Историческая концепция Морозова и опровержение им традиционного христианства тесно связаны между собой. К новому взгляду на историю он пришел от изучения Библии и богословской литературы. Первоначально в заключении из книг ему оказалось доступно только Св. Писание.
Морозов не был историком в точном смысле этого слова; его излюбленной сферой научной деятельности всегда были точные науки - физика, химия, математика. Историю как точное летоисчисление он открыл для себя, занимаясь теологическими вопросами, в частности, астрономической экзегезой Апокалипсиса.
Об этом он сам сообщает в письме к матери из крепости от 13 февраля 1904 г.: "Одно время (хотя уже давно) у меня не было другого чтения, кроме Библии, и, перечитав ее несколько раз, я и до сих пор помню наизусть очень многие ее места. К некоторым из библейских книг я относился особенно внимательно, так как в них нередко говорится о таких предметах, которые меня особенно интересуют, например о географических представлениях прошлых поколений человечества. Но более всего заинтересовал меня Апокалипсис, в котором, кроме чисто теологической части, есть прекрасные по своей художественности описания созвездий неба с проходившими по ним планетами, и облаков бури, пронесшейся в тот день над островом Патмосом.
Однако всю прелесть этого описания может понять только тот, кто хорошо знаком с астрономией и ясно представляет себе все виды прямых и понятных путей, по которым совершаются кажущиеся движения описанных в Апокалипсисе коней-планет, и кто хорошо помнит фигуры и взаимные положения сидящих на них зверей - созвездий Зодиака, с их бесчисленными очами-звездами. Тот, кто не знает вида звездного неба, кто не может сразу показать, где находятся в данное время дня и года описанные там созвездия Агнца или Овна, Весов, Тельца, Льва, Стрельца, Алтаря, Дракона и Персея, кто никогда не читал в старинных книгах о древнем символе смерти - созвездии Скорпиона, по которому несся тогда бледный конь Сатурн, или о созвездии Возничего с его конскими Уздами, до которых протянулась тогда, после грозы, кровавая полоса вечерней зари, или о созвездии Девы, которое было тогда "одето Солнцем", кто не видал в темную звездную ночь, как двадцать четыре старца-часа, на которые разделяется в астрономии небо, обращаются вокруг вечно неподвижного полюса, символа вечности, - для того будет совершенно потеряна вся чудная прелесть и поэзия лучших мест этой книги, и в голове его не останется ничего, кроме какого-то кошмара от всех этих "звериных фигур", с которыми он не может связать надлежащего представления!"
Тогда же его привлекает русская история: "Пересмотрел, между прочим, значительную часть Четьи-Минеи на славянском языке и вычитал в них такие вещи, каких даже и не подозревал... а я-то сначала думал, что эти толстые 12 томов, напечатанные древним славянским шрифтом на позеленелой от времени бумаге, очень скучная и сухая материя".
Постепенно Морозов втягивается в работу над древнерусскими источниками, все более убеждаясь, что астрономия позволяет пересмотреть многие явления отечественного средневековья, дать новую хронологию развития русской истории.
Это было тем более оправданно, что в отечественной науке с середины XIX в. под влиянием позитивизма развернулся острый спор о достоверности в истории, о значении природно-климатических факторов в историческом процессе. В этом споре приняли участие Т. Н. Грановский, П. Н. Кудрявцев, С. С. Уваров, К. Бер. К. Бер в работах "О влиянии внешней природы на социальные отношения отдельных народов и историю человечества" (1848) и "Человек в естественноисторическом отношении" (1851) предлагал рассматривать историю человечества как часть естественной истории, предполагая непосредственное влияние географических условий на ход исторического развития народов.
Точка зрения К. Бера безусловно важна для понимания того процесса, который привел к пересмотру истории с позиции естественных наук. К. Бер лишь обозначает новое направление в изучении истории. Гораздо больше совпадений обнаруживается у Морозова со взглядами С. С. Уварова, выступившего со статьей "Продвигается ли вперед историческая достоверность?". Сейчас эта статья мало известна, а в 1850 г. ее напечатали сразу два журнала различной политической ориентации- "Современник" и "Москвитянин". В статье Уварова сформулированы основные подходы и мотивы, позднее развитые в историческом творчестве Морозова. Это может вызвать недоумение, объяснимое, пожалуй, лишь тем, что оба ионии подходили к истории как к идеологической конструкции. Уваров, как известно, был автором, наверное, самой устойчивой идеологической формулы XIX в. - триады "православие, самодержавие, народность". Неясность и многозначность последнего члена триады, "народности", привели к его различным толкованиям. Уваров не первым стал употреблять термин "народность" как кальку с французских слов "nationalite" и "popularite", но благодаря его формуле этот термин вошел в более широкое употребление, вызвав к жизни, в конце концов, и такое самоназвание радикального движения, как "народники". Народники - терминологические наследники уваровской триады, - конечно же, по-иному понимали "народность". Для них "народность" была не вместе с "самодержавием" и "православием", а вместо "самодержавия" и "православия". В своей формуле Уваров утверждал те ценности, которые лежали в основе исторического существования России и которые народники нигилистически отрицали.
Ход рассуждений Морозова поразительным образом во многом совпадает с мыслями Уварова, но выводы их противоположны. Приведу несколько высказываний Уварова. Отошедший к тому времени от дел бывший министр народного просвещения приходил к заключению о сомнительности тех сведений, которые мы имеем о древней истории. "Конечно, - писал он, - история древних времен гадатель-на; это скорее дело веры, чем обсуждения. Потому-то и необходимо принимать ее почти в том самом виде, в каком передали ее нам поэты, историки и риторы. Прилагать светильник новейшей критики ко временам отдаленным - это один из тех подвигов учености, в которых только посвященные могут дать себе отчет; но если рассматривать историю в ее отношениях ко всей совокупности цивилизации, как пищу огромной массы, как цепь преданий, неразрывно переходящую из века в век и остающуюся навсегда в памяти народов, тогда, я думаю, будет ясно, что для последних условия новейшей истории почти точно таковы ж, каковы условия истории древнейших времен для тесного круга ученых. Притом же ум человеческий, столь наклонный к синтезу, одарен природным инстинктом стремиться к положительному в области приобретенных знаний и подчиняться охотно только установившемуся авторитету, будь он, впрочем, и условный". Морозов, со своей стороны, отказывается от любых авторитетов и последовательно, вплоть до опровержения, идет по пути критической проверки источников и сведений по древней истории. "История времен отдаленных, - пишет Уваров, - лишена достоверности оттого, что нельзя аналитически показать достоинство источников и опереться на непреложные свидетельства. История эта носит на себе очевидно печать условности..." Морозов, признавая эту условность, ищет необходимые методы аналитической проверки фактов далекого прошлого. Отмечая "гадательность" древней истории, Уваров говорит о том, что и древнем периоде человеческой истории мы имеем не достоверное, а только правдоподобное знание, т. е. "достоверность древней истории подлежит тем странным условиям, при которых правдоподобное становится истинным, и до которых едва касается искуснейший критический анализ". В силу этого, делает вывод Уваров, необходимо верить показаниям поэтов и древних летописцев. Он же отмечает зависимость древней истории не только от художественного воображения, но и от религии. "История имела у древних одно общее происхождение с религией и поэзией", -констатировал Уваров. Для Морозова клерикальная основа историографии становится главным предметом критики.