Одновременно история Московского университета затрагивается исследователями как часть институциональной истории системы народного просвещения в России. В 1865 гг. появляется очерк М. И. Сухомлинова "Материалы для истории образования в России в царствование Александра I", где автор впервые пытается проследить процесс развития российского просвещения в целом, эволюцию взглядов правительства в этом вопросе, историю основных документов, в частности университетского устава 1804 г., его преемственность, с одной стороны, от существовавших постановлений французских и немецких университетов, а с другой стороны, от проектов, разрабатывавшихся еще во времена Екатерины II. Сравнение деятельности университетов в разные периоды их существования стало темой замечательного обзора В. С. Иконнинова "Русские университеты в связи с ходом общего образования" (Вестник Европы, 1876). В своих "Очерках по истории русской цензуры" к истории Московского университета неоднократно обращался А. М. Скабичевский. На рубеже XIX–XX вв. выходят капитальные, насыщенные фактами труды С. В. Рождественского "Исторический обзор деятельности Министерства народного просвещения" и Н. Н. Булича "Очерки по истории русской литературы и просвещения с начала XIX в." Либеральная публицистика (В. Е. Якушкин, Б. Б. Глинский), останавливаясь на проблеме эволюции основных положений, регулировавших университетскую жизнь, показывала, как многие из так называемых "университетских свобод", дарованных уставами, на деле оказывались фикцией, а полоса либеральных реформ в области народного просвещения быстро сменялась торжеством реакции; правительство, даже имея благие намерения по отношению к университету, часто нарушало собственные постановления и тем сводило на нет университетскую автономию. В связи с этим возникал вопрос, как вообще следует оценивать попытку введения "университетских свобод" в России, и, например, П. Н. Милюков (статья "Университеты в России", Брокгауз-Ефрон, т. 64) утверждал, что сама идея таких свобод, заимствованная в начале XIX в. из Германии, была ложной, обреченной на провал при существующем в России государственном строе. Другой активно обсуждаемой в 1900-е гг. проблемой стал сословный вопрос в русских университетах, причем интерес опять-таки привлекал именно первый университетский устав 1804 г., в котором была открыто заявлена всесословность высшего образования. В связи с активным студенческим движением на рубеже веков в нескольких журналах появились статьи по истории студенческих кружков и обществ в университетах, затрагивающих и период начала XIX в.
Вторую линию дореволюционной историографии, касавшейся Московского университета начала XIX в., представляют работы, выходившие не в связи с институциональным изучением университета, подчиненных ему и начальствующих над ним структур, а исследовавшие различные персоналии и факты культурной жизни, в особенности литературного процесса, которые неотъемлемой частью входили в историю университета. Именно с последней трети XIX в., одновременно с публикацией большого количества мемуаров, начинается серьезное изучение биографий многих государственных деятелей, поэтов и литераторов, живших в 1800–1810 гг. Впервые появляются публикации, упоминающие об университетских годах Грибоедова, Чаадаева. Подробное описание молодых лет графа М. Н. Муравьева-Виленского дает его биограф Д. А. Кропотов. Выходят статьи, посвященные "забытым литераторам": А. Ф. Мерзлякову (РС, 1879), М. Т. Каченовскому (Библиографические записки, 1892), М. Н. Муравьеву (ЖМНП, 1894). В 1880 г. А. А. Васильчиков, получивший доступ к богатейшему архиву семьи Разумовских, пишет исследование, значительную часть в котором составляет биография графа А. К. Разумовского, описание и оценка его деятельности на посту попечителя Московского университета и министра народного просвещения. Особой вехой в развитии литературоведения становится выход в 1885 г. собрания сочинений К. Н. Батюшкова с обширными комментариями Л. Н. Майкова и В. И. Сайтова, где впервые были собраны сведения о всех упоминаемых Батюшковым именах его друзей и знакомых, в т. ч. московских литераторах, многие из которых были связаны с университетом. Перед исследователями реально встала задача полного освещения культурной среды российского общества, которую пытались решать в своих словарях С. А. Венгеров и А. А. Половцов, но, к сожалению, ни одна из этих работ не была завершена.
150-летний юбилей университета, приходившийся на 1905 г., по понятным причинам не мог быть отмечен широко и не сопровождался крупными историческими публикациями. Отчасти этот пробел был восполнен во время другого юбилея - праздновавшегося в 1912 г. 100-летия победы в Отечественной войне. В этот год, наряду с множеством впервые опубликованных архивных материалов и исследований, посвященных различным эпизодам войны, вышли и работы, вводившие в оборот новые документы, связанные с отъездом университета из Москвы, пожаром здания и гибелью его имущества (К. Военский, В. Эйнгорн), а также обобщающая статья ректора университета М. К. Любавского "Московский университет в 1812 г." (Чтения в ОИДР), вкратце излагавшая историю допожарного университета, останавливавшаяся на именах и характеристиках его замечательных профессоров первого десятилетия XIX в. и рассказывавшая о трагических событиях конца августа - начала сентября 1812 г.
В послереволюционный период традиция историографического описания Московского университета была прервана и не восстанавливалась в течение нескольких десятилетий. После прекращения деятельности ОИДР из всех научных обществ при университете только Общество испытателей природы чувствовало преемственность своей истории от времени начала XIX в. К своему 135-летнему юбилею ОИП выпустило книги С. Ю. Липшица "Московское общество испытателей природы за 135 лет", "Г. Ф. Гофман и его ученик Л. Ф. Гольдбах" и Б. М. Житкова "Г. И. Фишер", рассказывавшие об основателях общества и первом периоде его существования. Одновременно с этими работами большой коллектив историков подготовил серию статей под названием "Очерки по истории Московского университета", вышедшую в свет в юбилейном 50-м выпуске ученых записок МГУ. "Очерки" представляли собой первую попытку построения концепции университетской истории в советской историографии. В целом придерживаясь распространенного в то время социологического подхода, они рассматривали университет в качестве выразителя интересов господствующего дворянского класса, верного помощника правительства в борьбе с революционными идеями. В то же время некоторые объективные положения, перенесенные авторами из дореволюционных работ, делали концепцию несвободной от противоречий, за которые их резко критиковали в последующие годы: так, I очерках был сохранен тезис о положительном значении для университете либеральных реформ Муравьева, а в более раннем периоде подчеркивался позитивный просветительский характер деятельности И. Шварца и возглавляемого им Дружеского ученого общества.
Настоящее складывание новой концепции истории университете относится ко времени выхода двухтомной "Истории Московского университета", приуроченной к его 200-летнему юбилею. Статьи в этой работе, посвященные рассматриваемому нами периоду, написаны М. В. Нечкиной - наиболее крупным послевоенным советским исследователем, занимавшимся проблематикой общественной и культурной жизни начала XIX в. в целом. На примере ее глав в "Истории Московского университета" мы можем увидеть как наиболее сильные, так и слабые стороны нового концептуального подхода. Дело в том, что этой работе предшествовали два капитальных исследования М. В. Нечкиной, тематически связанные с периодом начала XIX в., - "Грибоедов и декабристы" (1-е изд., 1947 г.) и главы о допожарной столице в 6-томной "Истории Москвы" (1954 г.). Из этих трудов видно, какую огромную работу проделала исследовательница, собирая различные источники, опубликованные и неопубликованные, анализируя воспоминания современников, периодическую печать, следственные дела декабристов и т. д. В книге "Грибоедов и декабристы" ею нарисована широкая панорама студенческой жизни Московского университета, выявлен широкий круг университетских знакомых Грибоедова, составлявших студенческие кружки начала XIX в., рассказано о влиянии университета на формирование мировоззрения молодых людей, характерных деталях их повседневной жизни. Главы, посвященные началу XIX в. в 3-ем томе "Истории Москвы", показывают нам богатую яркими красками картину московской культурной жизни, в которой Московский университет занимал одно из центральных мест. Эти работы до сих пор остаются одними из лучших памятников советской историографии для рассматриваемого нами периода.
К сожалению, соответствующие части "Истории Московского университета" не дают такой насыщенной фактами и цельной картины. В фактологическом отношении "История" уступает не только труду Шевырева, но, как ни странно, местами даже "Очеркам" 1940 г. Автор искусственно суживает охватываемые им явления, руководствуясь двумя основными положениями, которые красной нитью должны пройти через всю историю университета: 1) о непрерывно возрастающей роли отечественных ученых в Московском университете, борьбе прогрессивных русских профессоров за утверждение материалистических идей против враждебно к ним настроенных представителей западной науки; 2) о значении университета как огромного революционизирующего центра, в недрах которого постоянно зреет сопротивление царскому режиму, с которым сражаются многие выпускники университета (от декабристов, Герцена и Огарева до бунтующих студентов 1905 г.).