По-разному характеризовали Ягужинского его современники. Но, пожалуй, более точно о нем сказала жена английского посланника леди Рондо. Она писала, что Ягужинский «весьма красивый мужчина; лицо его хотя не отличается правильностью, но исполнено величия, живости и выражения. В обхождении свободен, даже небрежен, и что в другом показалось бы недостатком воспитания, то в нем весьма естественно, так что никто не может быть им недоволен. Владея такою свободой в обращении, что каждое действие его кажется как будто случайным, но имеет преимущество привлекать к себе взоры всех, и как бы ни велико было собрание, он кажется первою особою, одарен умом высоким, рассудительностью и живостью, которая так ясно выражается во всем, что кажется исключительно составляет его характер Если кто просит у него покровительства, то отказывает прямо, если не может оказать его: Я не могу вам служить, отвечает он, потому и потому; если не может решиться вдруг, то назначает просителю время для ответа и тогда отвечает: Я буду стараться по такой и по такой причине. Но если он уже обещает что-нибудь принять на себя, то скорее умрет, нежели нарушит обещание Если первый сановник империи поступает несправедливо, то он порицает его с такою же свободою, как и низшего чиновника Теперь его особенно боятся высшие чиновники, потому что его приговоры хотя справедливы, но весьма строги и всех приводят в страх. Весьма к немногим он питал дружество, хотя весьма многим оказывает услуги. Но к тому, кто однажды приобрел его расположение, он всегда остается верным другом».
После смерти императора прокуратура как государственный орган утратила свои позиции. Тем не менее генерал-прокуpop во многом благодаря своему уму и ловкости сумел сохранить благосклонность Екатерины I. Он одним из первых сановников представил ей записку «О состоянии России», в которой проявил себя истинно государственным человеком, в частности, предлагал ряд мер для «внутренней и внешней целостности государства». Однако прокуратура императрицу волновала мало, сенат также оказался в тени. На первое место в государстве выдвинулся так называемый Верховный тайный совет, образованный 8 февраля 1726 года, он-то и управлял всеми делами.
В августе 1726 года Ягужинский назначается полномочным министром при польском Сейме в Гродно. Обязанности генерал-прокурора стал выполнять обер-прокурор Бибиков, а затем его сменил Воейков.
При вступлении на престол в 1730 году Анны Иоанновны Ягужинский пережил несколько неприятных моментов. Дело в том, что ряд сановников («верховники») вздумали ограничить власть императрицы. Вначале Ягужинский примкнул к ним и также высказывался за ограничение самодержавной власти монарха. Но затем политическое чутье подсказало ему иной путь, и он решил предупредить Анну Иоанновну о заговоре «верховников». В Митаву, где находилась императрица, было послано доверенное лицо камер-юнкер Сумароков с письмом и устными наставлениями. Ягужинский писал, что идею ограничения власти монарха предлагает лишь небольшая кучка людей, и давал совет Анне Иоанновне, как ей надобно поступить, когда к ней прибудут посланники от Верховного тайного совета. Однако на обратном пути Сумароков был арестован.
Второго февраля 1730 года на совместном заседании Верховного тайного совета, Синода и генералитета Ягужинский был обвинен в измене, арестован и посажен в Кремлевский каземат. У него отобрали шпагу, ордена, а все бумаги опечатали. Генерал-прокурора подвергли интенсивным допросам. Арест ближайшего сподвижника Петра I наделал много шума в Москве.
Жителям столицы с барабанным боем было объявлено, что Ягужинский арестован за письмо к императрице, содержание которого «противно благу Отечества и ее величества». Со дня на день ожидали, что Ягужинский будет казнен. Однако заговор «верховников» провалился, последовали казни и ссылки, а Ягужинский вновь возвысился.
Именным указом от 2 октября 1730 года Анна Иоанновна восстановила органы прокуратуры в полной силе. «Ныне небезызвестно нам есть, говорилось в указе, что в коллегиях и канцеляриях в государственных делах слабое чинится управление и челобитчики по делам своим справедливого и скорого решения получить не могут, и бедные от сильных утесняемы, обиды и притеснения претерпевают». При Петре I же, отмечалось далее, «для отвращения всего этого был учрежден чин генерал-прокурора и ему помощника обер-прокурора при сенате, а в коллегиях прокуроров». В указе определялось: «Быть при сенате генерал- и обер-прокурорам, а при коллегиях и других судебных местах прокурорам и действовать по данной им должности».
Не забыла императрица и Ягужинского. В указе отмечалось:
«И для того ныне в сенат, покамест особливый от нас генерал-прокурор определен будет, иметь в должности его надзирание из членов сенатских генералу Ягужинскому, а в его дирекции в должность обер-прокурора быть статскому советнику Маслову, а прокуроры и в коллегии и канцелярии, в которые надлежит, определяются немедленно».
Ягужинский был «пожалован» императрицей сенаторским званием. Несмотря на то что положение его в сенате стало двойственным, так как раньше, осуществляя надзор, он сам не был сенатором, генерал-прокурор сумел поддержать свой авторитет. Он был, по существу, самым квалифицированным юристом империи. Но это была уже лебединая песня Ягужинского. Вокруг императрицы стали возвышаться другие люди, набирал силу ее любимец Бирон. После нескольких ожесточенных схваток с ним, менее чем через год после своего вторичного назначения на должность генерал-прокурора, Ягужинский «с радостью воспринял весть о назначении его послом в Берлин вместо ссылки в Сибирь».
Прокуратурой стал управлять Анисим Маслов, человек своеобразный. С одной стороны, он старался не конфликтовать с Правительствующим сенатом, а с другой иногда проявлял такую твердость, что приводил сенаторов в трепет. Он направил несколько рапортов императрице, в которых гневно обличал недобросовестность и бездельничество некоторых высших сановников и сенаторов. Потом вдруг написал рапорт о бедственном положении крепостных крестьян и внес предложение ограничить власть помещиков, сославшись при этом на волю Петра I. Он нашел в архивах проект указа, который предписывал сенату обсудить способ «неотяготительного сбора подушной подати и установить меру крестьянских оброков и работ на господ». Сенаторы переполошились, не зная, как им поступить. Идти открыто против проекта, составленного по поручению Петра Великого, они не могли, а согласиться с указом не хотели. Однако в 1735 году Маслов умер, и сенат, как писал Ключевский, «вздохнул свободно». На проекте, найденном Масловым, секретарь императрицы по ее поручению начертал: «Обождать». Ждать русским крестьянам пришлось долго
В Пруссии Павел Иванович находился до 1735 года, после чего возвратился в Россию. Он стал графом и кабинет-министром императрицы, а также продолжал носить звание генерал-прокурора, хотя от прокурорских дел фактически отошел.
Личная жизнь Ягужинского вначале сложилась неудачно. В 1710 году состоялась его женитьба на Анне Фёдоровне Хитрово. Хотя он получил за женой огромное состояние, сразу сделавшее его одним из богатейших людей России, брак этот не был счастливым. Его жена оказалась женщиной неуравновешенной, склонной к распутству и бездумным оргиям. От этого брака у него были сын, умерший в 1734 году, и три дочери. Ягужинский все-таки добился через Святейший Синод развода, после этого Анна Фёдоровна была сослана в Переславль-Залесский монастырь, где и умерла в 1733 году.