В эпоху этой полемики Иосифу пришлось не только писанием, но и самим делом отстаивать неприкосновенность монастырского имущества.
Иосифов монастырь, как известно, находился в уделе Волоцком; когда умер благодетель монастыря князь Борис Васильевич, удел его разделился между двумя сыновьями: младший (Иван Борисович Русский) умер еще при Иване III и отказал свою часть великому князю Московскому; оставался в живых старший, Федор Борисович, которому принадлежал самый Волок-Ламский. Этот князь Федор любил разгульную жизнь и, нуждаясь в деньгах, захотел воспользоваться казной находившихся в его земле монастырей. Между прочим, он брал из Иосифова монастыря разные вещи, взял значительную сумму денег под видом займа и вообще начал его притеснять. Выведенный тем из терпения, суровый игумен решился наконец на открытую борьбу. Он послал одного из старейших иноков требовать возврата занятой суммы; князь грозил бить кнутом посланного. Однажды Федор Борисович пред своим приездом в монастырь прислал сказать игумену, чтобы готовил пир и «держал бы про него меды, а квасов бы не держал». Игумен ответил, что устав запрещает иметь хмельные напитки в монастыре. Иосиф купил жемчуг на ризы и епитрахиль; князь прислал просить этот жемчуг себе на венец к шлему и получил отказ. Тогда князь погрозил разорить монастырь, чернецов казнить кнутом. Иосиф начал советоваться с братией, что предпринять, и, желая испытать ее, предлагал разойтись по другим монастырям. Но братия подняла ропот; многие иноки, вступив в монастырь, сделали значительные вклады, надеясь спокойно провести в нем остаток жизни, а теперь нищими должны были скитаться по чужим обителям. Решили отправить в Москву челобитье великому князю и митрополиту, чтобы заступились за монастырь и приняли бы его в Московскую державу. Иосиф, конечно, заранее рассчитывал на благоприятный ответ и не ошибся. Мелкий удельный князь не посмел противиться государевой воле; зато он постарался возбудить против волоцкого игумена гнев местного церковного владыки.
Волоцкой удел принадлежал к Новгородской епархии. Архиепископом в Новгороде был тогда преемник Геннадия Серапион, бывший игумен Троице-Сергиевой лавры. Иосиф обратился с челобитьем в Москву, не предупредив о том своего владыку, и, так сказать, самовольно исключил монастырь из его епархии, не взяв владычного благословения. Он отговаривался после тем, что посланный им чернец не был пропущен за новгородский рубеж заставой, которая была временно учреждена по случаю свирепствовавшей в той земле моровой язвы (мор железою). Однако Серапион, напрасно прождав еще около двух лет какого-либо отзыва со стороны Иосифа, отважился на решительный шаг: он послал игумену неблагословенную грамоту, отлучающую его от священства и св. причастия. Такой поступок повлек за собой важные последствия. По жалобе Иосифа Серапион неволей привезен в Москву и предан суду духовного собора. Председателем на соборе был покровитель Иосифа, митрополит Симон, а вторым после митрополита лицом тут заседал младший брат волоцкого игумена, Вассиан, незадолго возведенный в сан архиепископа Ростовского. Серапиона обвинили в неуважении к митрополиту и великому князю. В особую вину поставили ему следующее выражение его неблагословенной грамоты Иосифу: «Что еси отказался от своего государя в великое государство ино еси отступился от небесного, а пришел к земному». Конечно, это было написано в том смысле, что игумен променял Царство Небесное на земные блага, а его истолковали таким образом, что небесным тут назван князь Федор, а земным сам великий князь. На соборе Серапион утверждал, что он был прав, и давал иногда резкие ответы. Так, на вопрос своего явного неприятеля Вассиана, архиепископа Ростовского, на основании каких священных правил он отлучил и не благословил Иосифа, Серапион с запальчивостью отвечал: «Волен я в своем чернеце, а князь Федор волен в своем монастыре, хочет жалует, хочет грабит». По соборному определению, Иосиф был разрешен от владычнего запрещения и ему послано благословение священнодействовать. А Серапион лишен святительского сана и заключен в монастырь (сначала Андроников, потом Троице-Сергиев). Но дело тем не кончилось.
Серапион написал оправдательное послание, обращенное к митрополиту и направленное против Иосифа. В Новгороде он успел приобрести расположение граждан, и там о нем сожалели; в самой Москве многие приняли его сторону и считали волоцкого игумена неправым в этом деле. Так думали даже некоторые приверженцы последнего из среды бояр; они смущались помянутым его отлучением и высказывали желание, чтоб он просил прощения у своего бывшего владыки. Тогда Иосиф некоторым таким боярам (например, Ивану Ивановичу Третьякову-Ховрину и Борису Васильевичу Кутузову) написал пространные и энергичные послания, в которых вновь разбирал всю историю своего спора с архиепископом; обвинял его в гордости и непокорности высшим властям; доказывал, что Серапион неправильно отлучил его, не дав ему никакого суда, и что по правилам Св. Отцов самый суд над священником должен совершаться вместе с другими епископами. Тут же Иосиф коснулся и вообще неприкосновенности монастырских имуществ. Этот вопрос затем он развил в особом сочинении «О грабителях церкви». Неприкосновенность церковных имуществ он старался доказывать не только ссылками на примеры библейской и церковной истории, на канонические правила и узаконения греческих императоров, но также ссылками на жития святых или собственно на их чудеса. Здесь он рассказывает о разных карах, которым подверглись святотатцы, поднимавшие руку на церковную собственность. Особенно грозный пример кары он приводит из жития Стефана Сербского: один князь хотел ограбить обитель этого святого; но во сне явился ему сам Стефан и так избил нечестивца, что после того все тело его сгнило заживо. А в примере передачи монастырей в «великое государство» от обиды удельных князей он указывает некоторые случаи, бывшие при Василии Темном и Ионе митрополите. Эти красноречивые послания, в свою очередь, сильно задели противников монастырского землевладения, и Вассиан Патрикеев отвечал на них целым рядом полемических рассуждений, исходивших совсем из другой точки зрения. Между тем как Иосиф держался оснований исторических и канонических, Вассиан стоял на почве строго евангельской и нравственной. Этот последний, кроме того, по примеру своего учителя Нила Сорского критически относился к ссылкам своего противника на жития святых, особенно на сказания об их посмертных чудесах, вошедшие в позднейшие редакции житий, и старался отыскивать древнейшие, более краткие и менее украшенные редакции. Поэтому Иосиф обвиняет его и Нила Сорского в том, что они не верят чудесам русских святых и «изметают их от писания». Вассиан отвечал, что Нил не выкидывал чудес, а только исправлял их с «правых списков». «И ты, Иосиф, лжешь на него как человеконенавистник», прибавляет он.
По всем признакам, литературная полемика таких видных противников немало занимала умы современников и оживляла борьбу партий при великокняжьем дворце. Сам великий князь, без сомнения, с интересом следил за их спором. Однако он не повторил попытки своего отца к отобранию церковных имуществ на государственные нужды (он не сделал этого также при взятии Пскова, Смоленска и Рязани). Легко было на нравственных основаниях отрицать некоторые порядки, сложившиеся исторически, но трудно было бы привести эти отрицания в дело. Государственная власть опасалась затрагивать материальные интересы самого могущественного своего союзника церковной иерархии. Иосиф Волоцкий в своих сочинениях являлся не только горячим сторонником этого союза, но также красноречивым поборником возникавшего московского самодержавия; тогда как в рассуждениях Вассиана ясно проглядывали симпатии к отживающей старине с ее удельно-дружинным или княжеско-боярским строем. Сочувствие великого князя поэтому клонилось более на сторону Иосифа, хотя он продолжал оказывать расположение Вассиану. Этот князь-инок, «высокоумный», «высокошиявый» и «велехвальный», по выражению своих противников, проповедует бедность и нестяжательность для монахов, сам, однако, если верить местному монастырскому преданию, жил в Симонове привольно, как истый боярин. «Он, говорит это предание, не любил ржаного хлеба, щей, свекольника, каши и промозглого монастырского пива, но питался сладкими кушаньями, иногда с великокняжеского стола, а пил нестяжатель романею, мускатное и ренское вино». В самом тоне его полемики слишком высказывался высокомерный боярин; такой тон отнюдь не соответствовал тому евангельскому учению, которого он хотел быть последователем, тем гуманным отношениям к ближнему и той веротерпимости, которые он проповедовал. Этот тон и само положение Вассиана Патрикеева еще более возвысились по кончине митрополита Симона (1511 г.), которому преемником великий князь назначил симоновского архимандрита Варлаама, бывшего приятелем Патрикеева и сторонником аскетического направления заволжских старцев. Самый выбор Варлаама, вероятно, произошел не без влияния князя-инока. Однако и волоцкий игумен до конца сохранил свое значение и милость державного. По смерти бездетного князя Федора Борисовича Волоцкого удел перешел к великому князю (1513 г.), и последний стал ездить туда на охоту, причем посещал обитель Иосифа. Но спустя два года знаменитый игумен скончался, завещав свою обитель непосредственным попечениям государя.