Сия новая должность, обширнейшая и труднейшая из всех к Морскому ведомству принадлежащих должностей, отняла у Головнина весь досуг и все время, которое мог бы он употребить на другие занятия, ибо экспедиции Адмиралтейской коллегии управляются одним лицом, которое за все дела, в оных производящиеся, и ответствует, а из них Исполнительная экспедиция заведывает всем корабельным строением и береговыми зданиями, адмиралтейскому ведомству принадлежащими, по всей России от Риги до Камчатки, кроме черноморских портов.
В управление Головнина интендантскою частью по флоту случилось то ужасное наводнение (7 ноября 1824 года), которое причинило в Петербурге и вообще по берегам Финского залива страшный вред и в некоторых местах даже совершенное опустошение. Адмиралтейства, по положению своему, более всех других ведомств потерпели и, хотя морское начальство не получило от правительства никакого пособия ни деньгами, ни материалами, ни людьми, а напротив того по требованию оных, исполняя высочайшую волю, само оказывало им помощь[11], однако ж при всем том, употребив всевозможные усилия и деятельность, генерал-интендант успел все разрушенные части исправить и к весне следующего года (1826) привести поврежденные суда и здания в надлежащий порядок[12].
В бытность Головнина генерал-интендантом построено и спущено на воду первое судно из-под крытого сарая[13], построено первое судно с круглою кормою[14], построен первый корабль[15] по системе Сепингса, устроены паровые мельницы на Охте в 1824 и в Кронштадте в 1825 году, сделаны сараи для строения в них линейных кораблей[16] и в Главном Адмиралтействе два сарая для хранения дубовых лесов. По настоянию генерал-интенданта Головнина и по Исполнительной экспедиции последовали некоторые немаловажные перемены к облегчению ее в многочисленных и многосложных делах оной, а именно: 1) в 1823 году учреждено временное отделение на два года (1824 и [18]25) для окончания старых дел; 2) в 1825 году положен и назначен управляющий бухгалтериею с жалованьем против начальника отделения; 3) тогда ж положен и назначен начальник Служительского стола с жалованьем против столоначальника и помощник ему с жалованьем по 750 рублей в год.
В 1825 году Головнин, можно сказать, имел тяжбу с Комитетом министров и выиграл свой процесс со славою и честью. Дело вот в чем состояло: в изданном от Комитета министров в 1824 году высочайше утвержденном расписании, сколько кому лошадей должно выдавать подорожные, капитан-командоры были поставлены в V классе наравне с статскими советниками и назначено им по 8 лошадей. По сему поводу Головнин подал по команде на высочайшее имя прошение, в котором, приведя на вид законы, по коим капитан-командоры во всем сравнены с генерал-майорами, считал себя обиженным и просил о возвращении им права по новому расписанию на 10 лошадей в сравнении с IV классом. Прошение его своим порядком дошло до Комитета министров, который во избежание стыда, что не знает законов, растолковал, что «капитан-командоры не могут считать себя обиженными», ибо им против расписания 1722 года одна лошадь еще прибавлена, но о том, что тогда они были в V классе, а ныне в IV, вовсе умолчал. Однако же сия уловка, достойная земского суда, не пособила, и государь император был столько справедлив, что (15 марта 1825 года) высочайше утвердить соизволил новое расписание о подводах, в котором капитан-командоров поместили в принадлежащий им IV класс.
В августе 1825 года избран он членом Совета Российско-Американской компании, а в сентябре удостоился получить орден Св. Владимира 2-й степени большого креста. В высочайшей грамоте сказано: «Во внимание к отлично-усердной службе вашей и особенным трудам по должности флота генерал-интенданта, всемилостивейше жалуем вас кавалером ордена Св. Владимира 2-й степени». Ныне царствующий государь император Николай Павлович, по восшествии своем на престол, обратил особенное внимание на состояние флота и вообще на морскую службу. По возвращении из Москвы после коронования в 1826 году его величество с неусыпною деятельностью и примерными трудами изволил заняться приведением флота в комплект, вооружением оного во всей исправности и искоренением многих злоупотреблений по разным частям управления морского существовавших, которые и по сему ведомству в значительной степени вкрались, хотя, может быть, гораздо в меньшей, нежели по другим. Государь лично над всем надзирал и по многим предметам сам делал распоряжения. Для следствий употреблялись лица других ведомств. Множество злоупотреблений открыто, доказано и истреблено и виновные наказаны; но из всех произведенных следствий ни по одному не оказалось, чтобы генерал-интендант Головнин в каком бы то ни было отношении был причастен к злоупотреблениям.