Под угрозой смертной казни японцам с 1636 года запрещалось покидать отечество и строить большие корабли, которые могли использоваться для дальнего плавания, а иностранцам — высаживаться где-либо на берегах Японии. Подобное предписание, относящееся к 1825 году, требовало обстреливать иностранные суда в случае их приближения к японским берегам.
Только в 1842 году местные власти получили указ, разрешающий снабжать (за плату) прибывающие в японские порты иностранные суда водой и продовольствием. И лишь потом японские чиновники могли требовать их ухода от берегов империи.
В порядке исключения лишь голландским судам разрешалось находиться только в одном порту на острове Десима (Дэдзима), в бухте Нагасаки. Поводом для такого исключения из законодательного правила было следующее. В 1637 году в Симабара, близ города Нагасаки, произошло сильное крестьянское восстание под христианскими лозунгами. Повстанцы были вооружены огнестрельным оружием, полученным от европейских миссионеров, которое помогло им добиться ряда успехов. Восстание быстро охватило значительный район острова Кюсю.
Сегунская армия в течение нескольких месяцев не могла подавить крестьянское антифеодальное выступление. Только помощь голландских кораблей, бомбардировавших с моря замок Хара, где сосредоточилась 30-тысячная армия повстанцев, позволила войскам сегуна из рода Токугава взять его штурмом и учинить кровавую расправу над восставшими. Залпы голландских корабельных орудий оказались победными.
Помощь сегунату в подавлении симабарского восстания поставила голландцев в исключительное положение в закрытой стране. Так они на долгое время монополизировали все контакты Японии с внешним миром. В единственный порт в стране — Нагасаки — два раза в год был разрешен заход голландских, а также корейских и китайских кораблей. Но голландцы содержались на острове Десима в обстановке, «более похожей на тюрьму, чем на факторию» европейцев в азиатской стране. Иностранцам строго запрещалось заниматься миссионерской деятельностью.
Жестокая система самоизоляции Японии, которая просуществовала до 1867 года, привела к тому, что люди из экспедиции капитан-командора Витуса Беринга в 1739 году были первыми и более чем на сто последующих лет последними русскими, беспрепятственно и на самое непродолжительное время сошедшими на землю Японии.
Правящий в ней сегунат в 1804 году занял жесткую позицию в отношении экспедиции выдающегося мореплавателя России И.Ф. Крузенштерна на шлюпе «Надежда», совершавшем первое русское кругосветное плавание, а в 1811 году — откровенно враждебную по отношению к экспедиции капитан-лейтенанта В.М. Головнина. Последнему, вероломно захваченному в плен вместе со своими спутниками на южнокурильском острове Кунашир, пришлось провести два года, по сути дела, в заточении у японцев.
Недоброжелательность японских властей по отношению к иностранцам, в том числе и к россиянам, обернулась неизбежными при этом вооруженными столкновениями. Япония упорно отказывалась от контактов с Европой, в том числе и с Российской империей, которая становилась ее соседом. Так, неудачей закончились переговоры, которые вел зимой 1804—1805 годов Н. Резанов.
Осенью 1806 года в заливе Анива, на южной оконечности Сахалина, происходило первое вооруженное столкновение сторон. С русской стороны в нем участвовал экипаж небольшого фрегата «Юнона» под командованием лейтенанта Н.А. Хвостова. Весной следующего года Хвостов вновь появился у сахалинских берегов вместе с мичманом Г.И. Давыдовым, командиром шлюпа (тендера) «Авось». Дело вновь доходит до перестрелки с японцами, и русские моряки в бою «истребили» два японских селения.
По возвращении в порт Охотск командиры кораблей за свои своевольные действия против японских поселений были арестованы. Давыдов бежит из-под ареста в Якутск.