Эти замечательные флотоводцы и организаторы в своей деятельности всегда опирались на передовую, прогрессивную, по-настоящему патриотическую часть русского морского офицерства и своими успехами были обязаны изумительным моральным и воинским качествам русских матросов.
Некоторые морские офицеры участвовали в декабристском движении, являлись последователями Н. Г. Чернышевского, состояли в кружке М. В. Буташевича-Петрашевского.
В первые два десятилетия, после крестьянской реформы 1861 года, передовая, прогрессивная часть морского офицерства являлась в известной степени носителем революционных настроений на флоте. Были недовольные политикой правительства в том или ином вопросе и среди кадетов морских училищ. Критиковавшие правительство и высшее командование армии и флота за поражение России в Крымской войне требовали создания боеспособного парового и броненосного флота, решительного улучшения системы обучения и воспитания «нижних чинов» и ликвидации сохранившихся во флоте крепостнических порядков. Подобные мысли и настроения были присущи преимущественно молодежи. С падением крепостной системы большинство офицеров флота, особенно пожилых, оставалось при прежних понятиях и привычках. Где только было возможно, они обеими руками держались за старое, реакционное, тащившее флот назад, мешали продвижению во флот всего нового, передового.
Прогрессивное офицерство в большинстве своем состояло из людей незнатного происхождения, понимавших бесперспективность крепостнического строя, болевших душой за свой флот, ясно видевших необходимость переустройства общества на новых началах. Эти офицеры считали позором сохранившиеся на флоте телесные наказания, мордобой. Многие из них за свои взгляды поплатились переводом на службу на Дальний Восток, что считалось своеобразной ссылкой для офицеров, служивших в Балтийском или Черноморском флоте. Таким образом, кое-кто из этих офицеров мог оказаться и в числе преподавателей Николаевского морского училища.
Преподаватели Николаевского училища, оценив способности Макарова, приглашали его к себе домой, снабжали своего ученика книгами. В преподавательской среде довольно свободно велись разговоры о государственном устройстве, о развитии народного хозяйства и международных отношениях. И само собой разумеется, восприимчивый и чуткий Макаров не мог не разделять хотя бы части прогрессивных идей того времени. Эти идеи способствовали его быстрому и всестороннему развитию. Как губка, впитывал он в себя все прочитанное и услышанное. Революционером или демократом, в широком смысле этого слова, Макаров не был никогда, но вместе с тем он не отрывался от народа, из недр которого вышел сам. Отвращение к крепостным порядкам, еще долго после реформы царившим на флоте, в частности к грубому обращению с матросами и рукоприкладству, очень характерно для Макарова с самых юных лет. С этим он боролся всю свою жизнь.
Особенно большое влияние на Макарова оказал по-отечески относившийся к нему учитель истории и географии подпоручик корпуса флотских штурманов Ф. К. Якимов. Якимов не только без всякого вознаграждения занимался с ним у себя на дому, но и давал ему книги из офицерской библиотеки, которой он сам заведовал. Отношения между учителем и учеником были дружеские. Примерно такие же отношения сложились у Макарова и с другими учителями — Н. Я. Стоюниным, преподававшим французский язык и словесность, и законоведом Б. А. Бровцыным.
Книги, получаемые от Якимова, еще более развили любовь Макарова к чтению. Впоследствии он уже не ограничивался книгами из Николаевской офицерской библиотеки, а приобретал свои собственные, на деньги, сэкономленные им во время плавания. В дневнике от 7 декабря 1864 года Макаров делает такую запись: «Я выписываю из Петербурга книги для себя и для сестры на 60 рублей серебром». Из прочитанных в эту зиму книг ему больше всего понравилась «Семейная хроника» С. Т. Аксакова.