Профессор А. И. Худяков внес заметный вклад в разработку теории налогового права. Во-первых, им написан и издан двухтомник налогового права Республики Казахстан, состоящий из Общей и Особенной частей налогового права. Поражает широта охвата вопросов и тщательность их изложения в Общей части налогового права. В частности, автор уделяет внимание столь нетрадиционным проблемам налогового права, как "налогообложение и право собственности", "система налогового права", "диспозитивный метод налогово-правового регулирования", "налогово-правовой договор" и др. Кроме того, проф. А. И. Худяков уделял весьма серьезное внимание проблемам налогового правонарушения и налоговой ответственности. Во всех авторских учебниках по общей части финансового права Республики Казахстан Алексей Иванович выделял отдельную главу "финансовое правонарушение", где доказывал, что финансово-правовая ответственность принципиально отличается от административно-правовой ответственности. Выделяя такую главу. Алексей Иванович стремился подчеркнуть, что налоговое правонарушение и налоговая ответственность являются разновидностью отраслевого правонарушения и ответственности. В числе признаков финансово-правовой ответственности он выделял следующие: а) она установлена непосредственно финансовым законодательством, т. е. меры этой ответственности выступают в качестве элемента финансово-правовых норм, б) данная ответственность выступает мерой наказания лица за неисполнение или ненадлежащее исполнение им своих обязанностей в качестве субъекта (участника) финансового правоотношения. Причем к ответственности привлекается именно субъект финансового правоотношения, а не должностное лицо юридического лица или иной его работник, в) привлечение лица к финансово-правовой ответственности осуществляется во внесудебном порядке соответствующим финансовым органом государства. При этом Алексей Иванович придерживался общеправовой концепции налоговой ответственности и таким образом утверждал, что пеня в налоговом праве "при всех обстоятельствах является санкцией, т. е. выполняет роль той юридической ответственности, к которой привлекается правонарушитель". Одной из последних работ профессора А. Худякова является монография "Налоговые правонарушения", изданная в соавторстве с В. Ю. Шатовым. Здесь также подчеркивается, что "пеня на неуплаченную в срок сумму налогов /…/ в силу своего непомерного завышения фактически выступает мерой наказания налогоплательщика, что превращает деяние в виде несвоевременной уплаты налога в налоговое правонарушение".
Помимо всего отмеченного профессор А. И. Худяков весьма последовательно разрабатывал теорию государственного кредита. В середине 90-х годов XX века А. И. Худяков, разрабатывая теорию финансового договора, распространил ее и на отношения государственного займа.
Позднее он отказался от своей концепции и подчеркивал, что к сфере финансового права относятся лишь те отношения публичного заимствования, "которые, являясь организационными (не экономическими), в основном связаны с бюджетным планированием заимствования и управлением публичным долгом". А к числу финансово-правовых аспектов бюджетного кредитования он относил лишь: а) установление порядка предоставления и планирование бюджетного кредита, б) ведение учета обязательств, возникших в результате бюджетного кредитования, а также осуществление контроля за их исполнением и применение мер финансово-правовой ответственности за нарушение заемщиком срока возврата кредита.
П. Перу профессора А. И. Худякова принадлежит целый ряд новаторских научных концепций и идей. Некоторые из них только сейчас начинают осознаваться и развиваться в финансово-правовой науке.
Во-первых, Алексей Иванович был первым, кто обратил внимание на существование договорных отношений в финансовом праве. Он ввел в науку понятие "финансовый договор" и разработал его теоретические основы. А. И. Худяков указывал, что: 1) финансовый договор является методом правового регулирования тех общественных отношений, которые возникают в процессе финансовой деятельности государства; 2) финансовый договор является юридической формой тех общественных отношений, которые по своим экономическим свойствам являются финансовыми; 3) одной из сторон финансового договора всегда является государство (в целом либо в лице его уполномоченного органа); 4) стороны в этом договоре не обладают равноправием в гражданско-правовом смысле. Он опосредует отношения, которые, как и все другие финансовые отношения, носят государственно-властный характер где, однако, юридическое неравенство не выражено столь категорично, как при императивном методе финансово-правового регулирования; 5) финансовый договор использует соглашение сторон и предусматривает взаимные денежные обязательства. Соглашение сторон проявляется, как правило, лишь в установлении размера финансового обязательства. Остальные условия определяются в одностороннем порядке властвующим субъектом правоотношения. Сегодня эти черты финансового договора принимаются как базовые теми учеными, которые исследуют договорные отношения в финансовом праве.
Во-вторых, опираясь на выводы о существовании финансового договора, проф. А. Худяков одним из первых в финансовом праве акцентировал внимание на появлении в этой отрасли договорного метода правового регулирования.
В-третьих, профессор А. И. Худяков впервые в финансово-правовой науке обратил внимание на проблему государства как собственника бюджетных и иных государственных финансовых ресурсов в рамках финансовых правоотношений. Он указывал, что "финансы всегда связаны с государственной собственностью на денежные средства. /…/ В то же время было бы ошибочным рассматривать финансовую деятельность государства как его деятельность только лишь в качестве собственника. Многие аспекты этой деятельности оно осуществляет, выступая в роли политического субъекта, обеспокоенного не только собственными денежными проблемами, но и судьбой всего общества". Фактически Алексей Иванович подчеркивал, что для финансового права актуальна проблема государства как суверена, политического субъекта и собственника государственных финансовых ресурсов. В то же время он отмечал: "… поскольку тема "финансовая деятельность и право собственности" ни в экономической, ни в юридической советской литературе не была разработана, то, следовательно, и финансы выглядели всего лишь категорией, не относящейся к той или иной форме собственности. Между тем они самым тесным образом связаны с ней, хотя бы в силу того, что деньги всегда являются объектом чьей-то собственности. Но, к сожалению, это обстоятельство в поле зрения исследователей так и не попало".