Наряду с перечисленными наказаниями в Уложении существовали еще так называемые особые наказания, которые назначались за должностные преступления: выговор, отрешение от должности и др.
Изучив Уложение 1649 г., следует признать, что в отличие от ранних законодательных источников, в нем наказания оформляются уже в некоторую систему, появляется "лестница" наказаний, перечень наказаний является более полным и определенным. Наказание все больше приобретает формальный характер. Наказание назначается во имя общего интереса, во имя нарушенного земского покоя и порядка, т. е. окончательно приобретает публичный характер. Начало возмездия было слабо развито в законодательстве XVII в. и почти не влияло на построение системы наказаний. Лишь в незначительных случаях (при убийстве, телесных повреждениях и некоторых других) начало возмездия реализуется посредством того, что наказание определяется исходя из содержания и размера вреда. Господствующим, отмечает Н.Д. Сергиевский, в построении системы наказаний в этот период выступало начало целесообразности (утилитарные соображения). Именно поэтому вся система наказаний была направлена на служение государству, и обеспечивала реализацию следующих целей: изоляция преступников от общества, устрашение, увеличение средств государственной казны, колонизация незаселенных местностей, удовлетворение интересов потерпевшего. Стремясь к достижению названных целей, государство при определении наказаний игнорировало личность и не включало потому в законодательство каких-либо положений, обеспечивающих гарантии для личности преступника. В связи с чем, нередко наказывались невиновные, наряду с виновным страдали члены его семьи. Из всех возможных видов наказаний закон избирал наиболее дешевые и организовывал их тоже наиболее дешевым способом. Система наказаний по Уложению 1649 г. характеризовалась достаточной суровостью, но суровость эта вытекала из особенностей того времени, государственного быта и соотношения общественных сил. В санкциях статей были представлены смертная казнь, наказания, связанные с воздействием на преступника, изоляция от общества. Имущественные наказания хотя и несколько отходят на второй план, но не теряют своего значения, так как государство преследует цель извлечения финансовых выгод и сохраняет стремление умиротворить потерпевшего. Характерным для этого периода является множественность наказаний за одно и то же преступление (сочетаемость различных наказаний), несоответствие наказания тяжести совершенного преступления, что обусловлено, в том числе и сохранением права-привилегии. Санкции многих статей характеризовались неопределенностью. Соответственно, несмотря на изменение взгляда на наказание, более детальную регламентацию наказаний, тем не менее, система наказаний в исследуемый период еще не была до конца оформлена и требовала дальнейшего совершенствования.
Во второй половине царствования Петра I появляется (в 1716 г.) Воинский Устав, вторая часть которого – Воинский Артикул, содержал довольно обширный военно-уголовный кодекс, главным образом посвященный вопросам о преступлении и наказании. Петру Великому принадлежало несколько попыток общей кодификации русского права, которые закончились неудачами. Но эти неудачи общей кодификации с одной стороны, и крайняя необходимость скорее дать новосозданной армии особый регламент – с другой, побудили Петра I отложить мысль об издании нового общего Уложения и ограничиться лишь созданием Устава Воинского, который будучи составлен по иноземным источникам стоял особняком по отношению к указной практике, которая и до Петра, после издания Соборного Уложения, и еще более при нем регулировала различные сферы деятельности, в том числе и связанные с определением преступных деяний и наказаний за них.
Воинский Устав, наряду со специальными постановлениями, которые регламентировали деятельность армии, содержал юридические нормы общего характера, которые применялись в общеуголовных судах, именно поэтому Воинский Устав стоит в ряду источников уголовного права.
В общем взгляде на сущность преступления эпоха Петра I развивала воззрения Соборного Уложения. Воинский устав стоял на тех же началах, на том же признании всесилия власти, что и Уложение 1649 г., а потому строгие, даже непомерно строгие сравнительно с Уложением наказания назначались ослушникам и противникам самодержавной власти.
Из содержания ряда артикулов видно, что на первое место среди целей наказания была выдвинута такая цель, как устрашение. Ее достижение обеспечивалось жестокими карами как настоящих, так и будущих преступников и которая, как отмечают исследователи, переходила нередко в истребление преступников. Принцип, сформулированный еще в Соборном Уложении: наказать так, дабы другим, смотря на это, неповадно было подобно делать, – сохраняется в Артикуле Воинском в полной мере. Истребление преступника обеспечивалось посредством назначения смертной казни за самые разнообразные преступления, поэтому смертная казнь предусматривалась в Воинском Уставе в 122 случаях, что почти вдвое превосходит количество случаев, установленных в Соборном Уложении. Устрашение сочеталось с публичностью наказаний.
В Уставе довольно ярко отражено начало возмездия при определении меры наказания. Это начало в первую очередь проявляется в простой форме – воздаянием, равносильным злом за причиненное зло, по древнему принципу "око за око, зуб за зуб". Эта месть определена в 154 артикуле, где прямо сказано о необходимости применения смертной казни как мести за совершенное убийство. В других случаях идея возмездия выражается при определении членовредительных наказаний, когда предлагалось у преступника отнимать тот орган, которым было совершено преступление, либо причинить вред тем же оружием, что и преступник. Однако, поскольку возмездие в чистом виде уже отживало свой век и не удовлетворяло законодателя, то наряду с наказаниями, носившими характер талиона, он ставил и другие наказания, предоставляя суду самостоятельно определять конкретный вид и размер наказания.
Обращаясь к вопросу о системе наказаний по Воинскому Уставу, необходимо отметить, что к 3-ей части В. Устава "Краткое изображение процессов или судебных тяжб" было приложено "оглавление приговоров в наказаниях и казнях". Это оглавление, по мнению исследователей, и представляло собой не что иное, как краткое изображение системы наказаний. Оно включало 5 видов наказаний: 1) обыкновенные телесные наказания; 2) жестокие телесные наказания; 3) наказания смертные, которые "чинятся застрелением, мечем, виселицею, колесом, четвертованием и огнем"; 4) легкие чести нарушимые наказания; 5) тяжелое чести нарушимое наказание (шельмование). Однако, система наказаний, представленная в оглавлении, не совсем совпадала с системой самого Устава, поскольку, во-первых, наряду с названными, в Уставе широко были представлены имущественные наказания, к числу которых относились конфискация общая или частичная, штраф, невыдача жалованья и др., а также некоторые осрамительные наказания, которые в оглавлении были обозначены лишь частично.
В целом система наказаний по Артикулу Воинскому характеризовалась следующими особенностями: отсутствием индивидуализации (когда вместе с преступником или вместо него наказывались его родственники); неопределенностью формулировок ("по суду наказан будет", "по обстоятельствам дела наказан будет" и т. п. Неопределенность приговора усиливала общее состояние страха); отсутствием формального равенства перед законом (разная ответственность за одно и то же преступление предусматривалась для представителей разных сословий: дворянина и крестьянина, офицера и солдата).
Как указывалось выше, первое место среди наказаний занимала смертная казнь. Как и в более раннем законодательстве, она делилась на два вида: простую (повешение, отсечение головы мечом, аркебузирование (расстрел)) и квалифицированную (сожжение, колесование и четвертование). Не менее распространенными были и телесные наказания, к числу которых относились "прогнание через шпицрутены или лозы", битье батогами и другие, в том числе членовредительные наказания.
Достаточно часто в Уставе предусматривается лишение свободы, причем в нескольких видах. Самую тяжкую форму лишения свободы представляло так называемое "жестокое заключение", которое сопровождалось закованием в железо. Оно применялось и как самостоятельное наказание, и в сочетании со шпицрутенами. Кроме того, исследователи выделяют также "сносное заключение" (арт. 152), просто "заключение" (арт. 21, 34, 85), "тюрьму" (арт. 203 и др.) и "арест у профоса".