К числу закрытых административно-территориальных образований по состоянию на настоящую дату относятся: город Межгорье (республика Башкортостан); поселок Сибирский (Алтайский край); город Железногорск, поселки Подгорный, Додоново, Новый Путь, Тарта, деревня Шивера, город Зеленогорск, поселки Кедровый и Солнечный (Красноярский край); города Большой Камень, Фокино, поселки Дунай и Путятина, села Петровка и Суходол (Приморский край); поселок Углегорск (Амурская область); город Мирный (Архангельская область); город Знаменск (Астраханская область); город Радужный (Владимирская область); город Вилючинск (Камчатская область); поселок Первомайский (Кировская область); город Краснознаменск, поселки Восход и Молодежный (Московская область); города Гаджиево, Заозерск, Островной, Полярный, Североморск, Снежногорск, поселки Росляково, Сафоново, Видяево, насленные пункты Кувшинская Салма, Оленья Губа, Салма-Губа, Дроздовка, Качаловка, Лумбовка, Корабельное, Святой Нос, Мыс-Черный, Маяк-Городецкий, Терско-Орловский Маяк, Горячие Ручьи, Ретинское, Североморск-3, Щукозеро, село Белокаменка (Мурманская область); город Саров (Нижегородская область); поселок Комаровский (Оренбургская область); город Заречный (Пензенская область); поселок Звездный (Пермская область); город Шиханы, поселки Светлый и Михайловский (Саратовская область); города Лесной, Новоуральск, поселки Елкино, Таежный, Чащавита, Бушуевка, Свободный, Уральский, село Тарасково, деревни Пальники, Починок и Елани (Свердловская область); поселки Озерный и Солнечный (Тверская область); город Северск, поселки Самусь, Орловка, деревни Кижирово, Чернильщиково, Семиозерки (Томская область); города Озерск, Снежинск, Трехгорный, поселки Новогорный, Татыш, Метлино, Бижеляк, Ближний Береговой, Локомотивный, деревни Селезни, Новая Теча, Ключи (Челябинская область); поселок Горный (Читинская область).
Вся территория закрытого административно-территориального образования является территорией муниципального образования со статусом городского округа. Территория и границы закрытого административно-территориального образования определяются исходя из особого режима безопасного функционирования предприятий и (или) объектов, а также с учетом потребностей развития населенных пунктов. Границы закрытого административно-территориального образования на период действия особого режима безопасного функционирования могут не совпадать с границами субъектов РФ. Населенные пункты, расположенные в закрытом административно-территориальном образовании, входят в состав городского округа. Таким образом, приведенные перечни населенных пунктов объединяются единым названием города примыкания и в своей совокупности образуют единое закрытое административно-территориальное образование.
Структура, порядок формирования, полномочия и ответственность органов местного самоуправления городского округа закрытого административно-территориального образования определяются в соответствии с законодательством по вопросам местного самоуправления с учетом особенностей, установленных одноименным Законом.
Особый правовой и территориальный статус ЗАТО требовал и особой системы финансирования в области льгот и социальных выплат, проживающим и работающим на его территории гражданам. В этой связи в предшествующих редакциях Закона РФ от 14 июля 1992 г. № 3297-1 "О закрытом административно-территориальном образовании" (с изм. и доп. от 28 ноября 1996 г., 31 июля 1998 г., 2 апреля, 31 декабря 1999 г., 30 декабря 2001 г., 24 декабря 2002 г., 23 декабря 2003 г., 22 августа 2004 г.) был изложен особый порядок формирования бюджета закрытого административно-территориального образования. В числе особенностей последнего прямо было указано, что:
1) дополнительные льготы по налогам и сборам предоставляются соответствующими органами местного самоуправления организациям, зарегистрированным в качестве налогоплательщиков в налоговых органах закрытых административно-территориальных образований, в соответствии с указанным Законом. Право на получение указанных льгот имеют организации, имеющие не менее 90 % основных средств и осуществляющие не менее 70 % своей деятельности на территориях соответствующих закрытых административно-территориальных образований (в том числе не менее 70 % среднесписочной численности работников таких организаций должны составлять лица, постоянно проживающие на территории соответствующего закрытого административно-территориального образования, и не менее 70 % фонда оплаты труда должно выплачиваться работникам, постоянно проживающим на территории соответствующего закрытого административно-территориального образования);
2) дефицит бюджета закрытого административно-территориального образования покрывается субсидиями, субвенциями и дотациями из средств федерального бюджета в порядке, определяемом Правительством РФ. Статьи федерального бюджета, предусматривающие выделение указанных средств, являются защищенными статьями. Решение о перераспределении планируемого превышения доходов бюджета закрытого административно-территориального образования над его расходами принимается по представлению Правительства РФ при принятии федерального закона о федеральном бюджете на очередной год с учетом установленной для данного образования бюджетной обеспеченности населения. Средства превышения доходов бюджета над его расходами направляются на финансирование государственных и региональных экологических и социальных программ по преодолению последствий деятельности предприятий и (или) объектов. Перераспределению не подлежат средства превышения доходов бюджета над его расходами, полученные дополнительно в ходе исполнения бюджета в результате перевыполнения доходов или экономии в расходах.
В 2005 г. составление, утверждение и исполнение бюджета закрытого административно-территориального образования будет осуществляться в порядке, установленном Бюджетным кодексом РФ, и принимаемыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов РФ и органов местного самоуправления закрытого административно-территориального образования. Межбюджетные трансферты бюджетам закрытых административно-территориальных образований из федерального бюджета выделяются с учетом финансирования дополнительных расходов, связанных с особым режимом безопасного функционирования закрытых административно-территориальных образований. Дополнительные расходы и (или) потери бюджетов закрытых административно-территориальных образований, связанные с их статусом, компенсируются из федерального бюджета в порядке, устанавливаемом Правительством РФ. Указанные дополнительные средства не учитываются при распределении межбюджетных трансфертов из федерального бюджета и бюджетов субъектов РФ. Объемы и формы межбюджетных трансфертов из федерального бюджета бюджетам закрытых административно-территориальных образований утверждаются федеральным законом о федеральном бюджете на очередной финансовый год. Кассовое обслуживание исполнения бюджета закрытого административно-территориального образования осуществляется органами Федерального казначейства. Существовавшая до этого процедура бюджетного процесса с обозначенного момента перестает существовать.
Наряду с изменением общих представлениях о льготах для населения закрытых административно-территориальных образований в части замены процедуры бюджетного процесса были отменены и отдельные конкретные льготы. Работа на территории ЗАТО, ее специфика и характер предопределяли для лиц ее выполняющих некоторые преимущества по сравнению с иными работниками. Так, в частности, Законом предусматривалось, что граждане, проживающие или работающие в закрытом административно-территориальном образовании, подлежали обязательному бесплатному государственному страхованию на случай причинения ущерба их жизни, здоровью и имуществу из-за радиационного или иного воздействия при аварии на предприятиях и (или) объектах и в случаях ликвидации предприятий и (или) объектов, а также других юридических лиц, расположенных на территории закрытого административно-территориального образования, уменьшения объемов или перепрофилирования производства, влекущих за собой сокращение штата, высвобождаемые работники имели право на досрочный (но не ранее чем за 2 года) выход на пенсию. С принятием Закона о монетизации льгот обозначенные права прекратили свое существование, при этом какой-либо денежной компенсации лицам, претендовавшим на получение соответствующих льгот, не предусматривается.