28-го апреля 1848 г. С. был выслан в Вятку и 3-го июля определен канцелярским чиновником при вятском губернском правлении. В ноябре того же года он был назначен старшим чиновником особых поручений при вятском губернаторе, затем два раза исправлял должность правителя губернаторской канцелярии, а с августа 1850 г. был советником губернского правления.
О службе его в Вятке сохранилось мало сведений, но, судя по записке о земельных беспорядках в Слободском уезде, найденной, после смерти С., в его бумагах и подробно изложенной в «Материалах» для его биографии он горячо принимал к сердцу свои обязанности, когда они приводили его в непосредственное соприкосновение с народной массой и давали ему возможность быть ей полезным. Провинциальную жизнь, в самых темных ее сторонах, в то время легко ускользавших от взора, С. узнал как нельзя лучше, благодаря командировкам и следствиям, которые на него возлагались и богатый запас сделанных им наблюдений нашел себе место в «Губернских Очерках».
Тяжелую скуку умственного одиночества он разгонял внеслужебными занятиями: сохранились отрывки его переводов из Токвиля, Вивьена, Шерюеля и заметки, написанные им по поводу известной книги Беккарии. Для сестер Болтиных, из которых одна в 1856 г. стала его женою, он составил «Краткую историю России». В ноябре 1855 г. ему разрешено было, наконец, совершенно оставить Вятку (откуда он до тех пор только один раз выезжал к себе в тверскую деревню); в феврале 1856 г. он был причислен к министерству внутренних дел, в июне того же года назначен чиновником особых поручений при министре и в августе командирован в губернии Тверскую и Владимирскую для обозрения делопроизводства губернских комитетов ополчения (созванного, по случаю Восточной войны, в 1855 г.).
В его бумагах нашелся черновик записки, составленной им при исполнении этого поручения. Она удостоверяет, что так называемые дворянские губернии предстали перед С. не в лучшем виде, чем недворянская, Вятская; злоупотреблений при снаряжении ополчения им было обнаружено множество. Несколько позже им была составлена записка об устройстве градских и земских полиций, проникнутая мало еще распространенной тогда идеей децентрализации и весьма смело подчеркивавшая недостатки действовавших порядков.
Вслед за возвращением С. из ссылки возобновилась, с большим блеском, его литературная деятельность. Имя надворного советника Щедрина, которым были подписаны появлявшиеся в «Русском Вестнике», с 1856 г., «Губернские Очерки», сразу сделалось одним из самых любимых и популярных. Собранные в одно целое, «Губернские Очерки» в 1857 г. выдержали два издания (впоследствии еще два, в 1864 и 1882 гг.). Они положили начало целой литературе, получившей название «обличительной», но сами принадлежали к ней только отчасти. Внешняя сторона мира кляуз, взяток, всяческих злоупотреблений наполняет всецело лишь никоторые из очерков; на первый план выдвигается психология чиновничьего быта, выступают такие крупные фигуры, как Порфирий Петрович, как «озорник», первообраз «помпадуров», или «надорванный», первообраз «ташкентцев», как Перегоренский, с неукротимым ябедничеством которого должно считаться даже административное полновластие.
Юмор, как и у Гоголя, чередуется в «Губернских Очерках» с лиризмом; такие страницы, как обращение к провинции (в «Скуке»), производят до сих пор глубокое впечатление. Чем были «Губернские Очерки» для русского общества, только что пробудившегося к новой жизни и с радостным удивлением следившего за первыми проблесками свободного слова это легко себе представить
Обстоятельствами тогдашнего времени объясняется и то, что автор «Губернских Очерков» мог не только оставаться на службе, но и получать более ответственные должности. В марте 1858 г. С. был назначен рязанским вице-губернатором, в апреле 1860 г. переведен на ту же должность в Тверь. Пишет он в это время очень много, сначала в разных журналах (кроме «Русского Вестника» в «Атенее», «Современнике», «Библиотеке для чтения», «Московском Вестнике»), но с 1860 г. почти исключительно в «Современнике» (в 1861 г. С. поместил несколько небольших статей в «Московских Ведомостях» (ред. В. Ф. Корша), в 1882 г. несколько сцен и рассказов в журнале «Время»). Из написанного им между 1858 и 1862 гг. составились два сборника «Невинные рассказы» и «Сатиры в прозе»; и тот, и другой изданы отдельно три раза (1863, 1881, 1885). В картинах провинциальной жизни, которые С. теперь рисует, Крутогорск (т. е. Вятка) скоро уступает Глупову, представляющему собою не какой-нибудь определенный, а типичный русский город тот город, «историю» которого, понимаемого в еще более широком смысле, несколькими годами позже написал С. Мы видим здесь как последние вспышки отживающего крепостного строя («Госпожа Падейкова», «Наш дружеский хлам», «Наш губернский день»), так и очерки так называемого «возрождения», в Глупове не идущего дальше попыток сохранить, в новых формах, старое содержание. Староглуповец «представлялся милым уже потому, что был не ужасно, а смешно отвратителен; новоглуповец продолжает быть отвратительным и в тоже время утратил способность быть милым» («Наши глуповские дела»).