Прибыв в Омск в январе восемнадцатого года, Анненков вновь отказался выполнить приказ разоружиться уже местного Совказдепа. Есаул хотел сделать отряд боевой единицей ещё сохранившего некоторую власть командования Сибирского казачьего войска. Но после того как 26 января Совказдеп арестовал войсковое правительство, и Советы обрели всю полноту власти, Анненков и его подчиненные оказались вне закона. Объявив себя атаманом партизанского отряда, есаул стал собирать вокруг себя лиц враждебных новой власти. К нему потянулись добровольцы: офицеры, казаки, интеллигенция. Боевым крещением для анненковцев стал ночной налет на центр Омска и похищение из войскового собора знамени Ермака и других войсковых реликвий. Данное событие произвело сильное впечатление в первую очередь на сибирских казаков. До того лишь слухи о бесстрашии молодого атамана, теперь обрели и фактическое подтверждение. Партизанский отряд численно увеличивался, к нему примкнули многие кадеты старших классов омского кадетского корпуса, отчисленные по требованию большевиков за сопротивление красногвардейцам в "набатную" ночь шестого февраля. И все равно бойцов было явно недостаточно, чтобы вступать в открытое боестолкновение с Красной Гвардией. Отряд изменил тактику, разбившись на части, он кочевал от станицы к станице по всей "Горькой линии", агитируя казаков присоединяться к ним. Атаман рассылал своих людей с такого же рода поручениями и по более отдалённым станицам и казачьим посёлкам, в другие отделы войска. С таким вот поручением и Степан Решетников побывал в родной станице, пытаясь агитировать казаков. В период с февраля по апрель отряд Анненкова в основном занимался не боевой, а военно-политической, организационной и подготовительной деятельностью. Налаживались связи, изыскивались источники материальной поддержки, создавались тайники с оружием и боеприпасами. Из окрестностей Омска белопартизаны, избегая столкновений с преследующими их красногвардейцами, ушли в Кокчетавский уезд, где жило много казаков лично известных Анненкову по совместной службе в Семиречье. Здесь у верных людей пришлось оставить и казачьи реликвии, ветхие раритетные знамена уже не были пригодны для походных условий и могли просто погибнуть.
В конце апреля анненковцы возвращаются в омский уезд, где продолжается вербовка добровольцев. Атаман установил прочные контакты с омским контрреволюционным подпольем. Немалую денежную поддержку анненковцам оказало омское купечество, всё увеличивающийся отряд надо было кормить, обмундировать, обеспечивать содержание лошадей, ну и, конечно, вооружать. Когда вспыхнул чехословацкий мятеж, Анненков тут же предложил чехам воевать против красных совместно. Чехи, не имеющие кавалерии, согласились вести боевые действия вместе с белопартизанским отрядом, насчитывающим уже до пятисот всадников.
Четвёртого июня чехи совместно с анненковцами перешли в наступление, что и предрешило судьбу советской власти в Омске. В бою под деревней Марьяновкой атаман проявил чудеса храбрости, лично под знаменем с группой казаков прорвался почти к командному пункту командующего красным фронтом и внес в ряды противника такую панику, что они стали поспешно отступать. Знаменем его отряда стало чёрное полотнище с вышитой "адамовой головой", черепом и перекрещёнными костями - он был молод этот атаман, всего двадцать девять лет, и воспринимал жизнь в некотором роде как романтическую игру, отсюда и любовь к таким "красноречивым" символам. Так или иначе, но это чёрное знамя с надписью "С нами Бог" уже наводило ужас на противника.
Анненковцы захватили участок Транссиба к западу от Омска и перерезали путь отступления красным по железной дороге. Потому омские большевики, оставляя седьмого июня город, эвакуироваться по Иртышу на пароходах. Белопартизаны продолжали очищать уезд от разбежавшихся красногвардейцев и сочувствующих советской власти. В Омск отряд торжественно с оркестром вступил 19-го июня. Анненковцы, забрасываемые цветами, продефелировали под аплодисменты по центру города, Атаманской улице и Любинскому проспекту. В Омске отряд вновь пополнился добровольцами и увеличился до тысячи человек. 24 июня по приказу вновь организованного штаба Сибирского казачьего войска отряд Анненкова выступил на фронт под город Троицк, на помощь также восставшим против большевиков казакам Оренбургского казачьего войска. Взаимодействуя с оренбуржцами, отряд одержал ряд новых побед в упорных боях с южно-уральской краснопартизанской армией Блюхера. Знаковым событием стало взятие анненковцами 6-го июля города Верхнеуральска. От командования Оренбургского казачьего войска в Омск летели благодарственные телеграммы, в которых присутствовали и такие слова: "Беззаветно храбрый есаул Анненков со своими офицерами и молодцами-казаками высоко несет знамя славных сынов Иртыша... От имени стариков-оренбуржцев, освобождённых из плена большевиков, шлем привет родным братьям сибирцам и глубокую благодарность отцам, пославших своих сыновей на поля Урала". Конечно, на подобные телеграммы 4-й войсковой Круг Сибирского Казачьего войска не мог не отреагировать. Анненкову объявили благодарность, после чего последовал приказ по Сибирской армии о его производстве "за отличие в боях против неприятеля" в чин войскового старшины.
Но атаман не собирался почивать на лаврах. Едва передохнув после взятия Верхнеуральска, белые под его общим командованием вновь перешли в наступление. Бои получились очень кровопролитными, отряд потерял убитыми и ранеными более сотни человек. Анненков был вынужден направить в Омск телеграмму с просьбой прислать ему для пополнения казаков-добровольцев. Одновременно он стал привлекать под свое чёрное знамя и оренбуржцев. Своим умением ориентироваться в боевой обстановке и беспощадными расправами с идейными большевиками атаман вызвал симпатии и восхищение в первую очередь у казачьей молодёжи. Не мудрено, что к нему пошло много добровольцев из оренбургских станиц.
В ходе упорных боев в июле-августе красные на Южном Урале потерпели ряд поражений и отступили. Белые, ударной силой которых стал отряд Анненкова, взяли Белорецк и продолжали преследовать отступавшего противника. Таким образом, уже вся территория Оренбургского казачьего войска была очищена от большевиков, и свою задачу отряд выполнил, тем более что на позиции заступила вновь сформированная армия под командованием генерала Ханжина, которая и продолжила наступление. Ханжин хотел оставить анненковцев, сильных не числом, а духом, организованностью, верой в своего атамана, в составе своих войск. Но по приказу штаба Сибирской армии отряд Анненкова отвели на отдых и пополнение, а затем срочно вернули в Западную Сибирь. Временное сибирское правительство, напуганное размахом славгородского восстания, хотело примерно наказать взбунтовавшихся крестьян, и для этого решила использовать снятую с фронта свою самую боеспособную воинскую часть. Но Анненков превзошёл все ожидания, расправа над восставшими оказалась столь скорой и ужасной, что имя атамана стало олицетворением уже не столько бесстрашного и умелого командира, сколько кровавого палача.
Подавление восстание в Славгородском уезде способствовало проведению в прилегающих областях призыва в белую армию новобранцев 1898-1899 годов рождения. Мобильный и послушный воле своего атамана отряд не только пресек неповиновение, но и изъял в уезде более двух тысяч винтовок привезенных с германского фронта, собрал с провинившегося населения хлеб и деньги. Отзывая прославившегося на Урале атамана и его сверхбоеспособный отряд, завистники из войскового штаба в Омске рассчитывали, что Анненков вдали от боевых действий закиснет, воинский дух и дисциплина его отряда, в результате карательных операций, неминуемо упадёт. И в конце-концов, он из героя войны с большевиками должен превратиться в обыкновенного душегуба-карателя, которому, после неминуемой победы белого движения, вряд ли перепадёт много славы и наград. Чрезмерная популярность всегда рождает много врагов. Но злопыхатели на этот раз просчитались. Они никак не ожидали, что у молодого атамана кроме талантов боевого командира, окажутся в наличии и чисто жандармские, умение быстро приводить в полное повиновение целые области, в которых полыхали, казалось бы, невероятные по размаху восстания. Ко всему Анненков оказался и прекрасным администратором. В том же покоренном Славгородском уезде им было мобилизовано и отправлено в распоряжение Сибирского правительства одиннадцать тысяч новобранцев. Причем многие из тех мобилизованных добровольно просились в его отряд, который развертывался в "Партизанскую дивизию". Сибирское временное правительство не могло не отблагодарить Анненкова за Славгород, и 19 октября ему 29-летнему присвоили звание полковника.
Жестокость и храбрость, на войне эти качества соседствуют, сочетаются. Крайне жесток был и атаман Анненков, но в то же время обладал даром очаровывать, заражать людей своим примером, идеями. Жестокими и бесстрашными были или становились его соратники и подчиненные, ведь они верили ему, брали с него пример. Он их называл братьями, и они искренне считали его своим старшим братом...