Хотя процедура, по которой императора избирали семь главных князей Германии, осталась неизменной, восхождение Фердинанда на трон обозначило еще один поворотный пункт. Верно, что имя Габсбургов ассоциировалось с императорским троном на протяжении веков, и действительно, никто кроме Габсбургов не нанимал его, начиная с 1438 г. И все же в 1519 г. два государя, не являвшиеся ни Габсбургами, ни немцами, - Генрих VIII и Франциск I, - смогли выдвинуть серьезную претензию на трон. Франциска I даже пришлось останавливать при помощи взяток примерно на миллион талеров, которые банковский дом Фуггеров из Аугсбурга заплатил курфюрстам от лица Карла. Теперь же сама легкость, с которой Карл смог передать бразды правления выбранному члену его семьи, положила конец этой ситуации, при которой теоретически любой христианин, независимо от национальности, мог стать императором. Фердинанд со своей стороны был одаренным правителем, который видел зловещие предзнаменования. Будучи не в состоянии заставить империю платить за его войны против турок, он обратился к своим наследным землям, заложив основы администрации, которая включала в себя первый единый тайный совет, первый единый апелляционный суд и подобным образом объединенные канцелярию и палату счетов. Его выборы, как и выборы его преемника, можно воспринимать как начало процесса, в ходе которого империя, вопреки своему названию, постепенно повернулась от Германии к Дунаю и выкристаллизовалась в династическое государство, которое было вполне подобно другим и которое со временем получило известность под названием Австрия.
Ко времени, когда произошли эти события, Реформация шла полным ходом. Каких бы мест она ни достигала, протестантские правители, стремясь утвердить свою независимость, торопились отказать императору в каких бы то ни было особых правах, которыми он все еще обладал в отношении религии. В 1533 г. один из государей, Генрих VIII, в рамках усилий по установлению контроля над собственной церковью, нарушил все прецеденты, официально объявив "данное королевство Англия империей, признанной в мире". Легенды Артуровского цикла не предоставляли достаточных оснований для этой претензии, оставалось привлечь в качестве советников итальянских гуманистов. Их лидером был Полидор Вергилий, бывший папский чиновник, ответственный за сбор "лепты Св. Петра", который возвысился до архидьякона Уэльса. Гуманисты использовали свое искусство, чтобы создать целую серию сложных исторических подделок, показывающих Генриха "императором", чей титул происходил от титула другого, более древнего бритта - римского императора Константина. Части этой работы, известной как "Английская история", впоследствии суждено было стать обязательным предметом чтения в школах. Вместе с императорским достоинством Генрих также присвоил себе титул "Величество". Его примеру вскоре последовал Франциск I, а поколение спустя - Филипп II, к испанским предкам которого обращались просто "Высочество". Все трое так же приняли "закрытую" императорскую корону.
Вдобавок ко всему, европейская заморская экспансия начинала менять воззрения людей. Как с гордостью писал Карлу V Кортес в 1520 г., испанские завоевания были так велики и так многочисленны были новые подданные, что Испания заслужила звание новой империи, в добавление к старой. Возможность принятия на себя титула "император Индий" была исследована советниками Карла и была отвергнута. Таким образом, именно владения Габсбургов в Центральной Европе вплоть до первой четверти XVIII в. продолжали называться просто "империя", а ее должностные лица - "империалистами". Тем не менее представление о верховной религиозно-политической конструкции, объединяющей христианский мир, но исключающей неверных, начало разрушаться, особенно потому, что нехристианский правитель - Сулейман Великолепный, султан Оттоманской империи, - был вовлечен в европейскую политику через союз, заключенный с Франциском I. На руинах империи примерно с 1550 г. стали подниматься как минимум два других политических образования - испанское и британское - которые, не будучи ни вселенскими, нив каком бы то ни было смысле римскими, благодаря обширности своих территорий требовали себе и, по мнению некоторых, заслуживали того же титула.
В 1598 г. герцог де Сюлли, якобы действуя от имени своего господина, Генриха IV, впервые предложил план, который, если бы он был принят, привел бы к кончине Священной Римской империи. Существовавший международный режим, при котором большинство правителей из-за древних феодальных уз так или иначе зависели друг от друга, по крайней мере, в отношении некоторых частей их стран, должен был быть отменен. Различные страны должны были быть консолидированы в рамках географических границ, при этом Европа оказывалась поделенной на 15 равных государств, каждое из которых обладало бы всеми атрибутами суверенитета. В свою очередь, они должны были объединиться в своего рода прототип Лиги наций. В отличие от своего наследника в XX в., это объединение не должно было находиться на одном фиксированном месте. Оно должно было собираться на годичный срок каждый раз в одном из городов, выбранном из списка, состоящего из 15 названий, и сочетать в себе функции, которые раньше выполняли империя и церковь: сражаться с турками, устанавливать международное право, разрешать споры, поддерживать мир и наказывать нарушителей. Сюлли определил, что вооруженные силы Лиги должны состоять ровно из 117 военных кораблей, 220 000 пехотинцев, 53 800 кавалеристов и 217 пушек - внушительная сила по стандартам XVII в. и более чем достаточная, чтобы держать в страхе любого из государств-членов. Из этой схемы, целью которой в определенном смысле было просто положить конец правлению Габсбургов в Германии и сделать Генриха IV арбитром Европы, ничего не вышло. Более того, есть сомнения, предлагалась ли она всерьез.
Ровно два десятилетия спустя Габсбурги, выведенные из терпения и спровоцированные вызовом, который бросали протестанты их трону, затеяли Тридцатилетнюю войну в последней попытке восстановить имперскую власть, если не во всей Европе, так хотя бы в Германии. Они начали с Богемии, где произошло восстание протестантской аристократии, и где их победа, после битвы при Белой Горе в ноябре 1620 г., оказалась быстрой и полной. Восемь лет спустя Фердинанд II (1610–1637), подойдя со своими войсками к Балтийскому морю, посчитал, что достиг достаточного прогресса, чтобы опубликовать Эдикт о реституции. В нем было указано, чтобы собственность, отнятая у церкви после Аугсбургского мира, должна быть возвращена прежним владельцам. Если по отношению к лютеранам еще допускалась терпимость, то кальвинисты подлежали изгнанию; одним росчерком пера император пытался таким образом восстановить свое право управлять религией не только в своих наследных землях, но и во всей империи. Однако, несмотря на то, что примерно треть населения Германии погибла, в итоге задача оказалась непосильна для Габсбургов. Сами их победы, особенно в Центральной Германии, кульминацией которых стало разграбление Магдебурга в 1631 г., напугали как католических, так и протестантских государей. Первые лишили императора поддержки вплоть до того, что вынудили его временно уменьшить свою армию, снять с должности главнокомандующего и искать мира. Вторые же были вынуждены искать помощи за пределами империи. Вначале вмешался Густав Адольф Шведский, затем - Людовик XIII Французский. Остальное сделали голландские деньги, и волна императорского завоевания была остановлена.