Несмотря на серьезные проблемы, конфликты и даже трагические эксцессы (репрессии против ученых, разгром ряда научных школ, направлений и др.), академическая модель организации науки сохранялась в СССР длительное время и демонстрировала заметные на мировом фоне успехи советской науки. За академической наукой были закреплены в основном функции фундаментальных исследований, координирующие и направляющие функции в науке, она отличалась и большей автономией и свободой поиска на переднем крае исследований, связями с мировой наукой, обладала рядом статусных привилегий.
Академическая модель после ряда экспериментов в целом была распространена и на общественные науки, хотя здесь имелась своя специфика, связанная, прежде всего, с идеологической природой советского политического режима. Общественные науки жестче контролировались идеологически и были теснее интегрированы с партийным идеологическим аппаратом. Но академическая модель организации науки находила проявление и здесь, создавая определенные возможности для автономии исследований и свободы научного поиска. В ряде исследований о послесталинском развитии советских социальных наук предложена концепция о формировании в них своего рода двухуровневой структуры научной рациональности: ритуального и догматизированного уровня в теории и относительно автономного и свободного поиска на уровне эмпирических исследований конкретных проблем [Brie, 1997]. В первую очередь это было характерно для социальных наук в Академии. Хорошо известны примеры из истории советской социологии, философии, права, науки международных отношений и др., когда академические исследования конкретных и даже фундаментальных проблем вступали в конфликт с догмами официальной идеологии, что влекло санкции против ученых и порождало фронду официальному обществоведению в недрах Академии наук [Черкасов, 2004; Davydova, 1997; Галкин, Патрушев, 2000 и др.].
Формировавшаяся в академических институтах советская политическая наука в полной мере отличалась этими чертами, поскольку выступала в качестве альтернативы политическому учению официального марксизма-ленинизма. Ее становление шло постепенно и получило активное развитие только в условиях перестроечных реформ, когда она сама стала выступать интеллектуальным ресурсом реформаторов [Политические институты и процессы, 1986]. Включение общественных наук Академии в перестроечный курс было очевидным и составляло его важный ресурс [Лаптев, 2001; Медведев, 2010].
Академические экономисты, правоведы, социологи и представители только возникавшей политической науки, несомненно, внесли определенный вклад в формирование курса реформ в этот период. Его неудача, провал перестройки, закончившейся кризисом и развалом советской системы, требуют отдельного разговора и выходят за пределы данной статьи.
Кризис в науке после распада СССР обычно связывают с кризисом государственного финансирования. Несомненно, этот аспект имел огромное значение и для науки в целом, и для академической науки в особенности, так как поставил ее на грань выживания [Мирская, 2000; Лесков, 2001]. Но кризис имел и другие аспекты и не сводился только к сокращению финансирования. Он затрагивал и сложившуюся модель академической организации науки. Для нового политического режима Академия наук теряла значение в качестве традиционного ключевого звена организации науки по целому ряду причин. Это были как стратегические причины, вытекающие из общей концепции рыночных реформ, предполагавшей усиление рыночного регулирования, в том числе и в области управления наукой, так и различные ситуативные факторы экономического, политического и даже персонального характера. Среди последних можно, например, отметить такое обстоятельство, как выбор после некоторого колебания Ельциным новой команды реформаторов и экспертов, которая, в отличие от предшествующей группы, действовавшей при Горбачёве, была значительно меньше связана с Академией наук. Радикальный курс рыночных реформ встречал критику в лице ведущих академических ученых-экономистов (академики Абалкин, Львов и др.), что усиливало отчуждение между властью и Академией наук. В целом обществоведческая часть Академии скорее оппонировала проводимому реформаторскому курсу, не поддерживая, прежде всего, его радикальный характер и критикуя экономические и политические просчеты, что стимулировало власть к поиску альтернативных способов экспертизы политических решений.
Для политической науки, которая формировалась в академических институтах, эта ситуация была в целом неблагоприятной. Разумеется, на нее разрушительно действовал финансовый кризис в Академии. Но также положение осложняло и нарушение коммуникации с властными структурами в плане востребованности политологической экспертизы. Это происходило в условиях, когда неопределенность и проблемы в практической политике нарастали, а спрос на политическую информацию и ее анализ был очень велик. Но он удовлетворялся большим количеством разнородных и ситуативно ориентированных экспертов, среди которых представители академических институтов занимали далеко не главное место [Социальные исследования в России, 1998; Политическая наука в России… 2008]. В условиях высокой политической динамики и приоритета ситуативных, текущих оценок формировались секторы неакадемической политической аналитики и вузовской политологии.
Столкнувшись с этими проблемами, политическая наука, формировавшаяся в Академии, перенесла центр тяжести на более свойственные академизму задачи: исследование долговременных тенденций политической трансформации, анализ проблем теории и методологии политических исследований, знакомство с мировой политической наукой и зарубежным опытом, презентация классики политической мысли. Акцент на эти тематические направления был заметен в работе академических институтов в области политической науки в 90‐е годы [Ильин, 1999; Отечественная политология… 2001; Политические институты… 2001; Казанцев, 2001 и др.]. И хотя он не решал проблем востребованности академической политической науки и не способствовал институционализации в ней развитого поля политического консалтинга, все же позволил преодолеть к концу 90‐х наиболее острую фазу кризиса.
Часто здесь указывают на то, что социальные науки в Академии, в том числе и политическая, смогла найти дополнительный источник поддержки в виде зарубежных грантов [Социальные исследования в России, 1998; Политическая наука в России… 2008]. И это действительно так, поскольку она имела более тесные связи с мировой наукой, и это дало определенные преимущества в соискании грантов. Но тут важно отметить и особенность этой грантовой поддержки. В отличие от проектов вне Академии, тематика которых в большей мере зависела от грантодателей, проекты ученых академических институтов, как правило, были ориентированы на интересы самих исследователей, учитывая их высокую квалификацию и компетентность. Многие фонды предпочитали выдавать гранты компетентным профессионалам в соответствии с их интересами и не навязывать им свою тематику [Sozialwissenschaft in Russland, 1997]. Все это позволило академической политической науке выживать без радикальной смены исследовательских форматов с академических на прикладные.