По установившейся традиции младшие кадеты целиком были отданы на попечение старших, со стороны которых они терпели всяческие издевательства. Старшие имели даже право наказывать младших. Особенно ретиво старшие пользовались этим правом в те дни, когда в меню обеда включалось какое-нибудь лакомое блюдо. В эти дни младшие оставались вовсе без второго блюда. По словам Макарова, старшие могли заставить маленьких делать для себя все, что им угодно, вплоть до чесания на ночь пяток. Прекословить им не полагалось, за малейшее возражение следовали затрещины. Фактически младшие находились в услужении у старших. Но, подрастая, младшие становились такими же тиранами. Однако к чести Макарова следует заметить, что, перейдя в старший класс и очутившись в роли воспитателя, а позже и фельдфебеля, он никогда не следовал дурному примеру своих товарищей, руководствуясь совершенно иными методами воспитания младших.
Подобные порядки в той или иной форме царили в старое время почти во всех мужских учебных заведениях, особенно провинциальных.
В летнее время занятия в училище прекращались. Кадеты старшего отделения уходили на кораблях Сибирской флотилии «Японец» и «Манджур» в практическое плавание, младшие же оставались предоставленными самим себе.
Несмотря на ненормальную постановку дела в училище, последнее сыграло в жизни Макарова большую и положительную роль. И объяснять причины этого только выдающимися личными способностями, самостоятельностью и прилежанием Макарова было бы неверно.
Причиной была среда, окружавшая молодого Макарова в Николаевске. Семья мало чем помогала Макарову: натянутые отношения с отцом и мачехой, капризы болезненной сестры, мещанский домашний быт — все это не способствовало моральному и умственному развитию Степана, который по своим запросам очень быстро перерос любого члена своей семьи.
Однако несомненным является то, что Макаров воспринял от отца любовь к морю, к морской службе. Отец был для Степана также примером дисциплинированности, аккуратности и трудолюбия.
С основами науки как школьной, так и морской познакомили своего воспитанника преподаватели Николаевского морского училища, быстро заметившие в нем исключительные способности. Серьезный характер и дисциплинированность еще более расположили преподавателей к новому их питомцу. Вслед за лучшими и наиболее чуткими учителями на Макарова обратили внимание и представители передового офицерства Николаевска. А в ту пору в Сибирской флотилии как среди преподавателей, так и среди офицеров вообще было немало образованных и прогрессивно настроенных людей.
Годы учения Макарова в Николаевском морском училище совпали с началом важного периода в истории России — периодом вступления феодально-крепостнической Российской империи на путь капиталистического развития. Непосредственным толчком к проведению буржуазных реформ шестидесятых и семидесятых годов послужило поражение самодержавной России в Крымской войне 1853-1856 гг. Эта война показала техническую и политическую отсталость, гнилость и бессилие крепостнического самодержавного строя России в сравнении с передовыми капиталистическими странами Западной Европы.
Совершенно справедливо причиной поражения царской России в войне общественное мнение считало крепостное право.
Напуганное ростом оппозиции в среде прогрессивной разночинной интеллигенции, идейными руководителями которой были революционные демократы Герцен, Чернышевский, Добролюбов, размахом крестьянских волнений, направленных против помещиков, царское правительство вынуждено было провести ряд реформ. Важнейшей из них была крестьянская — отмена крепостного права.
За крестьянской реформой последовали и другие.