Использование латинской азбуки как тайнописи относится к более позднему времени и обусловлено усилившимся западноевропейским влиянием. В распространении этого вида тайнописи, которая встречается в рукописях XVI и XVII веков, вероятно, известную роль играла школа с ее латинским языком преподавания.
Несколько обособленное место среди других алфавитов по отношению к тайнописи занимает пермская азбука. Эта азбука, которая была создана пермским епископом Стефаном на основе современного кириллического и греческого алфавитов, не приобрела практического применения и уже в XV веке, как малоизвестная, стала тайнописью. Но и в этом качестве она не была широко распространена.
Второй после системы «иных письмен» системой тайнописи, известной из русских рукописей, была система «изменённых знаков», зафиксированная уже в XIV веке. Выделяют две её разновидности: а) систему знаков, измененных «путем прибавок» к обычным начертаниям, б) построенную на принципе, сходном с греческой тахиграфией, когда вместо буквы пишется лишь часть ее.
«Тахиграфия» это изменение написания букв, когда писалась или часть буквы, или наоборот, ее написание дополнялось новыми элементами. Сообщения нередко записывали справа налево или вверх ногами. Часто «тахиграфия» соединялась с использованием иностранных алфавитов.
Первая разновидность такой тайнописи была открыта ученым М.Сперанским в Смоленском Псалтыре 1395 года. По его свидетельству этот Псалтырь Онежского Крестного монастыря сохранялся в свое время в Архангельском местном отделении Церковно-археологического комитета. Его писарь, монах Лука, который замечательно владел искусством письма, любил, по-видимому, и тайнопись. В этой рукописи он применил три вида тайнописи: один изменённых начертаний, второй цифирь счётная, третий система вязи.
Использовали писари древних рукописей и систему условных алфавитов. Как правило, в их основе лежали уже известные: греческий, глаголический, кириллический, в которых привносились какие-то изменения или дополнения. Однако случались в рукописях и оригинальные условные алфавиты, построенные или по какому-то определенному принципу, или абсолютно произвольных начертаний.
Образцом алфавита, придуманного специально для тайнописи, притом по особенному принципу, может служить ключ к тайнописи, изображённый на отдельном листе второй половины XVII ст. (Собрания Большой Патриаршей библиотеки 93).
Здесь тайнопись заключается в замене обычных букв треугольниками и четырёхугольниками, заимствованными из решеток, составленных из двух параллельных линий, пересеченных двумя такими же линиями под прямым углом. В полученных клеточках помещено по четыре и по три буквы в порядке азбуки: в тайнописи буквы заменяются, при этом первая простым угольником, а следующие тем же угольником с одной, двумя или тремя точками, ввиду места буквы в нем. Поскольку при таком размещении букв в клетках вся азбука не могла поместиться, то в этой тайнописи не оказывается знаков для таких букв кириллицы, как «ш», «ь» и тому подобных.
Следующий вид тайнописи, которая использовалась писарями в российских рукописях, это «система замен». Выделяют два вида такой тайнописи: «простую литорею» (от лат. litera буква) и «мудрую литорею», а также как вариант этой последней тайнопись «в квадратах». «Простая литорея» заключалась в том, что каждая из десяти по порядку азбуки согласных, поставленных в одном ряду, заменялась соответствующей ей буквой во втором таком же ряду, который состоял из последних десяти согласных, которые шли в обратном (справа налево) порядке.
Первый документ, который дошел до нас и содержал данный тип криптосистемы, датировался 1229 годом. Однако по-настоящему широкое распространение она получила в конце XVII века. Ключ к «простой литорее» такой:
Слово «УКРАИНА», записанное «литореей», выглядит так: «УТМАИПА».
Более сложной разновидностью «литореи» была так называемая «мудрая литорея», где все буквы кириллической азбуки, включая гласные, заменялись на другие буквы и символы. К этому же виду тайнописи, которую использовали в XVI-XVII веках, относилась тайнопись «в квадратах», где таблицы замены букв выписывались в виде квадратов. Нередко писари прибегали к написанию фраз в обратном порядке, составляя своеобразные криптограммы, или не дописывали букву подобный шифр назывался «полусловицей».
Цифровая система тайнописи, которую тогда называли «счётной» или «цифирной», была основана на употреблении букв как цифр и на разных практических действиях с ними, была очень распространенной. Следует сказать, что в древнерусских рукописях встречались разные ее виды: простая и сложная цифровая система, описательная система, система особенного применения арабских цифр, система значков, то есть с использованием разных значков для обозначения цифр-букв. Цифровая тайнопись существовала на Руси уже в самом начале XIV века.
Простая цифровая тайнопись заключалась в том, что для каждой цифры-буквы, которая отвечала желательной в обычном письме букве, давалось несколько преимущественно одинаковых слагаемых. Так, чтобы получить нужную букву, нужно было провести сложение, а полученная сумма, изображенная соответствующей цифрой-буквой, и была искомой буквой. Реже сумма состояла из разных цифр-букв, причём каждая группа цифр-слагаемых отделялась каким-либо знаком или пропуском от соседних. Буквы, что не имели цифрового значения, оставались неизменными.
Арабские числа начали использоваться в качестве тайнопись лишь с того времени, как они начали входить в употребление в российской письменности, то есть со второй половины XVI века на российском южном западе и с начала XVII века на северном востоке.
К другим системам тайнописи, известным по древнерусским рукописям, принадлежал «монокондил», разные приемы образного и фигурного письма, а также «акростих» (стихотворение, в котором начальные буквы строк образуют слово или фразу). «Акростих» типичный для европейской средневековой письменной культуры прием организации поэтического текста входил в арсенал художественно изобразительных средств древнерусских авторов уже с конца XI века.
Долгое время государственная тайнопись в трудах отечественных ученых, именовалась «дипломатической тайнописью». В первый раз такой термин был введен учёным Попом, который в 1853 году опубликовал труд «Дипломатическая тайнопись времен царя Алексея Михайловича с дополнением к нему». Следом за ним и другие исследователи российской тайнописи начали называть переписку при российском дворе «дипломатической тайнописью», а шифры, которыми оно велось, «дипломатическими».
Следует, однако, отметить, что тайная дипломатическая переписка составляла лишь часть (правда, большую) шифрованной переписки при дворе, которая вместе с дипломатическими касалась и военных вопросов, а также внутренних государственных дел. Но именно в сфере дипломатии, со свойственными ей специфическими чертами и особенностями, в России почти на протяжении двух столетий проходило основное становление криптологии как государственно значимого дела. Политическая борьба, политическая игра другими словами, ведение «большой политики» было немыслимо без охраны государственной тайны.
Активная внешнеполитическая деятельность царя Ивана IV Васильевича (Грозного) и связанные с ней войны повлияли на становление и развитие тайнописного дела. Годом рождения российской криптологической службы можно считать 1549 год, когда была образована «Посольская изба», позже названная «Посольским приказом», при котором работала «цифирная» палата тайных дел. С момента ее образования в России начали активно использовать криптологические методы в дипломатической и военной переписке.