Став архимандритом Киево-Печерского монастыря, Могила тут же столкнулся с давней проблемой разграбления и захвата монастырских владений соседствующей шляхтой. После Брестской унии 1596 года польские власти, как правило, оставались глухи к жалобам православных, и к концу 1620-х годов лавра утратила немалую часть своих владений таким образом. Предшествующие архимандриты прилагали усилия к тому, чтобы вернуть отнятые земли и возместить понесенные убытки путем обращения в суд, но, как правило, эти попытки оказывались обреченными на неудачу. Могила принялся за дело куда более энергично. Подав иск в суд, он далеко не всегда готов был ожидать законного решения, а вооружал монастырских слуг и отбирал захваченные владения у соседей силой. Тут ему могли пригодиться навыки, приобретенные на военной службе. Важно было и другое: ему, настоятелю и хозяину монастыря, молдавскому воеводичу, аристократу, наносили обиды "бессапожные дворяне", как презрительно называли мелкую шляхту польские магнаты. Такое не могло остаться безнаказанным, и Петр Могила лично вставал во главе организованных им отрядов. Подобные действия вряд ли могли прийти по вкусу соседям, которые, в свою очередь, подавали жалобы на воинственного архимандрита в суд и самому королю, живописно обрисовывая допущенные по отношению к ним беззакония. Однако тактика Могилы быстро принесла плоды: Киево-Печерская лавра выиграла в суде сразу несколько дел о разграблении и захвате ее собственности, и нападения на ее владения стали редкостью.
Среди важных дел, предпринятых Петром Могилой уже в первые годы его пребывания на посту лаврского архимандрита, была реставрация зданий и помещений монастыря, утратившего часть своего великолепия как следствие серьезных финансовых проблем, с которыми ему пришлось столкнуться в конце XVІ - начале XVІІ века. В 1628 году Могила обратился к ряду влиятельных людей и организаций, таких, как русский царь Михаил Федорович Романов и Львовское православное братство, с просьбой о финансовой помощи на восстановление православной святыни. Вскоре в лавру стали поступать значительные пожертвования. В том же году Могила за собственные деньги выкупил драгоценную церковную утварь и священнические облачения, заложенные его предшественниками.
В начале XVІІ столетия престиж православной церкви в Польско-Литовском государстве был очень низок. И католики, и протестанты жестоко насмехались над ее суеверием, позорно низким уровнем образования священников и недостатком унификации в вопросах догматики, богослужебной и канонической практики и организации церкви. Именно этим фундаментальным вопросам духовной сферы Петр Могила посвятил свою почти двадцатилетнюю деятельность в качестве лаврского архимандрита, а впоследствии - Киевского и Галицкого митрополита. В своей книге записей он взывал к Богу одним из своих молебнов: "Раны, заушения, оплевания и поносная уничижения церкви… от волков хищных ныне возмущенную и от безбожных отступник гонимую, тую ныне от сих злодейства избави и воскре и умири - молитимся, Господи, услыши и помилуй". Стремясь доказать святость православной церкви и ее реликвий, Могила начал собирать повествования о чудесах, свершившихся в Киево-Печерской лавре и творимых хранящимися в ней мощами. В 1629 году он подготовил и издал новый "Литургиарион, си ест Служебник", продолжив таким образом серию важнейших публикаций богослужебного, полемического, догматического и канонического характера, начатую изданием ранее в том же году "Номоканона"(сборника церковного права). Кроме "Номоканона" и "Литургиариона", она включила в себя так называемые Большой и Малый катехизисы (соответственно ок. 1640 и 1645 годов); и "Евхологион, альбо Молитвослов, или Требник" (1646). По мнению В. М. Ничик, именно такой порядок выхода книг в свет был неслучаен: ""Номоканон", который подчеркивал приоритет и обязательность [церковных] законов, был первым и предшествовал и "Требнику", и "Катехизису", его введение в оборот было необходимым условием обеспечения эффективности последних. Это был единый замысел, звенья целостного масштабного труда по унификации, систематизации и осмыслению канона, литургии и догматики… православной церкви".
В течение 1628–1632 годов, первых пяти лет, проведенных Петром Могилой на посту лаврского архимандрита, в монастырской типографии увидели свет не менее четырнадцати новых изданий. В конце 1632 или начале 1633 года он приобрел для лаврской типографии латинские шрифты, и из тринадцати изданий, вышедших в 1633–1646 годах, за время управления Могилы Киевской и Галицкой митрополией, десять были на польском, и одно - на латинском языках. В 1631 году в Киево-Печерской лавре открылась школа, которая призвана была обучать православных юношей латинскому языку и "свободным искусствам". В следующем, 1632 году она слилась со школой киевского православного Богоявленского братства (основанной ок. 1615 года), перенеся в нее свой "латинский" характер и послужив основой для Киево-Могилянского коллегиума, организованного по западному образцу, заимствованному Могилой у иезуитов и следовавшему их практике даже в мелких и сравнительно малозначительных деталях.
Итак, сделаем попытку определить, какое влияние могли оказать на формирование основополагающих черт характера Петра Могилы аспекты семейной истории. Прежде всего, по праву своего высокого происхождения он был воспитан в осознании своего предназначения повелевать другими. В этом контексте представляется любопытным, насколько важно было для Могилы установление и поддержание своего статуса.