Позиции Бориса поколебало не удаление от трона, а рождение у царя еще одного сына – царевича Дмитрия. Через полгода Грозный слег от "горячки". В течение десяти дней положение царя то улучшалось, то ухудшалось, пока не наступила странная смерть… в присутствии Бориса Годунова. Народ приписал смерть Ивана Грозного отраве, положенной в лекарство рукой то ли Годунова, то ли Бельского, которые совместно подхватили выпавшую из царских рук власть. В сопровождении неожиданно появившейся свиты и охраны, такой многочисленной, что, по словам Дж. Горсея, "странно было это видеть", Годунов и Бельский привели к присяге знать, опечатали казну, расставили на кремлевских стенах верные им отряды. Уже через шесть часов все было в их руках.
Царь Иван IV завещал группе бояр заботиться о царе Федоре и государстве. Долгое время считалось аксиомой членство Годунова в этом своеобразном опекунском совете. Но Р.Г. Скрынникову удалось убедительно доказать, что в царском завещании упоминались четверо опекунов: Иван Мстиславский, Иван Шуйский, дядя царя Никита Романов-Юрьев [15] и любимец Грозного Богдан Бельский. Годунов не вошел в четверку сильнейших, более того, не получил никакой должности. Почти достигнутая власть ускользала из рук. По свидетельству австрийского посла, такой оборот дел очень задел Бориса в душе. Мириться с создавшимся положением он не собирался.
Уже в ночь смерти Ивана Грозного началась смута. В Кремле схватили Нагих, родственников царевича Дмитрия по матери. В городе ввели военное положение, прошли массовые аресты. Многочисленная толпа посадских людей волновалась у закрытых кремлевских ворот. Одни кричали, что Бельский, отравив царя Ивана, злоумышляет на Федора и хочет посадить на престол Годунова; другие – что бояре побивают Годуновых; третьи – что Годуновы решили извести всех бояр. Когда в толпе появились служилые дворяне со своими боевыми холопами, дело приняло серьезный оборот. Восставшие захватили пушки и повернули их на Спасские ворота. В схватке погибло 20 человек, и около 100 было ранено. Правительство пошло на переговоры. Но среди бояр не было единства: Мстиславский, Романов и Шуйский поддержали казначея П. Головина в борьбе с Б. Бельским, за которым стояли Годуновы и Щелкаловы – "новые русские" XVI века, пробившиеся на вершину власти при Грозном. Результат оказался плачевным для Бельского: сам он был сослан в почетную ссылку, а царевич Дмитрий и Нагие отправились в Углич.
Неизвестно, что произошло в течение трех следующих недель, но Борис совершил головокружительный прыжок к высшему в России придворному званию конюшего. Этот чин делал его главой Боярской Думы. Но, главное, по неписаному закону, в случае прекращения царствующей династии Годунову принадлежала власть в период междуцарствия и решающее слово при выборе нового царя.
Во время венчания на царство Федора Ивановича новоиспеченный конюший стоял рядом с царем, и утомившийся Федор отдал Борису "подержать" знак верховной власти – тяжелый золотой шар-державу. Это произвело на присутствующих неизгладимое впечатление.
Вскоре всеми делами в стране заправляли Никита Романов, Борис Годунов и дьяк Щелкалов. Их худородство действовало на князей-Рюриковичей как красная тряпка на быка. Столкновение было неизбежно. Борьба развернулась за контроль над министерством финансов – Казенным приказом. Казначей Петр Головин, победитель Богдана Бельского, только и ждал случая разделаться с ненавистными выскочками. Борис нанес ему упреждающий удар: поднял на заседании правительства вопрос о ревизии казны. Ход оказался беспроигрышный. Хищения были так велики, что Петра суд приговорил к смерти, а его брата Владимира – к ссылке и конфискации имущества. Это настолько ухудшило позиции представителей аристократии в правительстве, что Никита Романов осмелился выступить против Ивана Мстиславского. Схватка закончилась для Мстиславского монастырской кельей, а для Романова – перенапряжением и тяжелым смертельным недугом. Власть же досталась Годунову и его союзникам, братьям Щелкаловым.
Однако царь Федор имел слабое здоровье и часто болел. Его смерть означала для Годунова в лучшем случае конец политической карьеры, а в худшем – гибель. Стремясь застраховаться от подобного поворота событий, Борис вступил в тайные переговоры с правительством Священной Римской империи и предложил, в случае смерти Федора, заключить брак между гипотетической вдовой, царицей Ириной и австрийским принцем. Интрига стала известна в Москве. Говорили, что царь, узнав о том, что шурин просватал его жену, поколотил Бориса посохом. Годунов был в панике и готовился к самому худшему. Он пожертвовал в Троице-Сергиев монастырь 1000 рублей (более 50 кг золота в современных ценах) и в то же время обратился к английскому правительству с просьбой о предоставлении политического убежища.
И было чего опасаться. К весне 1586 года уже вся столица говорила о том, что Годуновы при живом царе выдают замуж царицу, хотят посадить на российский престол австрийского католика и убежать к английским протестантам. Подозрительная смерть народного любимца Никиты Романова накалила обстановку до предела. В мае Москва поднялась. Толпы посадских людей ворвались в Кремль, требуя выдачи Годуновых, чтобы побить их "всех разом" камнями. Борис пошел на поклон к Шуйским, стоявшим за спиною восставших. Князь Иван Шуйский, последний из оставшихся в столице четырех бояр, назначенных Грозным в помощь своему сыну, уже видел себя хозяином положения. Не желая вмешивать плебс в свои боярские дела, он уговорил народ покинуть Кремль. Это была его роковая ошибка.
Годуновы оправились быстро. Уже в ночь после бунта вожди мятежников были схвачены и бесследно исчезли. Обеспокоенные Шуйские решили нанести Годуновым решительный удар: они подали царю челобитную с просьбой о разводе с Ириной Годуновой. Под прошением подписались многие бояре и московские купцы. Но если уж сам Иван Грозный не преуспел в этом, то Шуйский и подавно потерпел неудачу. Царь Федор был в гневе. Воспользовавшись его недовольством, Годуновы обвинили Шуйских, быть может, не без основания, в государственной измене. Шуйским грозил суд и тогда они, в отчаянье, решились на крайнюю меру и предприняли неудачную попытку взять штурмом двор Годуновых. На поле боя полегло 800 человек. После этого последовали многочисленные аресты и казни сторонников Шуйских. Сам Иван Шуйский был сослан в монастырь и вскоре удушен, его братья попали в тюрьму и, по крайней мере, один из них, Андрей, так же был умерщвлен. Среди схваченных сторонников Шуйских был насильно постриженный в монахи Аверкий Палицын, знаменитый впоследствии келарь Троице-Сергиева монастыря и летописец Смутного времени. Митрополит Дионисий, сторонник Шуйских, обличал перед Федором "беззакония Годунова" и пострадал за это: был лишен сана и сослан в Новгород.
15 мая 1591 года в Угличе погиб царевич Дмитрий.
Ничто после смерти Дмитрия уже закрывало Борису дорогу к власти. В июле 1591 года Крымская орда, совершая свой последний набег на столицу, была разбита и бежала от стен Москвы, и Борис не преминул этим воспользоваться. Хотя Годунов ничем не отличился на поле боя (а по некоторым данным и вовсе на нем не появлялся: "…полки русские завязали большое сражение с нечестивыми и целый день непрестанно бились в различных местах поблизости от стольного града Москвы. Сам же искусный правитель и непобедимый воин Борис Федорович с прочими силами и множеством огнестрельных орудий оставался в тот день в упомянутом укрепленном обозе" [16] ), он получил многочисленные награды и присоединил к званию конюшего титул "царского слуги" – наиболее почетный и очень редко присваиваемый за исключительные заслуги. Но этого ему было мало, и вскоре Борис наградил себя еще одним, неслыханным и невозможным при живом самодержце титулом: правителя государства. Теперь Годунова официально величали "царским шурином и правителем, слугой и конюшим боярином и дворовым воеводой и содержателем великих государств – царства Казанского и Астраханского".
Как метко заметил Р.Г. Скрынников, смысл этих титулов был понятен всем: Годунов объявил себя единоличным правителем государства и сам царь находился у него в полном подчинении. Боярская Дума заполнялась родней правителя, он контролировал все важнейшие ведомства и посты в государстве. За несколько лет Борис превратился в самого богатого человека России: его владения приносили до 100 000 рублей ежегодно, что составляло 10 % от государственного дохода. Он мог выставить в поле до 100 000 бойцов. Приняв самое активное участие в учреждении патриаршества и возведя в патриарший сан близкого ему митрополита Иова [17] , Борис заручился поддержкой высшей церковной иерархии. Чувствуя за спиной церковь, деньги и оружие, Годунов был готов сделать последний шаг к трону.