В марте 1654 года в Москве в присутствии царя Алексея Михайловича, членов Боярской думы, Освящённого собора и гетманских послов войскового судьи Самуила Богдановича и переяславского полковника Павла Тетери был подписан исторический договор о воссоединении исконных русских земель с Россией. В соответствии с «Мартовскими статьями»: 1) на всей территории Малороссии сохранялась прежняя административная, то есть военно-полковая система управления, «чтоб Войско Запорожское самомеж себя Гетмана избирали и Его Царскому Величеству извещали, чтоб то Его Царскому Величеству не в кручину было, понеже тот давный обычай войсковой»; 2) «В Войске Запорожском, что своими правами суживалися и вольности свои имели в добрах и в судах, чтоб ни воевода, ни боярин, ни стольник в суды войсковые не вступалися»; 3) «Войско Запорожское в числе 60 000 чтоб всегда полно было» и т. д. Причём, что особо интересно, в «Мартовских статьях» детально оговаривался конкретный размер государева жалованья и земельных владений всей казацкой (войсковой и младшей) старшины, в частности, войскового писаря, войсковых судей, войсковых полковников, полковых есаулов и сотников [22].
Надо сказать, что в современной украинской историографии, да и в широком общественном сознании многих «политических украинцев» господствует устойчивый миф о существовании некой особой формы республиканского правления в Малороссии (Гетманщине), которая зримо проявилась в образе вольной Казацкой державы. Однако даже ряд современных украинских историков, в частности, В.А.Смолий, В.С.Степанков и Н.И.Яковенко, вполне справедливо говорят о том, что в так называемой «Казацкой республике» в гораздо большей степени присутствовали зримые элементы махрового авторитаризма и олигархического правления, особенно во времена гетманства самого Богдана Хмельницкого, Ивана Выговского, Юрия Хмельницкого и Павла Тетери. Причём практически все претенденты на гетманскую булаву, внешне демонстрируя свою приверженность идеям подчинения гетманских полномочий «коллективной воле» Запорожского войска, на деле прилагали максимум усилий для расширения границ своего авторитаризма и даже передачи гетманской булавы по наследству [23]. Более того, профессор Н.И. Яковенко утверждает, что именно при Богдане Хмельницком в Гетманщине установился режим военной диктатуры, поскольку все руководящие посты здесь занимали исключительно войсковые старшины. Также хорошо известно, что многие малороссийские гетманы после своего прихода к власти проводили политику террора в отношении всех политических оппонентов. Например, тот же Иван Выговский только в одном июне 1658 года казнил переяславского полковника Ивана Сулиму, корсунского полковника Тимофея Оникиенко и более десятка полковых сотников. Поэтому, спасаясь от гетманского террора, из Малороссии бежали уманский полковник Иван Беспалый, паволоцкий полковник Михаил Суличич, генеральный есаул Иван Ковалевский, наказной гетман Яким Сомко и многие другие.
Также несостоятельны постоянные ссылки и голословные стенания украинских самостийников об особом национально-автономном статусе Левобережной Украины (Малороссии) в составе Московского царства, так как реально это была не национальная или региональная, а сугубо военно-сословная или полковая автономия, проистекавшая из особого пограничного положения малороссийских и новороссийских земель, расположенных на границах с Крымским ханством и Речью Посполитой. Точно такая же военно-сословная автономия существовала и в землях Донского и Яицкого казачьих войск, которые, как и запорожские казаки, несли пограничную службу на южных рубежах Московского царства, а затем Российской империи.
Принимая Запорожское войско и всю Гетманщину под свою «высокую руку», царь Алексей Михайлович, безусловно, учитывал неизбежность войны с Польшей, поэтому это решение было принято лишь тогда, когда русская армия оказалась в состоянии начать новую войну со своим давним и сильным противником. Новая русско-польская война началась в мае 1654 года, когда 100-тысячная русская армия выступила в поход в трёх главных направлениях: сам царь Алексей Михайлович во главе основных сил двинулся из Москвы на Смоленск, князь Алексей Трубецкой со своими полками выступил из Брянска на соединение с войсками гетмана Богдана Хмельницкого, а боярин Василий Шереметев из Путивля вышел на соединение с запорожскими казаками. Чтобы предупредить возможное выступление турок и крымских татар, тогда же на Дон послали боярина Василия Троекурова с наказом донским казакам зорко стеречь крымские рубежи, а при необходимости не мешкая выступить против неприятеля.
В ходе военной кампании 1654 года русская армия и запорожские казаки, нанеся ряд крупных поражений польско-литовской Квацярной армии гетманов Стефана Потоцкого и Януша Радзивилла, взяли Смоленск, Дорогобуж, Рославль, Полоцк, Гомель, Оршу, Шклов, Умань и другие города в Белоруссии и Малороссии. Военная кампания 1655 года также оказалась на редкость удачной для русской армии, которая нанесла ещё ряд крупных поражений полякам и овладела Минском, Гродно, Вильно, Ковно и вышла к Бресту. Но к лету 1655 года серьёзно осложнилась ситуация на территории самой Малороссии, поскольку часть казацкой старшины, которая не признала решений Переяславской рады, поддержала польскую шляхту, и коронному гетману Стефану Потоцкому удалось собрать и вооружить новую армию. Однако уже в сер. июня 1655 года отборные полки Богдана Хмельницкого, Алексея Трубецкого и Василия Бутурлина разгромили поляков под Львовом, а сам город взяли в кольцо. Тем временем новый крымский хан Мехмед IV Гирей решил оказать помощь Варшаве и вторгся в пределы Польской Украины, но в районе Озёрной татары были разбиты и поспешно ретировались восвояси. После этих событий польский король Ян II Казимир в панике бежал в Силезию, а литовский гетман Януш Радзивилл переметнулся к шведскому королю Карлу X Густаву, который ещё год назад начал Северную войну (16551660) с польской короной [24].
Сокрушительным военным поражением Польши умело воспользовались в Стокгольме, и уже в конце 1655 года шведская армия захватила Познань, Краков, Варшаву и другие города южного соседа. Эта ситуация в корне изменила ход дальнейших событий. Не желая укрепления позиций Швеции в стратегически важном балтийском регионе, под давлением главы Посольского приказа Афанасия Лаврентьевича Ордина-Нащокина Алексей Михайлович объявил Стокгольму войну и в мае 1656 года русская армия спешно двинулась в Прибалтику. Хотя, по информации того же Г.А.Санина, против этой войны резко выступали многие крупные персоны в окружении царя, в том числе патриарх Никон, Василий Бутурлин, Григорий Ромодановский и другие члены Боярской думы [25]. Более того, Г.А.Санин отвергает традиционное мнение об А.Л.Ордине-Нащокине как самом толковом и успешном дипломате той поры, и говорит о том, что именно его ошибочное решение о начале войны со Швецией не позволило «добить гадину», то есть Польшу, и уже в XVII веке окончательно решить «украинский вопрос» в пользу Москвы.
Между тем начало новой шведской кампании оказалось весьма успешным для русской армии, и буквально за один месяц она овладела Динабургом и Мариенбургом и начала осаду Риги. Однако уже в начале октября, получив известие о том, что Карл Х готовит поход в Ливонию, осаду Риги пришлось снять и отойти к Полоцку. В этой ситуации в октябре 1656 года Москва и Варшава подписали Виленское перемирие и начали совместные боевые действия против шведской армии, которая на тот период взяла под контроль значительную часть польской территории.