1 января 1890 г. Макаров был произведен в контр-адмиралы, имея 41 год от роду, и назначен младшим флагманом Балтийского флота, а осенью 1891 г. – главным инспектором морской артиллерии. На новом, чисто техническом посту Макаров проявил ту же энергию; отчет за 1891–94 гг., представленный им по уходу с должности, откровенно раскрывал недостатки нашей артиллерии и указывал на то, что надо предпринять для их устранения. Главной своей заслугой Макаров считал изобретение колпачков на снаряды, но и это важное приспособление не получило осуществления до самой войны 1904–05 гг. В отчете интересно отметить ясное понимание Макаровым необходимости совместной работы морской артиллерии и сухопутной; по его инициативе выбраны были взаимные представители в комитеты, и Макаров с благодарностью вспоминает совместную работу: "Мне никогда не казалось стыдным, – говорит он, – упоминать о том, что мы подражаем нашим товарищам по артиллерии", и тут же с горечью приводит указание, как отрицательно относился к совместной работе артиллерийский комитет (сухопутный). Минувшая война, когда крепостная артиллерия в Порт-Артуре, не имея фугасных снарядов, должна была брать снаряды у флота, наглядным образом свидетельствует о правильности взгляда Макарова. Ко времени занятия поста инспектора относится труд Макарова: "Разбор элементов, составляющих боевую силу судов", навеянный столкновением 10 июля 1893 г. английских броненосцев "Виктория" и "Кампердоун". Высказываясь против больших броненосцев, Макаров предлагал строить суда в 3 тысячи тонн водоизмещения с ходом в 20 узлов и сильной артиллерией. Заканчивал свою статью Макаров следующими словами: "Будут ли строить тяжелые броневые суда в 15 тысяч тонн или легкие в 3 тысячи тонн – во всяком случае, морякам предстоит большая работа сделать их действительно годными для боя". В заключительных словах, зовущих личный состав на движение вперед, главное значение этой работы: что современные ему суда были далеки от совершенства, теперь, после войны 1904–05 гг., совершенно очевидно.
Но предостережения Степана Осиповича не имели последствий. В конце 1894 г. Макаров снова был назначен на строевое место командующего эскадрой Средиземного моря и 2 декабря поднял свой флаг на броненосце "Николай I"; в начале 1895 г. эскадра была вызвана в Тихий океан, на усиление наших морских сил, ввиду ожидавшегося после японо-китайской войны столкновения с Японией. Подготовкой русской эскадры ведал главным образом Макаров: по просьбе командующего адмирала Тыртова он выработал ряд мер на случай военных действий, которые и были опубликованы в форме приказа (известен сейчас как приказ С. П. Тыртова); следует прибавить, что как раз в это время Макаров был серьезно болен и ходил на костылях. Близость военного столкновения заставила Макарова обратить особое внимание на ненормальность мирных плаваний и учений: в обстоятельном докладе об этом тревожном времени он перечисляет все дефекты, замеченные его наблюдательным военным глазом; так, он писал (1895 г.) о необходимости большего однообразия в типах судов, об организации морской разведки, о необходимости отдаленного сигналопроизводства, создания морской тактики и т. п.; повторил он в 1895 г. и свой взгляд на Владивосток: "Между эскадрой и Владивостокским портом должна быть полная солидарность в действиях. Главное назначение Владивостокского порта заключается в том, чтобы служить опорным пунктом для нашего флота на Дальнем Востоке и иметь для судов все необходимые запасы". Не пропускает Макаров случая отметить в своем отчете и неминуемость столкновения с Японией: "Обстоятельства так сложились, что японцы в настоящее время считают Россию истинным врагом для естественного, по их мнению, развития страны. Война с Россией будет чрезвычайно популярна в Японии и вызовет с первой же минуты полное напряжение ее сил… Могущество России значительно превосходит могущество Японии, но на Дальнем Востоке нам трудно иметь столько же сил, сколько у наших противников. Необходимо иметь в виду, что наш Дальний Восток есть не более, как колония по удаленности от населенной части страны… Борьба наша на Дальнем Востоке с Японией не будет борьба двух государств, а борьба одного государства против колонии другого". Так ясно предвидел Макаров обстановку грядущего столкновения.
Дальнейшая его деятельность (Макаров вернулся в Россию в начале 1896 г.) сосредоточилась всецело на подготовке к этому столкновению. Летом 1896 г. он производится в вице-адмиралы; командуя практической эскадрой Балтийского моря, Макаров деятельно берется за осуществление тех вопросов, насущность которых для флота наглядно выяснилась для него в 1895 г. Результатом сознания, что у нас нет морской тактики, была разработка тактических приемов, напечатанная в 1897 г. в "Морском сборнике" под названием "Рассуждения по вопросам морской тактики", – труд, переведенный на несколько иностранных языков, оцененный по справедливости только теперь, когда минувшая война убедила нас в невозможности пренебрегать военным делом. Труд этот вышел с эпиграфом, который стал для Макарова девизом жизни: "помни войну". Он представляет и по сейчас чрезвычайную ценность. Вслед за ним появилась работа: "Об однообразии в судовом составе флота", с тем же девизом. Идеал, к которому следует стремиться на флоте, есть полная взаимозаменяемость всего. "Такой взаимозаменяемости, по моему мнению, – говорит Макаров, – можно достигнуть, если не вполне, то в значительной степени". Виновниками разнообразия в типах адмирал признает самих моряков: они "выпустили из рук общие идеи и сами ушли, вместе с техниками, исключительно в область деталей". Проповедуя свои мысли и взгляды о грядущем столкновении в печати, Макаров высказывал их и в административных учреждениях, в которых ему приходилось работать как члену комиссии по обсуждению судостроительной программы и вооружению крепостей. В первой из комиссий он, наперекор всем членам (7 адмиралам), высказал, что, по его мнению, "чтобы решить, какого типа и сколько судов необходимо нам иметь на Дальнем Востоке, надо составить и разобрать план действий или даже несколько планов. Без разбора таких планов наши суждения лишены достаточно веского фундамента". Предложение Макарова не было поддержано, может быть, потому, что, как теперь известно, в министерстве не было никакого плана войны с Японией; по-видимому, один только Макаров сознавал ненормальность такого положения. В комиссии по вооружению крепостей Макаров особенно настаивал на должном вооружении Порт-Артура. Доказывая важное значение этой крепости для нашего флота, Макаров писал в поданной им докладной записке: "Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке. Флот, лишившись своего главного опорного пункта, должен будет стянуться весь к Владивостоку и почти отказаться от активной роли. Чтобы этого не случилось, Порт-Артур должен быть сделан неприступным и снабжен провизией, порохом и углем в таком количестве, чтобы выдержать продолжительную осаду, пока не прибудет подкрепление".
В конце 90-х годов Макаров поднимает новое дело, мечтает открыть Северный полюс, и результатом его энергии является ледокол "Ермак", на котором Макаров 2 раза ходил в Северный Ледовитый океан.
В декабре 1899 г. Макаров занимает свой последний пост перед войной – главного командирa Кронштадского порта, и на этом месте проявляет ту же "осмысленность", которой проникнута вся его служба; все силы его направлены на улучшение положения, как материального, так и духовного, вверенных его управлению людей: для матросов устраиваются казармы, бани, прачечные, открываются школы; улучшается положение рабочих, им устраиваются отпуски, возбуждается вопрос о пенсиях; для офицеров организуются в Собрании сообщения, после которых устраиваются прения под председательством самого Макарова.
Не забывает в то же время Макаров и литературной работы: отстаивая свою мысль о безбронных судах, он предлагает прежде всего "всякое военное судно строить для войны и боя". В начатой работе "Без парусов", с тем же эпиграфом "помни войну", изложены последние заветы адмирала. "Нужно больше держать корабли в море, – пишет он, – на судне все чины – строевые, нестроевых нет; надо приохотить к морю, поощрив ученые работы, съемки, промеры и морской спорт; нужно беречь уголь, в военное время уголь – это жизнь; в море – значит дома".
Посреди своих обширных трудов Макаров все время помнил о надвигавшейся грозе и всеми силами стремился на Дальний Восток. "Меня не пошлют, – писал он осенью 1903 г. своему другу, барону Ф. Ф. Врангелю, – пока не случится там несчастья; а наше положение там крайне невыгодно". И на этот раз Макаров оказался прав: его не послали.