Ценнейшие сведения по военной истории Московского государства содержит документация Разрядного приказа, дьяки которого вели подробные записи назначений на все высшие военные должности. Сведения о них заносились в разрядные книги, первые записи которых восходят к событиям последней четверти XV в., подробно описывают участие командного звена русского войска в войнах XVI - первой половины XVII вв. Первое издание официальных разрядных книг относится к 1853 г. когда были опубликованы записи, относящиеся к первой четверти XVII в., в том числе сведения, касающиеся посылки воевод по городам во время Московского похода королевича Владислава 1617–1618 гг. При работе над использовались данные Разрядных книг 1475–1598 гг., 1559–1605 гг., 1475–1605 гг., 1550–1636 гг., 1598–1638 гг., а также изданные С. А. Белокуровым "Разрядные записи за Смутное время" (М., 1907), регистрировавшие перемещение служилых людей на военной, гражданской (административной) и придворной службе. Несмотря на фрагментарность сохранившихся записей, они отразили основные тенденции социально-политического развития русского общества, состояние дел в административно-управленческом аппарате, характер и основные направления распорядительной деятельности Разрядного приказа. Из частных разрядных книг, фиксировавших служебные назначения представителей одного из знатнейших московских родов, уникальностью сведений выделяется Разрядная книга князей Пожарских, хранящаяся в Отделе рукописей Российской государственной библиотеки (ОР РГБ). Сохранившийся рукописный список памятника датируется серединой XVII в. Он был сделан по заказу убитого под Конотопом в 1659 г. князя С. Р. Пожарского с не дошедшей до нас рукописи, принадлежавшей его знаменитому дяде Д. М. Пожарскому. Эта разрядная книга начинается описанием событий осады Кеси (Вендена) войском И. И. Голицына и В. Л. Салтыкова во время Ливонского похода Ивана Грозного 1577 г., а заканчивается 1605 г.
Не менее важным источником являются "десятни" - служебные списки дворян и детей боярских, составлявшиеся при их верстании, разборе и выдаче денежного жалованья, поэтому все сохранившиеся десятни можно разделить на три основных типа: верстальные, разборные и раздаточные. Некоторые из них опубликованы В. Н. Сторожевым и Ю. В. Готье, однако значительное число относящихся в основном к XVII в.
хранится в фонде Разрядного приказа Российского государственного архива древних актов в особом разделе "Дела десятен". Там же находятся "Книга сметная города Путивля", которую открывает ценнейший по содержанию наказ новоназначенным воеводам Б. М Нагому и П. Н. Бунакову, разборные книги донских атаманов и раздаточные книги о выдаче денежного жалованья военнослужащим полков солдатского, драгунского и рейтарского строя.
Важную информацию содержат указные, похвальные жалованные и ввозные грамоты, наказы, боярские приговоры, отписки воевод, станичных и заставных голов, прочетные грамоты городов эпохи Смутного времени, разрядные и разметные списки, росписи укреплений, служилых людей, оружия и снаряжения, расположения станиц и сторожевых застав, крестоцеловальные и поручные записи, челобитные, розыскные дела, расспросные речи, памяти Разрядного и других приказов, многие из которых опубликованы в различных археографических сборниках. Подробные сведения о землевладении служилых людей, состоянии крепостей, хранящемся в них военном имуществе можно почерпнуть из писцовых книг.
Среди остающихся неопубликованными документальных материалов наибольший интерес представляют росписи русской армии 1629, 1631, 1638 и 1650/1651 гг. Сведения, содержавшиеся в этих сводных ведомостях использовал А. В. Чернов, однако при подсчете численности отдельных разрядов служилых людей им были допущены ошибки. Определенную ценность представляют документы, посвященные засечному строительству, прежде всего наказная память засечному голове Михаилу Колупаеву, возглавлявшему работы по возведению укреплений в Тульском уезде. Документ датирован 1554 г. Введение его в научный оборот позволяет отбросить сомнения в существовании засек под Тулой, высказанные В. П. Загоровским. Также следует отметить большой комплекс поручных записей, данных посадскими людьми белозерским посадским старостам, "земским советным людям" и целовальникам по новоприборным стрельцам. Важным представляется факт зачисления на службу охочих людей на земском, а не царском жалованье, со своими самопалами. Эти обстоятельства были продиктованы временем проведения прибора, осуществлявшегося весной 1613 г., когда ослабевшая государственная власть могла руководить страной лишь в тесном контакте с "выборными земскими советными людьми".
В этих условиях даже стрелецкие головы и сотники не назначались Москвой, а избирались "миром".
В работе над книгой использованы акты из коллекции П. П. Шибанова (ОР РГБ), существенно дополняющие наши представления о событиях, происходивших на южных рубежах Московского государства в 40-х гг. XVII в. Среди находящихся в этой коллекции документов Чугуевской и Короченской съезжих изб большинство затрагивает вопросы организации обороны приграничных русских уездов, сообщает о вооруженных столкновениях с татарскими отрядами, состоянии укреплений и имеющемся вооружении. Лишь некоторые из актов, содержащих сведения об организации службы в Короченском остроге, были опубликованы. Уникальным по важности представляется сообщение о переводе в Чугуев 200 московских стрельцов. Информация об этом содержится в грамоте от 13 декабря 1642 г. местному воеводе Ивану Никифоровичу Бестужеву, которому предписывалось оказать содействие командовавшему стрельцами голове Богдану Озеренскому. Она позволяет опровергнуть утверждение о том, что принятое в начале 1640-х гг. решение московского правительства об устройстве на житье в южных городах 1200 московских стрельцов было реализовано лишь частично, путем перевода двух стрелецких сотен в Усерд. Наиболее категорично настаивал на этом В. А. Александров, не нашедший в фондах РГАДА других документов о переводе московских стрельцов в южные города. Обнаруженная нами в фондах ОР РГБ грамота об устроении в Чугуеве "на вечное житье" 200 московских стрельцов свидетельствует о том, что правительственная программа выполнялась не только в Усерде, но и в Чугуеве, а возможно, и в других южных крепостях.
В XVI–XVII вв. создается ряд наставлений и уставов, посвященных регламентации службы ратных людей. Первым значительным памятником такого рода стал "Боярский приговор о станичной и сторожевой службе", составленный в 1571 г. особой комиссией во главе с кн. М. И. Воротынским. К участию в ней были привлечены также станичные головы и вожи, знавшие слабые места в действовавшей системе пограничной обороны. Зарубежный и русский опыт военных действий конца XVI–XVII вв. был обобщен в "Уставе ратных, пушечных и других дел, касающихся до военной науки", подготовленном подъячим Посольского приказа Онисимом Михайловым на основе изучения переводных сочинений и собственного опыта. Наконец, после появления в составе русской армии полков солдатского, драгунского и рейтарского строя, появилась необходимость в печатных наставлениях для обучения военному делу новобранцев. Отчасти потребность в них была реализована публикацией в 1647 г. значительным тиражом (1200 экз.) труда И. И. Вальгаузена "Военное искусство пехоты", в русском переводе получившим название "Учение и хитрость ратного строения пехотных людей".
Другая группа источников представлена нарративными памятниками: летописями, хронографами и воинскими повестями XVI–XVII вв.
Подробные сведения о событиях русской военной истории конца XV - начала XVI в. содержат Софийская, Воскресенская, Ермолинская, Львовская, Вологодско-Пермская, Типографская, Тверская, Новгородская IV, Псковские 1 и 2, Холмогорская, Устюжская, Иоасафовская летописи, Степенная книга царского родословия, Архангелогородский и Двинский летописцы, летописные записи Марка Левксинского, Летописчик Игнатия Зайцева, краткие летописцы Кирилло-Белозерского монастыря.
Крупнейшим памятником русского летописания XVI в. является Никоновская летопись, получившая свое название по одному из списков, принадлежавших патриарху Никону. В первоначальной редакции ее изложение доводилось до 1520 г., однако ряд списков Никоновской летописи (Патриарший и др.) дополнен рассказом о событиях середины XVI в. и более позднего времени. Многие известия Никоновской летописи уникальны, они дошли до нас только в составе этого свода.
Официальную трактовку общественно-политическому развитию Московского государства конца XVI - начала XVII вв. дал "Новый летописец". Он был завершен, как показывает анализ отраженных в памятнике событий, летом 1630 г. (после рождения царевны Анны Михайловны 14 июля и до 1 сентября 1630), однако работа по составлению летописца началась в середине 20-х годов XVII в. Исследователями отмечалось, что памятник по названию примыкает к летописям, а по содержанию и характеру принадлежит к историческим повестям. Внутренняя целостность этого произведения и тождественность в оценке схожих исторических событий указывает на принадлежность "Нового летописца" одному автору, которого, по мнению Платонова, отличали объективность и последовательность в изложении. В "Новом летописце" перечислены все основные события Смутного времени и междуцарствия 1610–1612 гг., описывается произошедшее в феврале 1613 г. избрание царем Михаила Федоровича Романова, рассказывается о первых годах его правления.
В ряде случаев сообщения "Нового летописца" дополняют сведения летописей, опубликованных в 34-м томе "Полного собрания русских летописей" (Пискаревского, Московского и Бельского летописцев), а также летописей и летописцев XVII–XVIII вв., хранящихся в ОР РГБ.