Исследуя эталоны "угрозы" и "победы" в различные эпохи военной мысли, Цымбурский пришел к заключению, что в рамках нынешней фазы милитаризма нельзя ставить войне далеко идущие цели и видеть в ней некое общенациональное дело, что было характерно для военных теоретиков со времен Клаузевица. Прошедшая фаза, начавшаяся наполеоновскими войнами и завершившаяся Хиросимой, характеризовалась преобладанием способов мобилизации населения над средствами уничтожения. В эту эпоху можно было делать расчет на войну до победного конца. Так что дело отнюдь не в "номосе земли", то есть не в особых принципах ведения континентальных войн (как полагал Карл Шмитт, к авторитету которого Цымбурский всегда относился крайне скептически), не допускающих криминализации военного противника и использования жестких насильственных действий против нонкомбатантов, а просто в той логике превосходства мобилизационного потенциала над возможностями уничтожения живой силы, которая позволила революционной Франции, а затем уже и двум Рейхам вести войну на нескольких фронтах, тем самым добиваясь гегемонии в Европе. Цымбурский обнаруживает близкие ему идеи о 150-летних циклах различных милитаристских стилей на европейском континенте у американского ученого Куинси Райта, и теория Райта стала концептуальной основой дальнейших исследований Цымбурского в области политической науки.
В 1990 году ученый покидает Институт США и Канады и на какое-то время переходит на работу в Институт востоковедения. В это время он продолжает писать тексты, которые можно отнести как к теоретической политологии, так и к геополитической публицистике. В частности, в соавторстве с филологами Денисом Драгунским и Гасаном Гусейновым он публикует в журнале "Век XX и мир" целую серию текстов, посвященных теоретической экспликации понятия "империя", где предпринимается робкая попытка освободить это – в тот момент заряженное негативными коннотациями слово – от однозначно антилиберального контекста. С 1991 года Цымбурский активно печатается в созданном в том же году журнале "Полис" ("Политические исследования"), где в октябре 1993 года выходит в свет его знаменитая статья "Остров Россия. Перспективы российской геополитики". В 1995 году в альманахе "Иное", собранном Сергеем Чернышевым, появляется и развернутое приложение к "Острову" – статья "Циклы похищения Европы". Здесь делается попытка рассмотреть имперскую активность России в Европе как процесс, характеризующийся последовательными стадиями: А) вхождением в европейскую игру в качестве союзника одной из основных конкурирующих сил на континенте, В) перенесением континентального раздора на территорию самой России, С) резким натиском империи на Европу с перспективой утверждения в ней в роли гегемона, D) отбрасыванием России из Европы объединенными силами Запада и, наконец, Е) попыткой России выстроить суверенное от Запада пространство с помощью геополитической активности на южных или восточных рубежах.
Уже тогда, в статье 1995 года Цымбурский делает вывод, впоследствии ставший центральным тезисом его докторской диссертации, что для каждой фазы этого цикла характерен свой особый тип геополитического проектирования. Когда Россия надеется на полноценное участие в европейской игре, она оказывается не склонна видеть свое пространство отделившимся от пространства Европы – и под тезис о слитности этих пространств подгоняются соответствующие реалии и факты. А вот как только Россия из Европы изгоняется, русские геополитики довольно быстро вспоминают или про наличие туранской крови в жилах значительной части населения империи, или про значение степных районов в истории Древней Руси и пр. Конъюнктуры времени начинают преобладать над конъюнктурами земли. Время диктует геополитическому воображению свою образную логику. Как увидит читатель диссертации Цымбурского, геополитики могут в ряде случаев действовать вопреки этой логике, но (как правило) это создает для них определенное политическое напряжение. Гораздо приятнее, когда ветер истории дует тебе в спину, когда геополитическое воображение открывается всем тем соблазнам, которые предоставляет проектировщику конъюнктура, то есть, по этимологии этого слова, связность текущих событий.
1995 год стал во многом переломным в судьбе Цымбурского. В любопытном документе, который нам еще предстоит не раз цитировать в настоящей статье, в Ходатайстве о замене предоставления полного текста диссертации научным докладом и возможности присуждения научной степени по совокупности работ ученого, поданном в ВАК от имени Диссертационного совета при Институте философии, говорится, что он "с конца 1980-х годов публикует, самостоятельно и в соавторстве, ряд работ по анализу геополитических проблем, по идеологии геополитики, а с 1995 г. полностью сосредоточил свои научные интересы в области теории и истории геополитики, как старший научный сотрудник сектора истории политической философии Института философии РАН". Здесь важно не только биографическое указание на переход Цымбурского в Институт философии на должность старшего научного сотрудника, совершившийся в 1995 году, но и разделение его геополитического творчества на две части: до 1995 года (когда автор "Острова Россия" преимущественно писал по "идеологии геополитики") и после 1995 года, когда он углубился в "теорию и историю геополитики". Очевидно, что это разделение, явно позаимствованное авторами Ходатайства И.К. Пантиным и Е.А. Самарской у самого диссертанта, отражает специфику восприятия самим мыслителем характера его собственной научной деятельности.
В 1993 – начале 1995 года Цымбурский воспринимает себя еще немного как политического игрока, потенциально способного своей концепцией "Острова Россия" повлиять на судьбы Отечества. Он надеялся и не раз в 1994 году открыто высказывал подобные надежды на то, что его "островная" теория станет идеологией постсоветской России и сможет примирить умных либералов и продвинутых консерваторов некоей не реваншистско-имперской, но вместе с тем и не западнической программой. Он ловил признаки внимания к своей концепции со стороны различных политических сил страны, радуясь всем одобрительным словам в адрес "Острова России". Вообще, 1994 год Цымбурский прожил на явном подъеме, исполненный надежд, которые, увы, так и не осуществились. В 1995 году к нему обратился с предложением о сотрудничестве в то время известный политик Василий Липицкий. Он проводил свою избирательную кампанию в Госдуму РФ по Новосибирску и по этой причине поддержал идею Цымбурского о "переносе столицы" в этот город, ближе к реальному географическому центру России, в место пересечения речных и железнодорожных коммуникаций Сибири. Цымбурский составил и подготовил к изданию летом 1995 года любопытный сборник материалов "Россия, Москва и альтернативная столица", посвященный дискуссиям о "перемене столицы", однако на этом не имевшем никакого продолжения в плане взаимодействия с Липицким эпизоде завершился для автора "Острова Россия" период политических ожиданий в целом. После разочарования в текущей политике Цымбурский решает сделать на основе своего, как он сам считал, еще вполне публицистического опуса 1993 года полноценную научную теорию и тем самым закрепить свое место в российской политологии.
Вот именно с этим переломом в судьбе Цымбурского и стоит связывать его переход в Институт философии РАН и начало работы над будущей докторской диссертацией, которая впоследствии получила название "Морфология российской геополитики и динамика международных систем XVIII-XX веков". Можно сказать, первым камнем в архитектонику будущей работы стала вышедшая в июньском номере журнала "Общественные науки и современность" за 1995 год статья "Тютчев как геополитик", впоследствии в несколько измененном виде вошедшая в 4 главу диссертации, посвященную "искусам Священного Союза". Цымбурский, комментируя в частной беседе замысел этой статьи, высказывал мысль о том, что хочет отнестись ко всей истории русской геополитики подобно тому, как психоаналитик относится к неврозам больного. Согласно его мнению, практически вся русская геополитика трех прошедших веков была заражена своеобразным обсессивным неврозом "похищения Европы", острой потребностью с помощью имперской экспансии устранить преграды между двумя цивилизациями. Статья о Тютчеве была отмечена обращением к глубинным психологическим мотивам геополитического воображения русских внешнеполитических теоретиков, их вытесняемым страхам перед изолированным существованием России.