Итак, университет и две гимназии подчинялись куратору, затем директору, а также Конференции. Университет состоял из трех факультетов: юридического, медицинского и философского. Публичные лекции читались на латыни или на русском языке, хотя, судя по сообщениям в "Московских ведомостях" о торжественных мероприятиях, лекции могли читать иностранные профессора на французском, немецком. В будние дни профессора читали лекции не менее двух часов в день, по субботам проходили заседания Конференции под председательством директора. Профессор не имел права читать лекции и рекомендовать учебники по своему усмотрению, не согласовав содержание курса с Конференцией. С 1762 г. ввели цензуру в типографии университета и цензором был назначен М.М. Херасков . В 1768 г. была введена цензура речей профессоров . С.П. Шевырев пишет, что "темы, избираемые профессорами, всегда одобрялись Конференцией (в том смысле, что представлялись для утверждения – авт.). Куратор (Ададуров В.Е., куратор в 1762–1780 гг.) подтверждал несколько раз директору, чтобы цензура речей была бдительна и чтобы профессоры-ораторы не позволяли себе никаких дерзновенных выражений. Латинские речи переводимы были всегда на русский язык студентами и выходили вместе с русским переводом…. Профессор Эразмус предлагал Конференции, чтобы русские речи профессоров печатались с латинским переводом для заграничных университетов, к чести и славе Университета Московского и для выгодного обмена на иностранные книги…".
В 1768 г. императрица Екатерина "указать соизволила", что в университете пристойнее бы читать лекции на русском языке, особенно по праву. Куратор Ададуров предписал Конференции объявить русским профессорам, чтобы впредь они читали публичные лекции на русском, а технические термины называли на латыни. "Московские ведомости" опубликовали сообщение об этом событии: "С сего 1768 году в Императорском Московском Университете для лучшаго распространения в России наук, начались лекции во всех трех факультетах природными Россиянами на Российском языке. Любители наук могут в те дни и часы слушать, которыя оным в лекционном каталоге назначены" .
Гимназии готовили учеников для поступления в университет. Принимали в студенты по результатам экзамена.
Студенты обучались три года. В № 10 "Московских ведомостей" от 28 мая 1756 г. опубликован указ Елизаветы о том, чтобы в Университете учить "недорослей" до 16 лет, а тех, кто проявит склонность к наукам, – до 20 лет. Записанные в воинскую и гражданскую службу могли обучаться в университете, а на службе получать повышения наряду со всеми. Тем, кто собирался заниматься наукой, требовалось разрешение Сената. Высокий престиж учебы и работы в университете таким образом был обеспечен указом императрицы.
В "Московских ведомостях" довольно часто попадаются объявления о прибытии иностранных профессоров и защитах диссертаций магистрами. Например, в № 5 от 10 мая 1756 г. опубликовано сообщение, что магистр Николай Поповский объявлен профессором красноречия при собрании магистров, учителей и учеников в Канцелярии Университета. Это и реклама, и информация о высоком уровне преподавания в университете. Однако в этих объявлениях присутствует личный интерес профессоров. Дело в том, что профессора университета обязаны были читать публичные лекции бесплатно, но после этого могли заниматься с учениками и за особую плату. Поэтому в "Московских ведомостях" довольно много объявлений как о публичных лекциях , так и о приватных занятиях .
Особенно часто появляются объявления о лекциях профессора Дилтея о праве . Филипп Дилтей, "доктор обоих прав и член Майнцкой Академии" , приехал в Москву из Вены. Был основателем юридического факультета в Московском университете и первое время один преподавал в нем все курсы. Он начал читать курсы всеобщей истории и русского права. Владел французским языком и быстро освоил русский. Издал много полезных учебников, особенно по праву и географии. Однако С.П. Шевырев пишет, что некоторые из профессоров приватными уроками быстро нажили себе состояние и приводит в пример именно Дилтея. Он брал за частные уроки по 12 рублей в год с ученика за каждый предмет. Из-за этих занятий он пропускал публичные лекции, что вызывало нарекания . Против Дилтея даже был начат университетом судебный процесс в 1765 г., который прекратила своим указом Екатерина II.
Жалованье профессора составляло 400–500 рублей в год, учителя гимназий – 200 рублей. Эти суммы, особенно заработок учителей, были невелики. Но принадлежность к университету давала некоторые льготы для домовладельцев: они могли не держать сторожей, не мостить улицы и не брать на постой солдат (или не откупаться от этих обязанностей). Поэтому даже студенты покупали дома на свое имя, чтобы воспользоваться этими преимуществами.
Среди студентов первым заявил о своем желании давать частные уроки Антон Любинский. В № 85 "Московских ведомостей" от 24 октября 1757 г. опубликовано его объявление о том, что он хочет обучать математике желающих. Спустя несколько лет он стал штатным преподавателем математики.
В № 39 "Московских ведомостей" от 16 мая 1757 г. опубликован указ Елизаветы об экзаменах, которые должны сдавать все приезжающие в Россию иностранцы – домашние учителя и гувернеры. Принимать этот экзамен должны были Академия наук в Петербурге или университет в Москве. Этот указ был вызван вопиющей невежественностью гувернеров-иностранцев. Все, кто брал учителей без аттестата, подвергались штрафу в сто рублей. Иностранцев, которые без этого экзамена откроют школу, по указу надлежало высылать из страны.
"Московские ведомости" постоянно публиковали объявления университета о тех предметах, которые уже вводили в программу обучения, или тех, что собирались в нее включить. Например, встречается объявление: "Московский Императорский Университет, побуждаем будучи усердием своим к вящему благу и желанием наиболее вспомоществовать к успехам в Науках и Художествах, присовокупил к обыкновенным своим упражнениям публичной класс, в котором лучшие авторы Французские во всех родах, так же и лучшие переводы, находящиеся на сем языке, хороших сочинений, прославивших Англию, Германию и Италию, читаны и толкованы быть имеют. Сей класс будет обучаем всякую неделю по средам и субботам, ныне от двух до пяти, а летним временем от двух же до шести часов полудни. Те, которые имеют счастие знать, сколь полезно и приятно для себя и для общества иметь просвещенной разум; которые желают всегда знать состояние литературы нынешней; словом которые по природе, или по дарованиям своим могут надеяться быть определены особливо к чужестранным делам, чрез сие приглашаются к сим упражнениям, которые скорее могут их привести к полезным знаниям и в состояние с отличностью служить Государю и Отечеству" .
С помощью объявлений в "Московских ведомостях" Московский университет искал недостающих учителей в гимназии: "желающим определиться для обучения Студентов и учеников чистому письму Французскому и Немецкому, или по крайней мере одному Французскому" предлагается явиться для заключения контракта "в Университетском Доме, что на Моховой" . В № 70 от 31 августа 1764 г. объявление, что "в гимназию для обучения юношества Фортификации и Артиллерии потребен искусной учитель…".
Так же, с помощью объявлений набирались на свободные места гимназисты, например: "Желающему определиться в Императорский Московский Университет для обучения в дворянской гимназии Французского Синтаксического класса, явиться в оном Университете немедленно" .
Публикацией фамилий в "Московских ведомостях" не только поощряли успешных студентов, но и наказывали нерадивых. Мерами наказания были запись на черную доску в гимназии, заключение в карцер в конце месяца, "наконец, совершенное исключение из гимназии с припечатанием имени в Ведомостях". В № 34 "Московских ведомостей" за 1760 г. в списке исключенных "за леность и нехождение в классы" имена Григория Потемкина и Николая Новикова.
Московский университет финансировался из государственной казны. И.И. Шувалов "испрашивал" у Елизаветы Петровны для основания университета 10 тысяч рублей.