После воцарения Лжедмитрий I начал проводить некоторые реформы: в стране были объявлены свобода торговли, промыслов и ремесел, свобода передвижения. Всем служилым людям вдвое увеличили жалованье, ужесточилось наказание судей за взятки. Патриарх и архиереи получили постоянные места в Боярской думе. Улучшилось положение крестьян. Началось ускоренное производство оружия, и появилась идея покорения Крыма. А вот о территориальных уступках и переходе к католицизму, обещанных Сигизмунду III, новый царь как-то сразу забыл. Многие тогда отмечали, что он совершенно не жесток, а временами даже слишком добр. А гуманисты на русском престоле никогда не выживали. И вскоре среди бояр, отстраненных Лжедмитрием I от управления, созрел против него заговор. Самозванец был нужен им только для того, чтобы избавиться от Бориса Годунова, а теперь они ждали подходящего случая, чтобы убрать и его самого. Князья Шуйские и Голицыны сообщили Сигизмунду III о намерении свергнуть самозванца и посадить на его место сына короля – Владислава. Надо сказать, что положение самого Сигизмунда III тогда было довольно шатким. Польская оппозиция намеревалась предложить корону Речи Посполитой… Лжедмитрию I. Таким образом, вчерашний союзник превратился для польского короля в соперника. Теперь интересы русских бояр и Сигизмунда III в отношении самозванца совпали, и его нужно было скорейшим образом устранить.
Заговорщики не заставили себя ждать. 8 мая 1606 года, в день свадьбы Лжедмитрия I с дочерью сандомирского воеводы Юрия Мнишека Мариной, в столицу прибыли польские войска. Поляки позволили себе разные бесчинства. Воспользовавшись этим, заговорщики в ночь на 17 мая ударили в набат и объявили народу, что «ляхи» бьют царя. Пока стрельцы разбирались с поляками, заговорщики ворвались в Кремль. Царь попытался спастись, но, спрыгнув с 13-метровой высоты, повредил ногу. Его тут же захватили люди Шуйского и убили. По одним данным, тело самозванца сожгли и, смешав пепел с порохом, выстрелили из пушки в ту сторону, откуда он пришел в Москву. По другим – труп уже после избрания царем Василия Шуйского привязали к лошади, выволокли в поле и закопали у дороги. И только после того как в народе пошли слухи о том, что над могилой стало появляться голубое свечение, останки самозванца выкопали и сожгли. Но, как говорится, свято место пусто не бывает. Сказка о чудесном спасении Дмитрия, теперь уже от рук заговорщиков, вскоре снова повторилась. И бороться с «чудесно спасенным» пришлось уже новому царю – Василию Шуйскому.
Избрание на престол боярина старинного русского рода для всех (кроме, конечно, его самого) произошло довольно неожиданно. Исторические источники сообщают о том, что после расправы над Лжедмитрием I Боярская дума два дня заседала, но так и не выбрала достойного на царствие. Вышедших после утомительных дебатов на Красную площадь бояр встретила толпа народа с криками: «Василия Шуйского на царство!» Напор митингующих был настолько сильным, что боярам ничего не оставалось, как согласиться на эту кандидатуру. Несомненно, что эта «избирательная кампания» была организована и проплачена самим Шуйским, имевшим огромное влияние в Москве. Чтобы скрыть факт подкупа «крикунов», сразу же после воцарения он начал рассылать по стране грамоты, свидетельствующие о том, что его избрали по решению всероссийского собора. Подданные удивлялись им, поскольку никаких представителей в Москву на собор не посылали, но предпочитали помалкивать. А вот в лице большинства бояр, видевших в царе Василии выскочку, а также среди польской шляхты, десятков тысяч «гулящих людей», воевавших под знаменами Лжедмитрия I, и крестьянства он сразу же нажил себе массу врагов. Новому царю отказались повиноваться почти все юго-западные и южные города от Путивля до Кром, восстала Астрахань. По сути, в стране разворачивалась гражданская война.
Для предотвращения появления под именем Дмитрия новых самозванцев Василий Шуйский приказал перенести в Москву мощи убиенного царевича, которого церковь причислила к лику святых. Но народ уже сомневался в их подлинности, ибо по стране настойчиво бродили слухи о якобы «воскрешении» Лжедмитрия I. Исходили они от появившегося в июне 1607 года в городе Стародубе-Северском человека, назвавшегося Андреем Нагим, родственником последней жены Ивана Грозного. Когда же его жители, угрожая пришельцу пыткой, потребовали указать им царя, то он сам объявил себя Дмитрием и, как ни странно, был сразу торжественно признан. На сторону нового самозванца стали переходить ближайшие города, а вскоре у него появилось и войско. Дело в том, что под знамя Лжедмитрия II стали стекаться поляки – участники мятежа против короля Сигизмунда III, поддерживавшие Лжедмитрия I, которые после его поражения не могли вернуться домой под страхом смертной казни. Среди них были будущие гетманы Маховецкий и Рожинский, воеводы Хмелевский и Адам Вишневецкий, а также приведший пятитысячный отряд запорожцев Заруцкий. Они хорошо знали, что «царь» был ненастоящим, и под именем Дмитрия на этот раз выступал крещеный еврей Богданко (Богдачко), служивший помощником попа в городе Шклове, а затем учительствовавший в Могилеве. Но, сделав слабовольного Лжедмитрия II игрушкой в своих руках, они могли добиться личных целей и поэтому поддержали его.
Однако новый самозванец был ставленником вовсе не польских магнатов, а своих же, русских, которые организовали новый мятеж, чтобы сместить «выкрикнутого» толпой Шуйского. Центром его стал Путивль. Из него по всей стране рассылались грамоты, призывающие к борьбе с Шуйским. Вождем мятежа стал казачий атаман Иван Болотников, который получил от Лжедмитрия II грамоту о назначении его главным воеводой путивльского войска. С ним он отправился к Москве. Хотя историки долгое время называли поход Болотникова первой крестьянской войной в России, в его войске было не так уж много крестьян. В основном оно состояло из дворян и служивого люда. Летом 1607 года мятежникам удалось разгромить правительственную армию и осадить столицу. Пять недель болотниковцы терзали москвичей голодом и артобстрелами, но взять Москву так и не смогли и вынуждены были отойти к Калуге.
Василий Шуйский поначалу недооценил угрозу от нового самозванца. Только 10 октября 1607 года его войска взяли Тулу, где находились остатки повстанческой армии Болотникова, но вместо того, чтобы двинуться на самозванца и разбить его, они торжественно вернулись в Москву. В результате весной 1608 года царские войска были разбиты Лжедмитрием II под городом Болховом. Тогда царь выслал против него два отряда под командованием своего племянника Михаила Скопина-Шуйского и Ивана Никитича Романова. Но в них оказались предатели: князья Юрий Трубецкой, Иван Катырев и Иван Троекуров (двое последних были родственниками Романовых) вошли в число заговорщиков, хотевших примкнуть к самозванцу. Их схватили, но напуганный заговором царь велел войскам, не принимая сражения, вернуться в Москву.
Между тем 11 июня 1608 года войско Лжедмитрия II остановилось лагерем в подмосковном селе Тушино, которое стало его временной столицей. Здесь самозванец создал свой дворцовый штат, Боярскую думу, в которую вошли князья Трубецкие, Михаил Салтыков и многие родственники Романовых. Появился у Лжедмитрия II и свой патриарх – им стал захваченный в плен в Ростове митрополит Филарет (в миру Федор Романов), который признал в самозванце законного государя. Таким образом, в стране фактически сложилось двоевластие: царь Василий был не в силах справиться с тушинцами, а Лжедмитрий II не мог взять Москву. Военные столкновения не давали результата ни той, ни другой стороне.