Папа Адриан II не поверил клевете, возведенной на Кирилла и Мефодия, наоборот, признал еретиками тех, кто утверждал, что Евангелия следует читать только на трех языках. Он рукоположил Мефодия и нескольких его учеников в священники и даже разрешил в трех римских церквах (Святого Петра, Святого Павла и Святого Апостола Андрея) совершить богослужение на славянском языке. Но Кирилл недолго радовался торжеству своего дела. Вскоре после прибытия в Рим он тяжело заболел и, почувствовав, что жить ему осталось недолго, принял схиму. Он не боялся умереть, его тревожила только мысль, чтобы после его смерти не остановилось начатое дело просвещения славян. Последние слова его к Мефодию были такими:
Кирилл умер на 42-м году жизни — 14 февраля 869 года. Мефодий исполнил волю брата и посвятил всю оставшуюся жизнь и все свои силы делу просвещения славян. Вернувшись епископом в славянские земли, он увидел в Паннонии еще больше вражды и зависти со стороны немецких епископов. Они клеветали на Мефодия и даже угрожали ему смертью. Германский император весьма неблагосклонно смотрел на распространение славянского языка в своих владениях, моравский князь Святополк тоже не благоволил к Мефодию, который обличал его за страсти и пороки. И напрасны были все усилия князя Коцела поддержать проповедника: в 870 году немецким епископам удалось похитить и переправить Мефодия в Баварию, где над ним состоялся суд. Борьба Мефодия с немецким духовенством отражена в легендах об этом суде над ним. Немецкие епископы увидели в священническом сане Мефодия ущемление своих прав и не дозволяли ему отправлять в тех землях свои епископские обязанности. «В нашем царстве учишь», — говорили они, на что он отвечал им:
Такая речь Мефодия раздражила немецких епископов, и стали они грозить ему смертью. Он ответил: «Я говорю правду перед королями и не стыжусь; вы же можете делать со мною, что хотите, я не лучше тех, которые приняли мученический венец за слово правды». Спор продолжался долго, часто Мефодий заставлял своих врагов умолкать, но они все равно осудили его и заключили в темницу монастыря в Элвангене (по другим сведениям — в Рейхенау).
Когда римский папа Иоанн VIII узнал, что епископ Мефодий содержится в заточении, он сильно разгневался и потребовал его освобождения. В 873 году он обратился к епископу Германариху с такими словами:
Возвращение Мефодия вызвало новое сопротивление со стороны немецкого духовенства, и оно еще не раз строило против него козни. Но он прибыл в Моравию в благоприятный для славянского просвещения момент: пытаясь освободиться от немецкого господства, герцог Святополк решился выгнать из страны немецкое духовенство, и потому Мефодий был встречен с радостью.
Вместе со всеми мораванами Святополк принял его и доверил ему все церкви и все духовенство во всех городах. С того дня учение Божие стало расти, духовенство стало умножаться по всем городам, а язычники — верить в истинного Бога, отказываясь от своего заблуждения. Еще более стала расширяться моравская держава по всем сторонам и уверенно побеждать своих врагов…