Условия сдачи были исключительно либеральными. Маврам позволили сохранить свое оружие и собственность и гарантировали право блюсти свои законы и обычаи, исповедовать свою религию и носить свою одежду. Они могли продолжать управлять своими магистратами на местах и платить испанцам столько, сколько платили своим эмирам. Эти условия напоминали те, которые предшественники Фердинанда устанавливали в прежние времена для мавров Валенсии, и нет никаких оснований считать, что он намеревался их нарушать. Положение завоевателей оставалось неустойчивым, и было бы абсурдом восстанавливать против себя население, которое даже приветствовало смену хозяев, положивших конец анархии, царившей в эмирате Насридов в предшествующие десятилетия. Таким образом, неудивительно, что первые годы нового режима характеризовались умеренностью со стороны короны, по-прежнему озабоченной в первую очередь соображениями военной безопасности.
В действительности корона получила от этой победы на удивление мало. По условиям сдачи вакуф доходы от определенного вида собственности, традиционно отчисляемые на религиозные и благотворительные цели, продолжал администрироваться религиозными властями мавров, в то время как налоги, традиционно предназначенные на содержание двора эмира, передавались Боабдилю, которому отдали в управление земли в местности Альпухаррас. Так что единственное, что отходило короне, это земли, принадлежавшие эмирату. Но некоторые из этих земель были разорены наступавшими христианскими армиями, а многие другие утрачены эмиратом Насридов еще раньше, так что выигрыш королей при обмене оказался незначительным. Для выяснения того, на каких основаниях была получена отчужденная собственность, организовали специальную комиссию, но и христианская, и мавританская знать одновременно плели интриги, чтобы парализовать ее работу. Королевский декрет, согласно которому ни одно частное лицо не должно было получить в завоеванном эмирате собственность больше, чем на 200 000 мараведи, систематически нарушался, вследствие чего чиновники самой короны и горстка дворян в том числе Гонсало де Кордова и граф Тендилья смогли получить огромные поместья, тогда как в собственность королей было передано лишь небольшое количество земель.
Когда весной 1492 года король и королева уехали из Гранады, они передали власть триумвирату, состоявшему из Эрнандо де Сафра (королевского секретаря), графа Тендилья, члена могущественного семейства Мендоса, чьи предки с начала XV века были генерал-капитанами на границе с Гранадой, и Эрнандо де Талавера, первого архиепископа Гранады, чьи либеральные взгляды и интерес к знаниям арабов во многом повлияли на включение мавров в христианские органы управления. Первейшей задачей триумвирата было обеспечение охраны общественного порядка и укрепление власти короны над завоеванным эмиратом. Особенно трудным оказалось выполнение этой задачи в гористом, кишевшем бандитами районе Альпухаррас, для управления которым осенью 1492 года учредили пост специального королевского представителя под названием Alcalde Major de las Alpuharras.
Страх перед восстаниями, особенно в Альпухаррас, не покидал христианских завоевателей, чему способствовала близость мавров из Северной Африки. Мавританская Испания и мавританская Северная Африка, так долго составлявшие единую цивилизацию, внезапно оказались искусственно разделенными. Опасаясь создания коалиции африканских и испанских мавров, не желавших признавать новые границы, Фердинанд и Изабелла постарались как можно лучше защитить их, построив вдоль побережья Андалусии сторожевые крепости и разместив там гарнизоны. Кроме того, они делали все возможное, чтобы склонить наиболее влиятельных мавров Гранады остаться жить в королевстве. Тем, кто желал уехать, оказывалась помощь, и осенью 1493 года злополучный Боабдиль с шестью тысячами мавров отбыл в Африку, где через несколько лет был убит в сражении. После этого в завоеванном эмирате осталось жить лишь очень небольшое число знатных мавританских семей, и тем, кто остался, дабы ублажить их, были даны должности в королевской администрации.
Вполне возможно, что Гранада оставалась бы мирным регионом, довольным своими новыми правителями, если бы не вопрос религии. Эрнандо де Талавера всегда скрупулезно соблюдал соглашение 1491 года, гарантировавшее маврам свободное отправление своей веры. Пораженный культурными достижениями мавров и упором, который они делали на благотворительность, он не применял и не симпатизировал политике насильственного обращения. Его идеалом была мягкая ассимиляция, от которой и испанцы, и мавры могли бы многое выиграть. «Мы должны перенять их благотворительную практику, а они нашу веру. Тогда к обращению их приведут проповеди и наставления, для чего требуется, чтобы христианские служители церкви учили арабский язык и пытались понять обычаи общества, вверенного нашим заботам».
Несмотря на то что в некоторых аспектах политика Талаверы давала замечательные результаты, она, к несчастью, столкнулась с сильной оппозицией его христианских коллег, которые считали, что обращение идет недостаточно быстро. Главным поборником силовой политики выступал архиепископ Толедо Сиснерос, приехавший в Гранаду с Фердинандом и Изабеллой в 1499 году. В слепом неведении этот фанатик оттеснил мягкого Талаверу и начал проводить политику массового насильственного крещения мавров. Вскоре его действия привели к предсказуемым результатам. Номинально тысячи мавров стали христианами, но в ноябре 1499 года в Альпухаррас, густонаселенном районе на склонах гор Сьерра-Невада, вспыхнуло стихийное восстание. В марте 1500 года Фердинанд начал наступление, восстание было подавлено, и после сдачи маврам предложили выбор: уехать или креститься. Поскольку для большинства населения не существовало другого варианта, кроме того, чтобы остаться, это означало, что, согласно изданному в феврале 1502 года эдикту об изгнании всех необращенных взрослых мавров, все мавританское население Гранады автоматически стало «христианами».
Последствия этого эдикта оказались неудовлетворительными для христиан и почти невыносимыми для мавров. Убежденные в том, что соглашение 14911492 годов было вероломно нарушено, они в полном негодовании отчаянно цеплялись за свои обычаи и ритуалы, тайно исповедуя то, что было запрещено официально. Испанцы настаивали, что обращение не было насильственным, поскольку маврам предоставили в качестве альтернативы эмиграцию, но даже самым фанатичным из них пришлось признать, что оно было далеко не желанным. Исправить этот недостаток могли только усердная проповедь и убеждение, но андалузские священнослужители демонстрировали прискорбное неумение и нежелание соответствовать потребностям мавританского населения. Поскольку андалузская церковь не горела желанием заниматься обращением, а мавры не рвались креститься, процесс зашел в тупик. В течение первой поло вины XVI века в Андалусии существовал неустойчивый компромисс: мавры, номинально являясь христианами, на практике продолжали оставаться мусульманами, а власти воздерживались от силового исполнении указа 1508 года, запрещавшего маврам носить традиционную одежду и следовать своим обычаям.