Царь созвал военный совет, чтобы выработать решение о правильном пути для похода. Все считали, что следует отказаться от ближайшего, но самого опасного пути в пользу одного из двух других. Однако Тутмос принял этот совет за проявление трусости и высказал мнение, что враги также припишут страху выбор любого, кроме прямого, пути на поле битвы. Перед своим войском фараон воскликнул: "Поскольку Ра любит меня, и отец мой Амон хвалит меня, я пойду по этой дороге на Аруну; пусть тот из вас, кто [желает], пойдет по тем другим путям, что вы назвали, и пусть те из вас, кто [желает], последует за моим величеством". Так была выбрана самая сложная и опасная дорога. Войско отправилось в поход и через три дня достигло Аруны. После ночного привала на вершине ранним утром оно спустилось в Ездрелонскую долину. Царь лично отправился с авангардом своей армии и, медленно пройдя по узкому ущелью, уже спустился в долину, когда основная часть его армии все еще находилась в горах, а арьергард еще даже не покинул Аруну. И тем не менее ужасного нападения врагов не произошло. В боевом порядке они расположились перед воротами Мегиддо и по какой-то непонятной причине не сделали попытки помешать продвижению египтян. Соответственно, Тутмос смог без помех привести свое войско в долину и расположиться в укрепленном лагере. Солдаты отдохнули ночь и набрались сил, чтобы встретить врагов на следующий день. Битва началась на рассвете. Фараон поднялся в свою "золотую колесницу, украшенный своими военными доспехами, словно Хор, могучий рукою, и фиванский Монту" и занял место во главе войска. Враги дрогнули перед яростной атакой египтян и бросились бежать к городским стенам. Они обнаружили, что жители уже закрыли ворота, и потому беглецов, включая правителя Кадеша, который стоял во главе восстания, и самого правителя Мегиддо, пришлось втаскивать через стену, используя их одежды вместо веревок. Потери врагов благодаря их стремительному бегству были весьма незначительны, погибли только восемьдесят три человека, чьи руки были отрублены и сложены перед фараоном, и триста сорок попали в плен. Однако весь лагерь союзников оказался в руках египтян, включая огромное количество боевых колесниц и лошадей, брошенных их владельцами. Египетские солдаты так жадно набросились на богатую добычу, что полностью упустили возможность преследовать неприятеля и захватить город. Упреки фараона были бесполезны: они пришли слишком поздно. Итак, он был вынужден осадить Мегиддо, "захват которого являлся захватом тысячи городов", и благодаря блокаде, продолжавшейся семь месяцев, морить его голодом, чтобы заставить подчиниться. Вокруг города были выкопаны рвы и возведены валы, чтобы предотвратить любую попытку сделать вылазку. Разумеется, окончательная капитуляция была неизбежна. Правители лично вышли из города и упали в ноги фараону, чтобы "попросить дыхание для ноздрей их".
"Тогда этот упавший [владыка Кадеша] вместе с князьями, что были с ним, сделал, чтобы все их дети вышли к моему величеству со многими предметами из золота и серебра, всеми их лошадями с их сбруей, их большими колесницами из золота и серебра с их раскрашенными частями, всеми их боевыми доспехами, их луками, их стрелами и всем их оружием - несомненно, теми вещами, с которыми они пришли воевать против моего величества. И теперь они принесли их в качестве дани моему величеству, пока стояли они на стенах своих, прославляя мое величество, чтобы могло им быть даровано дыхание жизни.
Тогда мое величество заставил их принести клятву и сказать: "Никогда впредь в нашей жизни не сделаем мы зла против Менхеперра [тронное имя Тутмоса III] - да живет он вечно - нашего господина, ибо мы видели силу его. Пусть он только даст дыхание нам согласно желанию его…"
Тогда мое величество даровал им дорогу в города их, и они отбыли, все они, на ослах. Ибо забрал я их лошадей, и забрал я жителей их в Египет и также собственность их".
Итак, добыча, захваченная во время первого нападения под стенами города, увеличилась после осады во много раз. Были получены 2041 лошадь, 191 жеребенок, 924 колесницы, 892 из которых были обычного качества, тогда как остальные были богато отделаны золотом и серебром, как описано выше, а также множество полезного оружия. Царский дворец в Мегиддо был разграблен, добыча включала не только 87 детей самого правителя и союзных владык, но и 1796 мужчин и женщин более низкого ранга, а также других людей, и большое количество дорогой домашней утвари, включая кувшины из золота и другие сосуды, предметы мебели, статуи и другие вещи, слишком многочисленные, чтобы их упоминать. Среди животных, которые попали в руки египтян, в дополнение к уже упоминавшимся лошадям были 1929 быков, 2000 голов мелкого скота и 20 500 других животных. Более того, весь урожай на полях вокруг города был собран осаждающими, и, чтобы предотвратить его кражу отдельными солдатами, был тщательно измерен и морем перевезен в Египет.
С захватом Мегиддо фараон одним ударом снова победил всю Северную Палестину, оставшиеся правители Сирии поспешили выразить свою лояльность, послав завоевателю дары. Даже царь Ассирии отправил из своей далекой резиденции на Тигре свою часть "дани", состоявшую из больших кусков ляпис-лазури и нескольких дорогих ассирийских сосудов. Побежденных правителей заставили отдать заложников, которые были посланы в Египет, и не стоит сомневаться, что многие дочери сирийских царей были отправлены в гарем фараона. В качестве вечного напоминания об этой великой победе Тутмос велел, чтобы в большом храме в Карнаке были вырезаны три списка завоеванных городов. Каждый из них представлен овалом, в котором иероглифами написано его название, и увенчан бюстом человека со связанными за спиной руками. Этот человек, с большим крючковатым носом, выступающими скулами и остроконечной бородой, явно олицетворял сирийца. В одной из сопровождающих сцен фараон изображен как завоеватель Азии в короне Нижнего Египта, держащий за волосы нескольких коленопреклоненных азиатов, которых он побивает булавой, в то время как богиня Фив приближается к нему справа, ведя за собой связанные веревкой разные захваченные сирийские города, чтобы преподнести их царю.
Несмотря на великую победу, которую Тутмос III одержал в битве перед воротами Мегиддо в Ездрелонской долине, его конечная цель - завоевание Сирии до берегов Евфрата в среднем течении и гор Тавра и Аманоса, где богатые и могущественные торговые города оказывали жесткое сопротивление, чтобы сохранить свою свободу, - не была достигнута. Уарджет, который защищало войско из соседнего Тунипа, был захвачен, а Ардата была разграблена и разрушена. Здесь египетские солдаты пировали в богатых домах и пьянствовали в винных погребах местных жителей. Они напивались каждый день, и их "умащали маслом, как на пирах в Египте". Чтобы оставить город в полном подчинении и бессилии, царь приказал уничтожить все посевы, виноградники и фруктовые деревья на прилегающей территории, положив таким образом конец главному источнику прибыли населения. Пока армия фараона возвращалась в Египет по суше, два трофейных корабля перевозили захваченную в походе добычу. Однако Ардата, несмотря на все наказания, не была сокрушена. Поэтому фараон посчитал необходимым на следующий год - тридцатый год его правления - снова отправиться в поход на непокорный город, который он захватил и разграбил во второй раз. Население, пораженное больше, чем в предыдущий раз, решило признать власть египетского царя и регулярно платить требуемую дань. Судьбу Ардаты разделили Симира и Кадеш.
На побережье Палестины немного дальше к югу портовый город Иоппия - современная Яффа, - похоже, также не сдался египтянам без сопротивления. Его подвергли осаде и, если верить поздней египетской легенде, в конце концов захватили лишь благодаря военной хитрости. Когда египетский военачальник Джехути расположился лагерем у стен Яффы, он придумал какой-то способ, чтобы склонить правителя города посетить его.