Колчак добрался до Сингапура, где британцы посоветовали ему отправиться на Китайско-Восточную железную дорогу (КВЖД) и возглавить охранную стражу, по существу, вооруженные силы КВЖД, которые должны были, по их замыслу, стать ядром антибольшевистских военных формирований. Оттуда в апреле 1918 года и начался его путь борьбы с советской властью.
Начальником, царем и богом КВЖД был генерал Дмитрий Хорват. Специальных «железнодорожных» войск там не было. Колчак попытался создать такие войска, однако сразу столкнулся с серьезным сопротивлением. На протяжении всей своей деятельности в качестве лидера антибольшевистского движения Колчак постоянно сталкивался с противниками среди союзников. Точнее, среди тех, кто как будто был союзником. С одной стороны есаул Григорий Семенов, который очень скоро стал именоваться генералом и не желал подчиняться Колчаку, с другой Хорват, которому не нравилась активность Колчака, явно отодвигавшего его на второй план. Не нравилось и то, что Колчака поддерживали британцы и другие иностранцы, которые ценили его волю, властность и всероссийскую известность. За Семеновым же стояли японцы, видевшие в нем свою марионетку. Кончилось тем, что Колчак отправился в Японию и пробыл там несколько месяцев. В Японии и прошел «медовый месяц» Колчака с его возлюбленной Анной Васильевной Тимиревой: жена и сын Колчака остались в Севастополе и впоследствии выбрались во Францию. Адмирал их никогда больше не увидит.
Осенью 1918 года Колчак вернулся в Россию и отправился на запад, желая присоединиться к Добровольческой армии. Однако по дороге задержался в Омске, где к тому времени была сформирована всероссийская по названию, но чисто сибирская по сути власть. Уфимская директория, в основном эсеровская, и более правое Сибирское правительство объединились, образовав двуглавую гидру, причем между «головами» (Директорией, теперь уже Омской, и ее исполнительным органом Всероссийским советом министров) не прекращалась борьба за власть. Тут‐то и появился Колчак, которому предложили должность военного министра. Он в нее вступил четвертого ноября, а в ночь на 18‐е произошел военный переворот. Лидеров Директории эсеров Николая Авсентьева, Владимира Зензинова и Евгения Роговского, одного из членов правительства, заместителя министра внутренних дел, арестовывают и на заседании правительства неожиданно (по официальной версии) предлагают Колчаку стать Верховным правителем. Колчак согласился, и подавляющим большинством голосов (13 за и 1 против) его избрали Верховным правителем России. Директория была распущена. Колчак, несомненно, знал о подготовке переворота: без предварительного согласования с кандидатом в диктаторы такие вещи не делаются. Жил он на квартире полковника Вячеслава Волкова, одного из тех казачьих деятелей, которые переворот осуществили; впоследствии, согласно условию его участия в перевороте, Волков был произведен в генерал-майоры. Так Колчак стал Верховным правителем и одновременно полным адмиралом: высший морской чин ему присвоили на том же заседании. Получить в Омске, посреди Сибири, фактически от случайных и сугубо сухопутных людей чин адмирала и его принять в этом уже чувствуется некоторое отсутствие вкуса.
В исследованиях о Колчаке принято утверждать, что диктатура для того времени и для той ситуации была эффективнее демократии. Да, в тот момент жесткая власть казалась более действенной, но ведь нам известно, чем все закончилось, крахом режима. Идея третьего пути (революционного, но не большевистского), выдвигавшаяся сторонниками «демократической контрреволюции», не была реализована. В революционное время побеждают зачастую не те, кто лучше сумеет организовать армию, а те, кто сумеет убедить, увлечь, повести за собой массы. Мы знаем, что Колчаку и его сторонникам это как раз не удалось. По большому счету и боеспособную армию этим профессионалам военного дела создать не удалось тоже.
Так или иначе в конце 1918 начале 1919 года, вплоть до весны, Колчаку сопутствовал успех. Кончилось же тем, что победили красные. Командовали войсками, которые в конечном счете нанесли поражение колчаковским генералам, Михаил Фрунзе и Михаил Тухачевский (мы поговорим о них позже). А история войск Колчака летом и осенью 1919 года это история отступления с попытками контрнаступлений, иногда более или менее успешных. К осени обозначилась, по существу, катастрофическая ситуация на фронте. Но самым страшным было то, что почти вся Сибирь была охвачена повстанческим движением. Стихийно возникали партизанские и бандитские формирования. Не следует забывать, что Сибирь была местом ссылки и каторги, ссыльных и каторжных здесь хватало. И часто партизанами называли просто бандитов. Кроме того, в Сибири было немало столыпинских переселенцев, которые на новом месте отнюдь не процветали. Это была крайне ненадежная масса, которая ожидала большевиков и выступала против Колчака. Большевиков эти люди поддерживали просто потому, что в Сибири еще не испытали, что такое большевизм. А вот массовые порки, сожжение деревень, расстрелы и грабежи все то, что учиняли некоторые колчаковские генералы и атаманы, было на глазах. К тому же Колчак никогда не был реальным Верховным правителем даже Сибири. Забайкалье фактически контролировал Семенов, Чита была черной дырой, где в любой момент могли остановить поезд и ограбить пассажиров. Однажды Семенову удалось захватить эшелон с золотом на 43 с лишним миллиона рублей, который направлялся во Владивосток, откуда золото должны были доставить в Японию, под заем для поставок вооружения. Атаман остался совершенно безнаказанным, а захваченное золото пошло на содержание его войска.
Были в Сибири и атаманы «помельче» Иван Калмыков, Борис Анненков, и на тех территориях, которые они контролировали, не действовала никакая иная власть. Наконец, войско Колчака было разношерстным, оно состояло из мобилизованных крестьян разных возрастов, казаков. Чехословацкий корпус, благодаря выступлению которого против большевиков в мае 1918 года советская власть рухнула от Поволжья до Дальнего Востока, со временем активную борьбу против большевиков прекратил, ограничиваясь преимущественно охраной Транссибирской магистрали. Чехи и словаки вели себя в зависимости от политической ситуации и своих собственных интересов. Поддержка ими Колчака стремительно падала: одним не нравилось жесточайшее подавление сопротивления режиму, другим, напротив, неэффективность диктатуры. Командующий американскими войсками в Сибири, охранявшими Транссибирскую магистраль, генерал Уильям Грейвс впоследствии писал в мемуарах, что никак не мог взять в толк, чем Колчак лучше большевиков: колчаковский террор не уступал по жестокости большевистскому.
Ресурсы Сибири не шли ни в какое сравнение с ресурсами европейской части России, в том числе человеческими. Большевикам было гораздо проще собрать массовую армию (ведь населения под их контролем было намного больше), а также обеспечить ее вооружением, одеть и обуть. А потому большевики имели значительное численное превосходство. Поначалу оно компенсировалось лучшим руководством и организацией войск белых, однако со временем Красная армия обучилась, усовершенствовалась, набралась опыта. Сказалась и роль военных специалистов.
В результате Омск был оставлен, а Колчак на своем поезде, с охраной и золотым запасом, медленно продвигался на восток. Между тем на Транссибирской магистрали, да и по всей Сибири, вспыхивали восстания против Колчака, организованные в том числе эсерами, которые не могли простить Колчаку то, что сделали люди, которые привели его к власти. В итоге поезд с Колчаком был заблокирован на станции Нижнеудинск, а сам адмирал оказался во власти чехословаков и французского генерала Мориса Жанена, командовавшего всеми союзными войсками в Сибири, кроме японских.