В 1805 г. "Московские ведомости" сообщали, что Московский университет объявил конкурс на лучшее историческое и литературное произведение . В том же году опубликовано сообщение об открытии университетской больницы .
Наполеоновское нашествие стало причиной драматических событий в жизни университета. В сентябре 1812 г. пожар уничтожил все здания университета, кроме одного больничного корпуса. Погибли учебные корпуса, библиотека, имевшая более 20 ООО книг, отличное собрание физических, астрономических, химических, хирургических инструментов, другие музейные коллекции. Сгорели и частные собрания, и библиотеки профессоров.
В это время издание "Московских ведомостей" прекращается на № 70 от 30 августа 1812 г. Следующий № 71–94 вышел 23 ноября 1812 г. В нем – информация о возобновлении газеты: "…мы вновь начинаем дышать свободою. Враг человечества, упившись кровью невинных, с адскою в сердце злобою оставил древнюю нашу Столицу" .
В декабре 1812 г. газета печатает объявление от попечителя Императорского Московского университета и его учебного округа о том, что он "…объявляет чрез сие всем Учителям и Смотрителям…, кои претерпели от нападения неприятеля, что они могут явиться для получения как жалованья, так и пособий" .
В июле 1813 г. в "Московских ведомостях" было напечатано воззвание, в котором перечислялись потери Московского университета от французского нашествия. В нем французы упрекались в невежестве и неуважении к научному учреждению: "Святотатственныя руки злодеев, столь долго и много величавшихся своей образованностию, своей любовью к Наукам и Учености, вместе с Храмами Веры не пощадили и сего Храма Народного Просвещения". Императорский Московский университет разделил общий жребий с Москвой во время пребывания в ней наполеоновских войск. "Драгоценный кабинет, один из первых в Европе, библиотека, попечением мудраго Правительства также весьма богато умноженная, и другия пособия… – все почти предано пламени… Буйные варвары стремились лишить, жителей Москвы не только жизни, но… мнили похитить духовную их пищу. Одним пожаром обратить в ничто, и как хвалятся они в безумии своем, отбросить Россию на сто лет назад в ея образованности …". Это часть текста воззвания с просьбой "к посильным пожертвованиям книгами или другим образом для скорейшего восстановления библиотеки" . После публикации этого воззвания в течение года было собрано более 5000 книг. Университету присылали книги Академия наук, Дерптский, Казанский университеты, Публичная библиотека, выпускники университета.
В газете "Московские ведомости" постоянно публиковались объявления с выражением благодарности за книжные и многие другие дары.
Занятия в Московском университете возобновились в сентябре 1813 г. Есть соответствующее объявление: "От Императорского Московского Университета состоящим в оном на жалованье находящихся в отлучке Студентам чрез сие объявляется, что в Университете лекции преподаваться уже начаты, а потому они и должны немедленно явиться в Университет в самоскорейшем времени и именно не позже Октября 10-го числа, в противном же случае на их места определены будут другие" . В конце августа в газете появилось расписание лекций .
В ноябре 1813 г. было опубликовано сообщение об открытии медицинского факультета , отстроен анатомический театр и освящено здание факультета. Профессор Мудров произнес на русском языке речь "О нравственных качествах Гиппократова Врача". Впервые в его речи на русском языке излагались сочинения Гиппократа.
После пожара главный корпус – "Дом университета" – стоял обгорелой развалиной посреди огромного пожарища Москвы . Под грудами пепла было погребено все ученое имущество университета. Вместе с библиотекой погибло в пожаре и полное собрание газеты "Московские ведомости". Библиотека университета покупала затем комплекты газет из частных собраний. Позже полное собрание университетской газеты было подарено библиотеке С.Д. Полторацким. Автор пользовался этим собранием – в нем, например, есть последний, 70-й номер "Московских ведомостей", напечатанный перед захватом Москвы французами.
По решению императора Александра I университету были выделены деньги для закупок частных коллекций и библиотек. В 1821 г. разрешено было построить новый корпус типографии. На эту цель решено было направить средства из доходов самой типографии: 228,5 тысяч рублей. В августе 1816 г. император Александр I посетил университет. Тогда же было решено восстанавливать главное здание.
Строительство началось в 1817 г. Руководил им архитектор Д.И. Жилярди. Он отстроил главный корпус на Моховой, почти полностью восстановив внешний вид и планировку здания, построил аптеку, здание медицинского факультета. В июле 1819 г. впервые за последние шесть лет университет отмечал окончание учебного года в собственном здании. В 1820 г. "верхний храм церкви Св. Георгия, поступивший в ведомство и содержание Университета, был вновь отстроен…и в первый день учебного года освящен во имя Св. Татианы, как и разрушенный пожаром храм, в воспоминание дня основания университета" . Тогда же были освящены здания отстроенных медицинского института, больницы и клиники.
Монарших визитов в университет было немного. В 1826 г. Николай I посетил Московский университет. Второй визит Николая I в университет 22 ноября 1837 г. связан с окончанием перестройки нового Аудиторного корпуса на улице Моховой. Это так называемый Пашков дом: дом Пашкова на Моховой улице, через дорогу от главного университетского корпуса, купленный для увеличения университетских площадей. Здание Аудиторного корпуса сейчас занимает факультет журналистики МГУ им. М.В. Ломоносова. В 1833 г. император Николай I выделил на переделку здания 99 750 рублей. Для проведения этих работ был учрежден Строительный Комитет.
Приходская церковь Св. Георгия, причисленная к университету, была возвращена в Духовное ведомство. Новый храм Св. Татианы, устроенный архитектором Тюриным в новом Аудиторном корпусе, был освящен 12 сентября 1837 г. Митрополитом Московским Филаретом. 22 ноября с посещения этого храма начался визит в Московский университет императора Николая I.
После посещения храма император "обозрел" Аудиторный корпус, его аудитории. Побеседовал с архитектором Тюриным, поблагодарил его за труды по перестройке университетской церкви. В большом университетском корпусе (сейчас здание по адресу ул. Моховая, И) осмотрел столовую, студенческие комнаты, музей, библиотеку, медицинскую клинику. Император беседовал со студентами, приветствовал ректора и профессора Каченовского, разрешил пристройку нового здания. Император изъявил свое удовольствие Попечителю за найденный порядок и устройство.
В 1846 г. Николай I посещал вновь открытую университетскую клинику, а 1851 г. во время визита в университет его сопровождал наследник престола.
Странно, что визиты императора и цесаревича очень скупо освещались в газете "Московские ведомости". В результате специальных поисков удалось найти два лаконичных сообщения: "В 3 часу пополудни того же числа (22 ноября) ЕГО ВЕЛИЧЕСТВО ГОСУДАРЬ ИМПЕРАТОР был в Императорском Московском Университете и найденным порядком остался доволен. В 11 часу утра ЕГО ВЫСОЧЕСТВО наследник Цесаревич посетил Императорский Московский Университет" . И: "31 июля Государь Наследник Цесаревич, утром осмотрев Тюремный замок, удостоил высоким своим посещением Императорский Московский Университет, где милостиво изволил разговаривать с Начальником и Профессорами, а после приветствия Студентам долго занимался рассмотрением Музеев и Библиотеки и новых великолепных Аудиторий, недавно оконченных отделкой в купленном у Пашкова доме" .