Само собой разумеется, что знаменитый князь Д.М. Пожарский хотя и возвысился своими великими заслугами, но, как вышедший из захудалого рода, не мог избежать многих местнических столкновений. Уже при его пожаловании в бояре, как мы видели, думный дворянин Гаврило Пушкин не хотел «стоять у сказки» ему боярства думным дьяком Сыдавным-Васильевым, но покорился распоряжению «быть без мест». А спустя несколько месяцев сам Пожарский отказался стоять у сказки, когда тот же дьяк Сыдавной-Васильев сказывал боярство Борису Михайловичу Салтыкову. Но этот Салтыков был тогда в числе самых властных лиц; он со своим меньшим братом Михаилом бил челом на Пожарского в бесчестии. На приведенные ими ссылки Пожарский ничего не отвечал; однако к сказке не пошел, а уехал домой и сказался больным. «Поговоря с боярами», государь велел, чтобы боярство сказывал дьяк один, а в разряде записать, что сказано в присутствии Пожарского. Очевидно, Михаил Федорович и Боярская дума желали пощадить знаменитого князя. Но Салтыков опять «ударил челом» государю на Пожарского в бесчестье. Дело снова обсуждалось в Боярской думе и кончилось тем, что князя Димитрия Михайловича привели на двор Б.М. Салтыкова и выдали головой.
Сама правительственная власть в первые годы Михайлова царствования, по-видимому, еще не сложилась, не отлилась в твердые, ясно очерченные формы, хотя заметно очевидное стремление к ее восстановлению в прежнем объеме. Рядом с царем остается Великая земская дума, его избравшая, и все важные меры исходят от царя и этой Думы; обыкновенно вместе с царскими грамотами мы видим грамоты того же содержания, издаваемые от имени Земской думы. Таковы грамоты о мерах против Ивашки Заруцкого и воровских казаков, о посылке воевод на литовских людей и черкас, о пятой деньге и других чрезвычайных сборах. Избирательный Земский собор 1613 года помогал в управлении Михаилу до 1615 года включительно. В этом году он был распущен. Но помощь всей земли в управлении государством считалась еще столь необходимой, что вскоре объявлены были новые выборы в Земскую думу; она собралась уже в следующем, 1616 году и продолжала ту же деятельность. За неимением указаний, не можем сказать положительно, но, кажется, та же самая Земская дума 1616 года заседала в Москве и в 1618 году, в трудную эпоху Владиславова нашествия. Ввиду наступавшей опасности и вреда от местничества она утвердила государево предложение, чтобы воеводы и служилые люди «были без мест» до 1620 года; а затем участвовала в самом распорядке обороны. Одним из последних актов этой Думы второго созыва, по-видимому, было торжественное участие в просьбе Филарету Никитичу принять на себя патриарший сан.
Вообще никогда на Руси Великая земская дума не была таким господствующим и постоянным правительственным учреждением, как в шестилетний период от избрания Михаила Федоровича до возвращения из плена Филарета Никитича. Но душой правительства в это время оставалась Боярская дума, которая притом входила и в Земскую думу, как ее главная составная часть. По всем признакам, эта Боярская дума недаром обязала юного государя записью условий при его избрании. По одному свидетельству, близкому по времени, Михаил, «хотя и писался самодержцем, но ничего не мог делать без боярского совета». Другое, почти современное свидетельство с негодованием говорит, что бояре «уловивши» Михаила присягнуть на их вольностях, широко пользовались его юностью, неопытностью и смирением для своих «мздоиманий» и «насилий» над православным людом. Но далее личных корыстных целей члены Боярской думы, очевидно, не пошли и не упрочили за ней господствующего государственного значения. Чему способствовало отсутствие деятельного, энергичного руководителя и соперничество самих членов. Первое место в этой Думе занимал Ф.И. Мстиславский, известный именно противоположными качествами. А затем в ней заседали родственники и свойственники молодого государя, каковы: дядя его Иван Никитич Романов, двоюродный брат (сын тетки Марфы Никитичны) Иван Борисович Черкасский, Федор Иванович Шереметев, Алексей Юрьевич Сицкий и братья Салтыковы, Борис и Михаил Михайловичи. Из них наиболее искусным дельцом, опытным в государственной политике, является Шереметев, вполне преданный Михаилу, избранию которого, как известно, он много способствовал. Однако наибольшим значением при дворе пользовались тогда братья Салтыковы, благодаря покровительству царской матери, великой старицы Марфы, которой они приходились племянниками. Уже по самому характеру своему не расположенный к самостоятельному и сколько-нибудь решительному образу действия, Михаил до возвращения отца, можно сказать, не выходил из привычного послушания своей матери и продолжал вести почти монастырский образ жизни, часто отправляясь на богомолье в ту или другую обитель. А великая старица, пережившая много горя и разных превратностей, достигши властного положения, не отличалась мягким характером. Ее любимцы, братья Салтыковы, многое позволяли себе, надеясь на ее заступничество, и, вероятно, на них-то более всего намекает летописец, говоря о мздоимцах и насильниках. Мы видели, как Д.М. Пожарский поплатился за свою попытку местничать с Борисом Салтыковым. До какой степени эти братья злоупотребляли своим придворным значением, показывает дело о первой невесте Михаила Федоровича.
Государю было уже за 20 лет, когда великая старица Марфа решила его женить. Она сама выбрала ему невесту: то была дочь скромного дмитровского помещика Ивана Хлопова. Этот Хлопов во время Бориса Годунова состоял приставом при Марфе Ивановне в Клину, куда она была отправлена с сыном после ее возвращения из заонежской Толвуйской ссылки. А великая старица взыскивала своими милостями всех, кто оказывал ей или ее семье услуги в Смутное время. Так, ради нее были награждены землей и обельными грамотами толвуйский священник Ермолай Герасимов с сыном Николаем и толвуйский крестьянин Поздей Тарутин с братьями и детьми. По ее же просьбе таковым же пожалованием награжден Богдан Сабинин за службу и «за кровь тестя его Ивана Сусанина».
Марья Ивановна Хлопова очень полюбилась Михаилу. По обычаю, она была уже взята в «верх», то есть в царский терем, где находилась под обереганием своей бабки Желябужской, родственницы Милюковой и, по-видимому, еще мачехи, то есть жены ее отца. Ее уже нарекли царицей, причем переменили ее имя на Анастасию; к ней назначены придворные чины. Отец ее Иван и дядя Гаврила вызваны в столицу; им указано служить при государе. Но кажется, эти братья Хлоповы, отуманенные внезапным приближением к трону, слишком рано и неосторожно возвысили свой тон; чем и возбудили вражду в братьях Салтыковых, опасавшихся найти в них соперников по влиянию. Однажды государь с приближенными людьми был в Оружейной палате и смотрел оружейную казну. Тут ему показали турецкую саблю и стали очень ее расхваливать. Кравчий Михаил Михайлович Салтыков заметил при сем, «что и на Москве государевы мастера сделают такую же саблю». Государь подал саблю Гавриле Хлопову и спросил его, как он о том думает. Гаврила ответил: «Сделают, только не такую же». Тогда Михаил Салтыков вырвал у него саблю из рук, заметив, что он говорит зря, не зная дела. Гаврила не захотел уступить, и у них произошла перебранка.
Недели две спустя после того у Марьи Ивановны Хлоповой вдруг открылась рвота, и она захворала желудочным припадком. Михаил Салтыков обратился к придворным медикам и спрашивал у них, что это за болезнь и нет ли от нее препятствия чадородию. Медики-иностранцы, доктор Валентин Вильс и лекарь Балсырь, успокаивали, говорили, что болезнь неважная и скоро пройдет. Но Салтыков мешал лечению, искажал слова медиков; уверял, что болезнь опасная, и приводил какой-то подобный случай, окончившийся скорой смертью. Собрали семейный совет; старица Марфа пристала к мнению Салтыкова, что «нареченная невеста к государевой радости непрочна». Михаил Федорович хотя и полюбил Хлопову и очень жалел ее, но остался верен своему характеру и согласился на жестокий приговор. Невесту его удалили из дворца; а вскоре затем ее сослали в Тобольск вместе с родными (1618 г.).