А. И. Коптев, присяжный поверенный в Москве, заболел психическим расстройством. Доктора признали излечение более чем сомнительным. Жена больного, выслушав докторов, решила поехать в Кронштадт и обратиться за помощью к отцу Иоанну. Прибыв в Кронштадт, она отправилась к ранней обедне, которую служил батюшка. Народу в церкви было так много, что Коптева, опасаясь давки, остановилась у самых церковных дверей вместе с нищими. Когда же обедня кончилась, она хотела было уже идти узнавать, где и когда можно ей повидать отца Иоанна, как вдруг увидела его самого, идущего по направлению к ней. Народ быстро расступился, давая ему дорогу, повинуясь повелительному движению его руки. Дойдя до Коптевой, отец Иоанн остановился перед ней и глядя ей в лицо сказал: "Не грусти, не отчаивайся, Бог услышит твою молитву, поезжай себе домой с Богом". После этого он благословил ее и отпустил домой с миром. Тогда она поспешила вернуться домой, в Москву, к больному мужу. Вскоре окружающие стали замечать, что состояние здоровья Коптева значительно улучшилось, а спустя месяц он поправился настолько, что смог заниматься делами.
Очевидец исцеления бесноватого пишет: "В 1882 году в Кронштадте, когда мне было всего 10 лет, в один из воскресных дней я был на литургии в Андреевском соборе. После литургии, когда еще прихожане не успели разойтись, ввели бесноватого – здорового мужика, которого поддерживали около 10-ти таких же мужиков; они подвели его на левый клирос и держали крепко за руки. У бесноватого на лице выступил пот и около рта густая белая пена. Я подошел поближе, чтобы видеть исцеление. Вскоре из алтаря вышел отец Иоанн Кронштадтский и приказал мужикам подвести бесноватого поближе к нему; в это время я ясно услышал изо рта его какие-то звуки, похожие на пение петуха, и он сильно рванулся, чтобы вырваться от держащих его мужиков. Затем отец Иоанн, взяв епитрахиль и, держа над головой больного, стал читать молитвы. Больной упал на колени; не слышно было больше пения, стал затихать, а когда отец Иоанн перекрестил его крестом, он встал, сильно вспотев, и стал медленно уходить из церкви, а за ним пошли те мужики, которые уже не держали его. На всех окружавших это чудесное исцеление бесноватого произвело сильное впечатление, и я долго это помнил и рассказал своей матери о чудесном исцелении бесноватого".
Также каждый день отец Иоанн получал до 1000 писем и телеграмм, с просьбами помолиться об исцелении больных. С просьбами обращались не только православные, но и инославные христиане, иудеи, мусульмане и язычники. Письма с просьбами о молитве приходили не только из России, но и из других стран. Впоследствии, когда писем и телеграмм стало очень много, отцу Иоанну пришлось взять нескольких секретарей для их разбора. Из-за множества писем, отец Иоанн не всегда мог отдельно помолиться за каждого, кто обращался к нему, тогда во время совершения проскомидии он клал перед собой кипы писем и телеграмм и, вынимая из просфор частицы, громко молился: "Помяни, Господи, всех заповедавших мне молиться о них!" И, несмотря на столь необычный способ молитвы, страждущие также получали помощь по молитвам отца Иоанна.
Пианистка Евгения Сорочинская была возвращена к жизни святым Иоанном. Ее родители – врачи, работали в одном из городов Ставрополья, когда их единственной дочери исполнилось два года. Внезапно она тяжело заболела и была приговорена врачами к смерти. Видя отчаяние родителей, няня девочки посоветовала им послать телеграмму отцу Иоанну Кронштадтскому. Мать засомневалась, но по настоянию няни телеграмму в 24 часа отправили, а в 2 часа ночи пришел ответ: "Помолился. Девочка будет жива". Прожила Евгения Сорочинская до 84-х лет.
В 1889 году Николай Иванович Краснов имел в г. Туле склад московского пива. Получая пиво в бочках, он сам разливал его в бутылки. Пиво находилось на льду в погребе. Разливая пиво в летний жаркий день, Краснов простудился. Сначала он думал, что это пустяки, пройдет, но оказалось не так, у него сначала было воспаление легких, а потом перешло в скоротечную чахотку. Обращение к лучшим врачам ничего ему не дало, и Н. И. Краснов сгорал на глазах всех. Так прошло несколько месяцев. Жена не знала, что делать, почти приготовляя своего мужа к смерти. В последние дни его жизни кто-то посоветовал жене Н. И. Краснова послать письмо батюшке отцу Иоанну с искренней просьбой помолиться за болящего. В час получения отцом Иоанном письма больной начал чувствовать себя лучше и понемногу поправился так, что стал еще сильнее прежнего, благодаря милости Божией и молитвам отца Иоанна.
В г. Вознесенске, Херсонской губернии, в немецкой семье Майш, лютеранского вероисповедания, девочка 8 лет заболела дифтеритом. Положение ее было очень тяжелое. Врачи ничем не помогли. Родители были в отчаянии. Кто-то из православных посоветовал им обратиться к отцу Иоанну Кронштадтскому по телеграфу. Вечером послали телеграмму, а утром получили от отца Иоанна ответ телеграммой же, что он "все сделает, что только может". Девочка, проснувшись, говорит своим родным о том, что к ней приходил священник, которого никогда не видала, и описывает его наружность. Еще перед тем знакомые принесли им портрет отца Иоанна. Когда девочке показали этот портрет, то она воскликнула: "Вот этот же самый приходил ко мне, подошел к моей кровати и сказал: "Будешь здорова!" И девочка действительно поправилась совершенно".
В 1880-х годах была сильная холера на юге России и свирепствовала особенно в городе Новомосковске, Екатеринославской губернии. Население по телеграфу обратилось к отцу Иоанну с просьбой помолиться. Получен был ответ: "Молюсь за вас". И с того дня холера прекратилась.
Протоиерей Филипп Лузгин рассказывает: "Молитвенным предстательством отца Иоанна спасена была моя 9-летняя дочь от неминуемой смерти. Дочь заболела дифтеритом. Врач, после долгих усилий спасти ее от смерти, уходя откровенно сказал: "Вряд ли дочь ваша перенесет эту болезнь, будьте готовы ко всему". Я тогда жил в г. Лепеле. Потеряв надежду на врачебную помощь, я поспешил на почту и дал телеграмму отцу Иоанну Кронштадтскому, прося его молитв об исцелении болящей Пелагии. Когда утром пришел врач и осмотрел горло болящей, то с радостью сказал: "Дорогие батюшка и матушка, ваша дочь получила полное исцеление, но сознаюсь, что не через мою медицинскую помощь, а это она чудесно спасена от смерти. Скажите откровенно, что вы делали?" Я и сказал, что телеграммой просил молитвенной помощи отца Иоанна Кронштадтского. И врач сказал: "Да, он великий пред Богом угодник".
Но к святому Иоанну обращались не только с просьбами об исцелении, многие просили совета и молитвенной поддержки Кронштадтского пастыря, надеясь изменить свою жизнь к лучшему. Наделенный от Бога даром прозорливости, отец Иоанн не отказывал и в такой помощи.
В отсутствие отца Иоанна приехала в Дом Трудолюбия какая-то молодая женщина откуда-то издалека, из Сибири. Она страшно волновалась, ожидая его, и много плакала, боясь, что ей придется уехать, не повидавшись с ним. Тетка моя, видя ее страдания, пожалела ее и уговорила переждать еще денек. Она взяла ее в свою комнату ночевать, а на другой день как раз вернулся батюшка. Он имел усталый вид и как будто куда-то торопился. Тетушка в коротких словах стала изливать перед ним свои скорби, а та женщина ничего не говорила, стояла сзади и только плакала от возбуждения и счастья. Батюшка, стоя к ней вполоборота, сказал: "Вот что, выходи ты замуж за того, кто сейчас к тебе сватается. Он будет тебе добрым мужем и детям твоим хорошим отцом". Затем повернулся и вышел. Молодая женщина, пораженная словами батюшки, бросилась тетушке на шею, целовала ее и говорила: "Затем я и ехала из такой дали, боялась, ради детей, выходить за него замуж". Насколько отец Иоанн оказался прозорлив, он сразу ответил ей на незаданный вопрос! Осчастливленная женщина спокойно и радостно вернулась к себе домой.
София Николаевна Жигмановская свидетельствует: "Мой отец, богатый офицер, Николай Михайлович Трубачев. Он вел беспечный образ жизни и часто кутил с Великим Князем Николаем Михайловичем. Постепенно состояние его стало уменьшаться, а кутежи и пьянство продолжались. Когда мне было 7 лет, а папе было около 30 лет, он исчез, и никто не знал, куда он девался. Потом оказалось, что он пошел пешком в Кронштадт к отцу Иоанну. Придя туда, он пошел в Андреевский собор. После службы, когда папа вышел из собора и находился в толпе, отец Иоанн, выйдя из боковых дверей алтаря, сел в карету и проезжал мимо. Неожиданно отец Иоанн остановил карету, подозвал из толпы моего отца и сказал ему: "Ты прошел такую даль, садись, поедем ко мне, мне нужно с тобой побеседовать" и посадил с собою и повез к себе. Очевидно отец Иоанн прозрел все Духом Святым. Отец Иоанн сказал отцу, что он очень хорошо сделал, что пришел к нему пешком, долго беседовал с отцом и с той поры отец перестал пить и курить".
Осознавая свое призвание, отец Иоанн не ждал, когда страждущие и нуждающиеся в утешении придут к нему – он сам стал ездить по всей Российской Империи, легко откликаясь на приглашение посетить ту или иную епархию. Не считая регулярных – еженедельных поездок в столицу, отец Иоанн Кронштадтский объехал всю европейскую часть России и западные губернии, включавшие в себя современную Прибалтику, Украину, Белоруссию. Во время этих поездок также совершались многочисленные чудеса и исцеления.