Великая опасность, грозившая от мятежного казачества с юго-востока, вызвала в столице усиленные меры для борьбы с Заруцким. Из Москвы посылались многие грамоты, от царя, от духовенства, бояр и Великой земской думы с увещаниями казачеству, чтобы оно оставалось верным новоизбранному царю и не соединялось с Ивашкой Заруцким; причем те же грамоты рассказывали о его вероломных, изменнических действиях во время московского разорения.
Увещания эти подкреплялись посылкой на Дон и на Волгу царских подарков деньгами, сукнами, хлебными и военными припасами. Отправленные против него воеводы, князь Иван Николаевич Одоевский и окольничий Семен Васильевич Головин, с дьяком Юдиным, собрав рать в украинных областях, зазимовали в Казани и со своей стороны также посылали увещательные грамоты казакам. Увещания, очевидно, подействовали. Казацкие общины с их атаманами, в свою очередь, начали пересылаться между собой, обсуждать дело в своих кругах. Тут скоро обнаружилось, что старые казаки более наклонны были служить новоизбранному царю Михаилу, а молодые тянули к Заруцкому ради добычи и разгула. Часть покинула Заруцкого еще на походе его к Астрахани и принесла повинную; царь простил их и отправил под Смоленск. На их место в Астрахань пришло на Вербной неделе более пяти сотен волжских казаков, «хотевших добыть себе зипунов», как они выражались. Но прибытие их вместо помощи ускорило его падение.
Естественно, господство свое Заруцкий поддерживал казнями и пытками недовольных граждан и грабежом их имущества. Обижал также духовенство и кощунствовал: например, взял из одного храма серебряное кадило и велел слить из него себе стремена. Подобно Калужскому вору, он окружал себя татарами, которых щедро кормил и поил и с которыми разъезжал по окрестностям. Марина, со своей стороны, держала себя высокомерно, наподобие царицы; помня московскую кровавую заутреню 17 мая, она между прочими мерами предосторожности запретила благовест к заутрене, под предлогом, что он пугает ее маленького сына. С прибытием помянутого отряда казаков Заруцкий сделался еще более жестоким и самовластным, что, наконец, вызвало открытое восстание астраханцев; поводом к тому послужил пущенный между ними слух, что в самое Светлое воскресенье должна была произойти резня лучших граждан. Заруцкий с 800 волжскими казаками и несколькими сотнями других мятежников заперся в Кремле, а восставшие граждане защищались на посаде; между той и другой стороной начались ожесточенные бои.
Решительный удар делу Заруцкого нанесло отложившееся от него, ближнее к Астрахани, терское казачество.
Воеводой на Тереке был Петр Головин, по-видимому любимый жителями. Заруцкий вздумал отделаться от него, по примеру Хворостинина, велел взять его и привести в Астрахань. Но терские люди не выдали Головина. А когда между ними также прошел слух, что Заруцкий на Великий день (Светлое воскресенье) собирается нагрянуть в Терский город, чтобы казнить воеводу и непокорных людей, там немедля присягнули на верность царю Михаилу Федоровичу. После чего Головин отправил под Астрахань 700 человек под начальством стрелецкого головы Василия Хохлова. Прибытие этого отряда дало явный перевес восставшим астраханцам, которым плохо приходилось от пушек, направленных из Кремля. Несколько тысяч народу, по преимуществу жен и детей, спаслись из посада в стан Хохлова. Союзный дотоле Заруцкому Иштерек-бей с ногайскими татарами также отложился от него и принес присягу Михаилу Федоровичу. В скором времени должны были прибыть и московские воеводы с царским войском. При таких обстоятельствах Заруцкий не стал более медлить и покинул Астрахань в мае 1614 года. Хохлов нагнал его и побил. Тогда Заруцкий с Мариной, ее сыном и оставшейся у него небольшой шайкой бросился на стругах в Каспийское море.
Когда князь Одоевский на походе к Астрахани узнал об очищении от воров и поражении Заруцкого Хохловым, известие это, очевидно, было ему неприятно, так как подвиги стрелецкого головы отодвигали опоздавшего воеводу на второй план. Одоевский отправил Хохлову приказ не посылать донесения государю о своих успехах, а если уже послал, то воротить посланного с дороги, так как ему, воеводе, надобно «государю писать о многих государевых делах». Мало того, князь Одоевский и Головин предписали Хохлову выйти к ним с астраханскими и терскими людьми и встретить их верст за тридцать от города, а затем всему Освященному собору и всему народу с колокольным звоном и с крестами встречать «новоявленную чудотворную икону Казанскую», находившуюся при царском войске.
Водворясь в Астрахани, Одоевский послал Хохлова в Москву к государю «с сеунчом», то есть с донесением; а когда узнал, что Заруцкий с Мариной ушли на Яик, то отправил для их поимки двух стрелецких голов Пальчикова и Онучина, с их приказами, придав им отряд наемных немцев и западнорусов. После двухнедельного плавания рекой Яиком головы нашли беглецов на Медвежьем острове, где они поставили острожек и укрепились. Около них собралось до 600 казаков волжских и яицких. Но Заруцкий уже утратил свою власть над казаками; здесь начальствовал атаман Треня Ус с товарищами. Пальчиков и Онучин окружили острожек и начали добывать его силой. Казаки недолго защищались и вошли в переговоры. Они присягнули на верную службу Михаилу Федоровичу и выдали Заруцкого с Мариной и ее сыном, да еще какого-то «чернеца Николая»; кроме того, выдали находившихся у них заложниками детей и мурз ногайского князя Иштерека, а также враждебного ему мурзу Джан-Арслана. 6 июля стрелецкие головы привезли пленников в Астрахань. Князь Одоевский немедля послал этих двух голов в Москву к государю «с сеунчом»; а вслед за ними отправил Марину с сыном под сильным конвоем и Заруцкого под особым конвоем в Казань, до государева указу, не смея держать их в Астрахани, по причине «смуты и шатости». Начальники конвоя имели приказ в случае нападения более многочисленного воровского отряда побить своих пленников. Московское правительство было очень обрадовано поимкой опасных врагов и, конечно, поспешило вытребовать их в столицу. Об участи их имеем только краткое известие: Заруцкого посадили на кол, сына Марины повесили; а сама она умерла, по-видимому, в тюрьме. Так окончила свое бурное, исполненное великих превратностей существование эта женщина, «от которой все зло московскому государству учинилось», как выразилась увещательная грамота в марте того же 1614 года, посланная от Земской думы волжскому казачьему войску.
С устранением Заруцкого еще не окончились бедствия, производимые воровскими казацкими шайками, которые рассеялись почти по всем областям государства. В особенности они свирепствовали на Верхнем Поволжье, в Пошехонье, Белозерском, Бежецком и других соседних краях. Эти одичалые шайки не ограничивались грабежом беззащитных сел, но и подвергали крестьян, равно мужчин и женщин, всяким мукам, и, между прочим, жгли их огнем до смерти, вероятно вымучивая указания на спрятанное добро; церквей не щадили, обдирали самые иконы и всячески кощунствовали. Врывались они также в плохо огражденные города и монастыри и вконец их разоряли. Но хорошо укрепленные города и большие монастыри давали им отпор; так, например, тщетно приступали они к богатой Кирилловой обители. Между атаманами воровских шаек особой свирепостью отличался прозванный Баловнем. Шайки эти прерывали сообщение между городами, между столицей и ее областями, так что предписанные по указам государевым денежные и хлебные запасы для жалованья ратным людям нельзя было собирать в областях, а собранные нельзя было доставлять в Москву. Безнаказанность воровских казаков вредно влияла на казаков служилых вообще. Так, целый отряд их, посланный со стольником Леонтием Вельяминовым в Новгородскую область на помощь царским воеводам против шведов, самовольно воротился с похода и занялся воровством. Это обстоятельство побудило государя предложить на обсуждение Земского собора или Великой земской думы вопрос: что делать с воровскими казаками? 4 сентября 1614 года собор приговорил послать из всех чинов разумных людей, которые бы увещевали казаков стоять за святые церкви и православную веру, служить и прямить государю; затем составить списки тем, которые отстанут от воров и покажут свою службу, их награждать денежным жалованьем; а которые не отстанут от воровства, тех казаками не называть (чтобы казачьего имени не бесчестить), а поступать с ними как с ворами, убийцами и разбойниками. Жителям строго запрещалось иметь сношения с воровскими казаками, что-либо им продавать и у них покупать. Для выполнения этого приговора по указу государя отправлены были в Ярославль суздальский архиепископ Герасим, боярин князь Борис Михайлович Лыков и дьяк Богдан Ильин. Сюда же приказано было собраться дворянам и детям боярским, из многих ближних и дальних городов и уездов, а также охочим и даточным людям, чтобы под начальством князя Лыкова «промышлять» над теми атаманами и казаками, которые от воровства не отстанут. Тех дворян и детей боярских, которые не явятся на государеву службу, велено сыскивать, бить батогами, сажать в тюрьму, отписывать от них поместья, а их крестьянам «ни в чем их не слушать». Меры эти, как видно, подействовали. Князь Борис Лыков успел собрать достаточную рать. Он начал с того, что побил в Балахонском уезде только что пришедшую в Московское государство и занимавшуюся грабежом шайку черкас или запорожцев, состоявшую под предводительством полковника Захария Заруцкого. Затем посылаемые им отряды захватывали и приводили к нему мелкие воровские шайки, которые он присуждал к виселице и другим казням. Тогда воровские атаманы собрались и пошли к Москве, говоря, что хотят бить челом государю. Они остановились табором под Симоновым монастырем. Лыков последовал за ними и стал в Дорогомилове. Так как это казачество не унималось от своего воровства, то государь велел идти на них окольничему Измайлову и князю Лыкову. Воры бросились бежать по Серпуховской дороге. Воеводы последовали за ними; в Малоярославском уезде на реке Луже Лыков разбил их наголову, после чего значительная часть их добила челом и присягнула на верную службу. Лыков привел с собой в Москву более трех тысяч раскаявшихся казаков. Баловня здесь повесили.