По итогам заседания ВЦИК в ответ на попытку устранить Ленина был провозглашен массовый красный террор "против буржуазии и ее агентов". Советская Россия объявлялась "военным лагерем"; во главе всех фронтов и военных учреждений, как и предложил Троцкий, ставился Реввоенсовет Республики с одним Главнокомандующим, в распоряжение которого поступали "все сила и средства" РСФСР; закреплялось, что "все граждане, независимо от занятий и возраста, должны беспрекословно выполнять те обязанности по обороне страны, какие будут на них возложены Советской властью…" в лице РВСР. Решение вопроса на заседании ВЦИК не было случайностью: РВС Республики создавался как высший чрезвычайный (т. е. внеконституционный) орган. Принятие решения о его создании во ВЦИКе означало легитимацию.
Фактически речь шла о сверхмощном органе, истинным предназначением которого являлось не руководство обороной Республики "в кольце фронтов", а выдвижение фронтов далеко за пределы Республики, - с перспективой руководить мировой революцией. По масштабу деятельности РВСР должен был занять в Советской России 1918 г. то же место, что займет в 1941 г. Государственный комитет обороны (ГКО). Троцкий и Свердлов фактически получили возможность править, прикрываясь чрезвычайным советом как ширмой.
Как отмечалось в литературе, с сентября 1918 г. фактически влияние Троцкого в партии стало конкурировать с влиянием Ленина. Однако выздоровление Ленина свело на нет все замыслы двух большевистских лидеров.
18 сентября (уже через 2 дня после возвращения Ленина к политике) один из членов РВСР П.А. Кобозев РВСР обратил внимание Реввоенсовета Республики на то, что Троцкий и Свердлов, "не имея на то никакого права, выдают мандат от имени совета"; и постановил мандат отозвать. На следующий день РВСР был предложен новый, серьезно отредактированный текст "проекта Конституции РВСР", по сути документ, фиксирующий внутреннее распределение сил и ролей, и представил проект на утверждение ВЦИК. Фраза "сообщить о поправках Л.Д. Троцкому" указывает, что Реввоенсовет поправил (!) своего председателя. Подобные действия РВСР свидетельствуют, что он не хотел становиться "ширмой" для реализации властных амбиций Троцкого и Свердлова. Механизм отстранения от власти Якова Свердлова представляет предмет самостоятельного исследования.
С Троцким вопрос яснее. Уже в сентябре в ответ на действия Ленина ему пришлось усугубить ситуацию. Троцкий разработал проект положения о РВСР и внес его во ВЦИК на утверждение. 30 сентября 1918 г. ВЦИК принял Положение о Реввоенсовете Республики, согласно которому Революционный военный совет РСФСР объявлялся органом высшей военной власти в стране. Для нужд обороны границ РСФСР в распоряжение Реввоенсовета представлялись "все силы и средства народа", и все советские учреждения обязывались "рассматривать и удовлетворять (требования РВСР) в первую очередь". Реввоенсовет формально поглощал права и кадры коллегии Наркомвоена. Все военные учреждения подчинялись РВСР и обязывались исполнять его задания. Пункт 4-й подтверждал, что Л.Д. Троцкий является председателем Реввоенсовета Республики. Место председателя РВСР определялось равным месту председателя во взаимоотношениях с коллегией. Это ключевой пункт постановления (если сравнивать постановления ВЦИК от 2 и 30 сентября): согласно 45-й статьи Конституции РСФСР: "Народный комиссар вправе единолично принимать решения по всем вопросам, подлежащим ведению соответствующего народного комиссариата, доводя о них до сведения коллегии. В случае несогласия коллегии с тем или иным решением народного комиссара, коллегия, не приостанавливая исполнение решения, может обжаловать его" в СНК или Президиуме ВЦИК. Таким образом, положение закрепило за Троцким право единоличного решения вопросов - теперь он мог диктовать свою волю, не запрашивая мнения членов Реввоенсовета К.Х. Данишевского и П.А. Кобозева сотоварищи. Централизация и достижение нового уровня военного руководства фактически вылились в увеличение статуса Троцкого, не нуждавшегося в действительности ни в каком совете, управлявшего военными органами и обращавшегося в невоенные органы в директивном порядке посредством телеграмм из собственного "летучего аппарата управления" (выражение Н.С. Тарховой) - сформированного в ночь на 8 августа поезда председателя РВСР. Именно этими действиями, легализованными 30 сентября, Троцкий вызывал крайнее недовольство исполнительно следившего за Вацетисом К.Х. Данишевского: по его воспоминаниям, Троцкий "часто о своих распоряжениях и действиях не ставил в известность… Реввоенсовет", т. е. отдавал единоличные распоряжения вместо их проведения через РВСР.
РВСР и его председатель стремились сосредоточиться на важнейших проблемах, возлагая решение конкретных задач на соответствующие подчиненные органы, но все же фактически "потонул" в многочисленных организационных вопросах, что обусловило создание 30 ноября нового военно-политического органа с основателем РСДРП(б) и председателем СНК Лениным во главе - Совета рабочей и крестьянской обороны (позднее - Совет труда и обороны; далее - СТО). В одном из черновых проектов создания СТО стояло лишь имя председателя совета - В.И. Ленина (док. № 1.2). Причем в военном ведомстве Иоаким Вацетис пока четко встал на сторону создателя большевистской партии - об этом свидетельствует его доклад о необходимости централизации "хозяйственно-административной жизни", сделанный примерно за 3–4 дня до создания Совета Обороны (док. № 1.3). Фактически функции несостоявшегося ГКО были поделены: вопросы военной экономики и общего руководства воюющей страной перешли к СТО, а Реввоенсовету были оставлены военно-организационные вопросы.
Троцкий не мог смириться с очередным политическим поражением и упорно игнорировал заседания Совета Обороны, оставляя работу в этом органе Склянскому. Результаты плачевны: в 1924 г., отвечая на замечание Склянского, что военному ведомству не хватало денег на реформу, Г.К. Орджоникидзе заявил: "Если в СТО никогда не подымались военные вопросы и никто не защищал этих вопросов, то ясно, что ничего и не получишь…надо согласиться и т. Склянскому с тем, что, если бы в СТО выступил т. Троцкий в защиту своего бюджета, он провел бы его с несравненно большим успехом, чем если бы выступил тов. Скпянский плюс все члены Реввоенсовета армий и фронтов". Естественно, во время Гражданской войны все военные вопросы решались в первую очередь, но устранение Троцкого от этой работы - безусловный факт.
2 июня 1937 г. на заседании Военного совета при наркоме обороны И.В. Сталин вспомнил об "инциденте, который был у Ильича с Троцким" во время создания Совета Обороны: последний пришел жаловаться - получаются в ЦК письма от коммунистов, иногда в копии посылаются ему как наркому, а иногда даже и копии не посылается, и письма получают в ЦК через его голову. "Это не годится". Ленин спрашивает - почему? "Как же так, я нарком, я тогда не могу отвечать". Ленин его отбрил, как мальчишку, и сказал: "Вы не думайте, что вы один имеете заботу о военном деле. Война - это дело всей страны, всей партии".