Со временем жизнь святителя Феофана сделалась сокровенною для людей, а ведомою одному Богу. Даже на прогулку, для пользования свежим воздухом, преосв. Феофан в годы полного затвора выходил на балкон при своем флигеле так, чтобы никто не мог его увидеть.
О жизни святителя в полном затворе можно передать небольшие сведения частично по некоторым его собственным замечаниям, частично по свидетельству близких лиц, наконец, по тому, что открылось в его кельях после его кончины. В церквушке во имя Богоявления Господня, устроенной в келье, он совершал богослужения или вычитывал, что нужно в положенные часы. Там-то он, в первые десять лет полного затвора каждый воскресный и праздничный день, а в последующие годы ежедневно, совершал и Божественную Литургию, также один, «в сослужении ангелов», по выражению одного инока. В алтаре церковке, на стене, по кончине святителя, нашли подвешенный мешочек, весь наполненный записочками с именами лиц, просивших святителя поминать их в своих молитвах.
Рядом с келейною церковью преосв. Феофана находился его рабочий кабинет. Здесь он занимался изучением святоотеческой литературы, которую суммировал в своих вдохновенных творениях и письмах.
Перед праздниками Рождества Христова и Пасхи, получив пенсию, он почти всю ее рассылал по почте разным бедным и родным, оставляя себе лишь немногое на необходимые потребности. А другим рассылал он безвозмездно книжки свои, также соответственно потребности. Святитель сам первый был строгим исполнителем правила, которое предлагал другим к исполнению, а именно: «Не говори требующему помощи: приди завтра; сделай для него сейчас, что можешь. И просить себя долго не заставляй, это похоже на торг». И он спешил с помощью вещественною или духовною ко всякому нуждающемуся. Письма преосв. Феофана часто представляли собой целые трактаты ученого или популярного характера. В пособие своему замечательному уму и памяти, преосв. Феофан обладал обширною келейною библиотекой, которую постоянно увеличивал, выписывая русские и иностранные книги.
Среди книг разного содержания были: «История России» Соловьева, «Всемирная история Шлоссера», сочинения Гегеля, Фихте, Якоби, Ульрици, энциклопедический словарь, богословская энциклопедия на французском языке в 150 томах и много других. Ибо, как говорил святитель, «и книги с человеческими мудростями могут питать дух. Это те, которые в природе и в истории указывают нам следы премудрости, благости, правды и многопопечительного о нас промышления Божия Бог открывает Себя в природе и истории так же, как и в Слове Своем. И они суть книги Божии для тех, кто умеет читать» («Душеп. Чтение», 1894 г., 4).
Но, как само собою понятно, у преосв. Феофана, как человека истинно духовного, более всего было книг духовного содержания: издания Библии, Симфонии, толкования на Библию, творения св. отцов и учителей Церкви вселенской (св. Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Исаака Сирина, аскетические писания, полное издание Миня); и русской (св. Нила Сорского, Димитрия Ростовского, Тихона Задонского и др.); богослужебные книги Четьи-Минеи, прологи и т. д., почти все духовные журналы, и прочие.
Кроме писания, преосв. Феофан в своем затворе занимался еще разного рода рукоделиями. «Нельзя все духовным заниматься писал он, надо какое-либо нехлопотливое рукоделие иметь. Только браться за него надо, когда душа утомлена, и ни читать, ни думать, ни Богу молиться не способна». «Есть ли у вас какое рукоделие? Если нет, изобретите. Без рукоделия плохо. Читать и молиться (разумею молитву, во вне выраженную) нельзя непрестанно. А праздно сидеть, мысли блуждать начнут, так и надо в помощь себе рукоделие изобрести» (Письма, 1-й вып.).
Так среди молитвенных подвигов, в церковке и келье совершаемых, среди разного рода умственных занятий и рукоделий у святителя-затворника подлинно не проходило ни минуты без дела. А затем уже немного времени оставалось на удовлетворение телесных нужд сна и бодрствования. Такой подвижник духа, каким был святитель Феофан, не нежил своего тела продолжительным сном, роскошными и многими яствами и пр., напротив, он умерщвлял его всячески, по заповеди св. отцев-подвижников, которую сам же, в русском переводе, предложил ревнующим о спасении: «Должно нам смирять и истощать свое тело воздержанием, а не поблажать ему сластями, чтоб удостоиться царства небесного» (Письма о Хр. жизни).
Незатейливым был порядок обыденной жизни святителя-затворника. По окончании литургии, святитель легким стуком давал знать келейнику о времени утреннего чая. После чая владыка занимался умственными работами, плодами которых были его многочисленные писания и письма. В час дня был у него обед, за которым в последние годы святитель в скоромные дни вкушал только по одному яйцу и по стакану молока. В четыре часа по полудни подаваем был чай; а ужина совсем не было. В постные дни, конечно, еще более усиливалось телесное воздержание святителя-подвижника, которого питали и укрепляли только духовные занятия и молитвенные подвиги.
Что побудило святителя Феофана предаться полному затвору после немногих лет обычного пребывания на покое в Вышенской пустыни? Без сомнения, главным побуждением к тому служило искреннее, сознательное, выработанное долговременным опытом жизни в иноческом чине, желание полного, совершенного отрешения от мира и всего, что в мире. Ободряющими же к тому для него, как епископа, примерами могли служить такие высокие примеры, как из истории Церкви вселенской пример св. Исаака Сирина, а из истории Церкви Русской пример столь чтимого преосвященным Феофаном святителя Тихона Задонского.
Однако, сам святитель Феофан, оставивший епархиальное служение на 52-м году своей жизни и после долговременного искуса в иноческой жизни, не сразу по удалении на покой посвятил себя полному затвору, а лишь через шесть лет после удаления в Вышенскую пустынь. Он глубоко сознавал высоту подвига затвора полного и потому, как других иноков предостерегал от поспешности в исполнении желания предаваться полному затвору, так и сам не спешил.
«Хотелось бы, говоришь, в затвор. Раненько, да и нужды нет. Один же живешь. Когда-когда кто зайдет. А что в церкви бываешь, это не разбивает твоего одиночества, а утверждает, или дает тебе силу и дома проводить время молитвенно. По временам можно день-другой не выходить, все с Богом стараясь быть. Но это у тебя и так само собою бывает. Так нечего загадывать о затворе. Когда молитва твоя до того укрепится, что все время будет держаться у тебя в сердце пред Богом в благоговении, не выходить из него, и ничем другим заняться не захочет. Этого затвора ищи, а о том не хлопочи. Можно и при затворенных дверях по миру шататься, или целый мир напустить в свою комнату» (Письма к разным лицам о разных предметах веры и жизни, стр. 298).
Сам святитель, не довольствуясь общественным служением с его разного рода отвлечениями от всецелого посвящения себя на служение Богу, на поиски единого на потребу; сперва удалился от дел общественного служения, а затем, когда увидел, что при общежительных условиях иноческой жизни все же многое препятствовало ему всецело предаваться Богу и уединенно беседовать с Ним единым, перешел к полному затвору. Правда, бывали минуты, когда и он сам допускал и другие внушали ему мысль о возвращении к общественному служению в звании епархиального архиерея, в виду полноты сил душевных и телесных, которыми он еще обладал. Но скоро мысль о высокой цели пустынножительства, о том. что в пустынном уединении он несет особого рода службу Церкви, побеждала всякую мысль о возвращении в мир.