Византийцы находили рыцарей грубыми и нахальными, жаловались на их грабежи и разбой. Крестоносцы обвиняли византийцев в предательстве, лицемерии, лжи и трусости. Взаимные упрёки усугублялись религиозными противоречиями.
Ещё в 1054 году произошёл раскол христианской церкви. Православие и католицизм разошлись навсегда. Папа Лев IX претендовавший на верховную власть в христианском мире потребовал от Константинопольского патриарха признать его первенсто. Поводом к конфликту послужило желание папы получить доходы с церковных владений в Южной Италии, находившихся в то время под властью Византии.
Претензии Рима на верховенство в Константинополе восприняли с недоумением и вежливо отвергли. Поначалу доброжелательные тона в дипломатической переписке между патриархом и папой были отброшены. Лев IX сорвался и попытался отлучить Константинополь от церкви. В свою очередь патриарх Михаил Керулларий сделал то же самое. Так произошёл церковный раскол.
Тем не менее, прибыв в Малую Азию, рыцари, усиленные небольшим византийским отрядом, двинулись к Никеи, главному городу этой провинции. Никея располагалась на берегу озера и была окружена крутыми горами. Кроме того, город был обнесён высокой крепостной стеной. Но рыцари могли рассчитывать на преобладающее христианское население города, несомненно, симпатизировавшее крестоносцам.
Однако осада Никеи затянулась. Атаки рыцарей были отбиты. Ни блокада города, ни поджог южных укреплений не помогли. Тогда Византийский император предоставил в распоряжение крестоносцев 20 судов, для блокирования Никеи со стороны, примыкающего к городу, Асканиева озера.
На 19 июня 1097 года был назначен общий штурм. Но командующий турецким гарнизоном, страшась грабежей и насилия, решил сдаться и впустил в город византийский отряд. Никея была объявлена владением империи. Грабёж города для рыцарей стал не возможен. Крестоносцы были возмущены, рассчитывая, по праву победителей, на богатую добычу. Императору, благодаря богатым подаркам, с трудом удалось уладить конфликт.
Армия рыцарей, снабжённая византийскими советниками и проводниками, направилась к Иерусалиму. После многомесячной осады, длившейся с октября 1097 года, 2 июня 1098 года была взята Антиохия. Надежды византийцев на передачу этого древнего христианского города под власть императора были разрушены честолюбивыми устремлениями князя Боэмунда Тарантского, вопреки данной присяге, объявившего Антиохию своим личным владением. Возмущённые византийцы покинули лагерь крестоносцев. С этого времени их боевое сотрудничество прекратилось.
15 июля 1099 года рыцарями был взят приступом Иерусалим. Цель крестового похода была достигнута. Гроб Господень освобождён.
Несмотря на трудности и разногласия с крестоносцами большие выгоды от похода европейских рыцарей получила и Византийская империя. Были освобождены значительные территории в Малой Азии. Турки-сельджуки уже не были серьёзными противниками для Византии.
Однако крестоносное движение с отвоеванием Иерусалима не угасло. Успехи первых крестоносцев вызвали новый подъём энтузиазма в Европе, и на Восток в 1101 году двинулась новая волна крестоносцев из Франции и Северной Италии. Рыцари шли на Восток дорогами первых крестоносцев. Первыми прибыли в Константинополь в марте 1101 года лангобардцы из Северной Италии. Как и их предшественники, они ограбили окрестные селения, и император Алексей I хотел быстро переправить их в Малую Азию. Но лангобардцы отказались и взяли укреплённый монастырь в предместье Константинополя. Императору пришлось терпеть на своих землях войско рыцарей. К концу весны к византийской столице подошли французы и немцы. И только тогда крестоносцы переправились в Малую Азию. Рыцари на этот раз не спешили отправляться в Сирию и, разделившись на три армии, принялись воевать византийские земли. Первая армия под управлением архиепископа Ансельма IV Миланского шла к Багдаду, взяв Анкару, рыцари передали город под власть византийцев. Но вскоре рыцари турками-сельджуками были разбиты и рассеяны. Вернувшийся с несколькими рыцарями в Константинополь Миланский архиепископ умер от ран.
Были разгромлены в Малой Азии и две другие армии крестоносцев. Союз византийцев с крестоносцами трещал по швам.
Византийско-латинские противоречия вскоре вылились в открытое противостояние. Особенно напряжённые отношения сложились с князем Антиохии Боэмундом Тарантским. Происходя из норманнской семьи Отвилей утвердившейся в Южной Италии, князь Боэмунд был давним противником Византии. Он воевал с империей задолго до крестового похода. К тому же Антиохию, где утвердился Тарантский князь, император Алексей I считал византийским городом. Его захватили мусульмане только в 1085 году, незадолго до первого крестового похода. Поэтому Алексей I Комнин хотел вернуть себе город. Борьба за Антиохию вылилась в открытое вооружённое противостояние. И хотя успех сопутствовал византийцам, Антиохийское княжество сумело отстоять свою независимость.
Напряжённые отношения были у византийцев и с участниками второго крестового похода 1147 1149 годов. Тогда в поход отправились король Франции Людовик VII и Германский император Конрад III.
Особенно много хлопот доставили византийцам воины императора Конрада III. Немцы опустошили поля Фракии и разграбили предместье Константинополя. Поэтому, как и ранее, Византийский император Мануил I, правивший в 1143 1180 годах, переправил крестоносцев в Малую Азию, предоставив их самих себе. Вскоре немецкие рыцари были разбиты и немногочисленные остатки армии укрылись в Никеи.
С прибывшими в Константинополь французами сложились более дружелюбные отношения. Французский король не допускал грабежей. Французы были более дисциплинированы и учтивы. Тем не менее, Мануил I так же спешил избавиться от присутствия иностранной армии. Чтобы поскорее отправить французов Византийский император пошёл на хитрость. Он сообщил крестоносцам, что немцы в Малой Азии одерживают блистательные победы и захватывают новые земли. И если французы промедлят, то им ничего не достанется. Уязвлённый король Людовик VI поспешил покинуть Константинополь.
Второй крестовый поход потерпел поражение. Крестоносцы были разбиты. Лишь несколько небольших отрядов прибыло в Палестину. Их совместный поход на Дамаск так же окончился неудачей. Город взять не удалось.
Со временем положение христиан на Востоке стало тяжёлым. 2 октября 1187 году мусульмане отвоевали Иерусалим. Папа Урбан III призвал католиков к новому походу, для освобождения Иерусалима. Сложился третий крестовый поход в 1189 1192 годах. Во главе крестоносцев выступили Французский король Филипп II Август, король Англии Ричард I Львиное Сердце и император Священной Римской империи Фридрих I Барбаросса.
Первыми выступили весной 1189 года в поход немцы. Они шли проторённой дорогой через Венгрию и Болгарию. Император Фридрих I ещё перед выступлением своей армии заключил с Византийским императором договор, предоставлявший его войскам свободный проход через византийские земли. Кроме того, византийская сторона должна была обеспечить немецкую армию продовольствием и фуражом по фиксированным ценам.
В июле месяце армия Фридриха I Барбароссы вступила в пределы Византийской империи. Византийские чиновники вызвались служить проводниками для крестоносцев. Однако выбор пути привёл к конфликту. Ранее император Фридрих I пользовался проводниками, предоставленными ему королём Венгрии. И они предложили идти к Константинополю по долине Моравы через Софию и Филиппополь. Однако византийцы предложили другой путь, пояснив, что предложенная венграми дорога испорчена. Венгерские проводники уверили крестоносцев, что византийцы умышленно испортили дорогу, не желая их прибытия в Константинополь.