Йорка» (1981). По сюжету власти США превратили остров Манхэттен в самую строго охраняемую тюрьму в мире. Ставший преступником ветеран спецслужб Змей Плискин вынужден отправиться туда, чтобы вызволить президента из рук террористов. Режиссер признался, что источником социальной и политической критики, содержащейся в фильме, во многом стала его нелюбовь к большим городам.
В 1981 году Карпентер приступил к съемкам «Нечто» ремейка классического хоррора о полярниках на изолированной от мира научно-исследовательской станции, вступивших в контакт с агрессивным инопланетным организмом. Выход фильма в прокат в июне 1982 года обернулся для Universal большим финансовым провалом, а для Карпентера стал одним из решающих моментов в карьере. Критики и зрители приняли картину крайне негативно, что вынудило студию разорвать с режиссером контракт на следующий проект. Желание сделать «Нечто» по-настоящему страшным фильмом сыграло с Карпентером злую шутку. Массовый зритель был шокирован натуралистичной репрезентацией телесных трансформаций на экране и не оценил гнетущую параноидальную атмосферу ленты. Полная идейная противоположность «Нечто» позитивный семейный фильм «Инопланетянин» Стивена Спилберга вышел на экраны месяцем раньше и стал самым кассовым хитом десятилетия. С Карпентером же теперь опасались работать все крупные студии Голливуда. С началом эпохи видеопроката «Нечто» обрел культовый статус и стал регулярно попадать в списки лучших хорроров всех времен. Режиссер до сих пор считает его своей лучшей работой.
Чтобы оправиться от провала «Нечто», в конце 1982 года Карпентер погрузился в работу сразу над несколькими новыми проектами. Один из них «Кристина» (1983), экранизация романа Стивена Кинга об автомобиле-убийце. Режиссер не скрывал, что взялся за потенциально прибыльный подростковый хоррор, только чтобы заработать. Однако «Кристина», поднимающая тему фетишистской увлеченности американской молодежи ретроавтомобилями, не оказалась тем большим хитом, на который он рассчитывал.
«Человек со звезды» (1984) стал попыткой Карпентера сыграть на поле семейного кино и повторить успех «Инопланетянина» Спилберга. Это романтическое роуд-муви о женщине с Земли и добром инопланетянине, принявшем обличие ее покойного мужа. Картина заметно выбивается из фильмографии режиссера, но при этом она получила преимущественно положительные оценки критиков, а исполнителя главной роли Джеффа Бриджеса даже номинировали на премию «Оскар». Это был первый и единственный раз, когда члены Американской киноакадемии отметили вниманием фильм Карпентера. В 1986 году историю «Человека со звезды» продолжил одноименный сериал телеканала ABC.
В период с 1984 по 1986 год Карпентер отказался от работы над несколькими фильмами, впоследствии ставшими хитами. Среди них «Лучший стрелок» (1986), «Золотой ребенок» (1986) и «Роковое влечение» (1987). Вместо этого режиссер посвятил себя «Большому переполоху в маленьком Китае» (1986), совместившему элементы фэнтези, комедии, приключений и фильмов о кунг-фу. Картина прославилась своими сценами с участием китайских мастеров боевых искусств и иронией над образом гипермаскулинного героя американского боевика 1980-х, но окупиться в прокате все же не смогла. Одной из причин неудачи считается перенасыщенность рынка того времени приключенческими фильмами: массовый зритель не хотел идти на еще один, как ему казалось, клон «Индианы Джонса».
В 1987 году автор заключил сделку на производство четырех фильмов с Alive Films. Студия была готова выделить на каждый проект всего по 3 миллиона долларов, но при этом давала режиссеру полную творческую свободу. Так Карпентер вернулся к созданию низкобюджетных независимых фильмов, которые прославили его в 1970-х. Первым проектом в сделке стал хоррор «Князь тьмы» (1987), развивавший идеи «Нечто». Фильм посвящен теме прихода Антихриста и роли союза между наукой и религией в предотвращении Апокалипсиса.
Вторым фильмом в сделке с Alive Films стал научно-фантастический боевик «Чужие среди нас» (1988) экранизация рассказа Рэя Нельсона «В восемь утра». Сюжет о бездомных работягах, обнаруживших с помощью специальных солнцезащитных очков, что богачи и представители власти являются инопланетянами, превратившими Землю в сырьевой придаток, критикует американский капитализм, общество потребления и популярную культуру 1980-х. «Чужие среди нас» культовая классика Карпентера и самый политизированный из его фильмов. С точки зрения философа Славоя Жижека, он показывает упорство людей в нежелании видеть диктатуру, скрытую в демократии западного образца[3].
Снятые для Alive Films картины окупились в прокате, однако студия решила досрочно разорвать контракт с режиссером. Одна из возможных причин конфликт Карпентера с Universal, которой принадлежала Alive Films. В 1988 году режиссер развелся с Эдриенн Барбо, а в 1989 году отказался стать постановщиком «Изгоняющего дьявола III». В 1990 году Карпентер взял в жены кинопродюсера Сэнди Кинг. К съемкам он вернулся только в 1991 году в качестве режиссера гибрида ромкома и научной фантастики «Исповедь невидимки» (1992) о биржевом трейдере, который становится абсолютно невидимым в результате ошибки ученых. Фильм не понравился критикам и провалился в прокате, а Карпентер всерьез задумался о завершении режиссерской карьеры.
В 1993 году вместе с другим культовым мастером ужасов Тоубом Хупером Карпентер выпустил фильм-антологию «Мешки для трупов», для которой снял две из трех коротких новелл «Бензоколонка» и «Волосы». Сам режиссер появился в кадре в роли рассказчика коронера на ночной смене в морге. Изначально проект задумывался как аналог «Баек из склепа» (19891996), но от сериала было решено отказаться в пользу полуторачасового телефильма, который в итоге был тепло принят критиками и зрителями.
В феврале 1995 года Карпентер выпустил заключительную часть своей «Трилогии Апокалипсиса» (куда также вошли «Нечто» и «Князь тьмы») хоррор «В пасти безумия» о книгах известного писателя, которые сводят читателей с ума и открывают портал в мир древних чудовищ. Картина наполнена отсылками к творчеству Говарда Лавкрафта, а в образе зловещего писателя считывается сатира на Стивена Кинга.
В апреле 1995-го в прокат выходит второй фильм Карпентера за год ремейк классического хоррора Вульфа Риллы 1960 года «Деревня проклятых» о жутких детях-инопланетянах, прибывших из далекого космоса, чтобы захватить планету. Картина не стала успешной и даже получила номинацию на антипремию «Золотая малина». Карпентер считает, что провал связан с ошибкой прокатчика, выпустившего фильм на экраны сразу же после крупнейшего теракта в Оклахома-Сити, в результате которого погибли 168 человек, включая 19 детей.
В 1996 году Карпентер выпускает «Побег из Лос-Анджелеса» продолжение и одновременно ремейк «Побега из Нью-Йорка». Сценарий фильма был написан еще в 1985 году, но не нравился Карпентеру. Протесты 1992 года и разрушительное землетрясение в Лос-Анджелесе помогли режиссеру по-новому взглянуть на историю и показать зрителю еще более мрачное и гротескное будущее Америки, за власть в которой теперь сражаются религиозные фанатики и террористы-мигранты из стран третьего мира.