Однако и в это время существовала область, в которой создавались на санскрите произведения первостепенной важности, во многом сохранившие своё значение и для нашего времени. Прежде всего речь идет об учёных трактатах по философии и логике. Нагарджуна, великий учёный и тонкий писатель, последовательно развил некоторые основные положения махаяны и, исследуя категорию причинности, пришёл к отрицанию реальности бытия внешнего и внутреннего миров, к отрицанию веры в бога, к созданию весьма стройной и законченной теории об относительности (см. Мадхъямика-шастру). Ученики и последователи На-гарджуны в течение нескольких столетий развивали отдельные стороны его учения (Арьядева, Шантидева, Буддхапалита, Чанд-ракирти). Не менее напряжённой была работа философской мысли в других школах буддизма, особенно среди виджнянавадинов (или йогачаров), выступавших против учения Нагарджуны в той его части, которая отрицала реальное существование ума. Оппоненты мадхъямиков справедливо указывали, что, приняв положение о нереальности, следовало бы считать, что все рассуждения ложны или, во всяком случае, их истинность не может быть доказана. Единственный выход из противоречия - признать реальность внутреннего мира (ума). Так считали Асанга и Васубандху - крупнейшие представители направления, основные черты которого были определены Ф.И. Щербатским следующим образом: "Оно объявляет всякое метафизическое познание невозможным, ограничивает область познаваемого исключительно сферою возможного опыта и задачу философии полагает не в исследовании сущности и начала всех вещей, а в исследовании достоверности нашего познания".
Усиленные поиски объективных критериев достоверности познания и необходимость теоретической защиты тех или иных положений в сочетании со взглядами, сложившимися в некоторых школах буддийской философии в предшествующий период, привели к созданию особой логической школы, лучше всего представленной трудами Дигнаги и Дхармакирти, живших в середине I тысячелетия н. э. (их труды, написанные на санскрите, дошли до нашего времени, как правило, в тибетских или - в меньшем числе - в китайских переводах).
Понятно, что, анализируя познание, индийские логики, подобно некоторым направлениям современной математической логики, не могли не столкнуться с проблемой языка науки ("теория наименований"), с теорией отношений и отрицательных характеристик соотносимых сущностей, с вопросами, связанными с разбиением познания в соответствии с категориями, различаемыми мышлением. В этой связи становится понятным расцвет грамматической мысли в Индии спустя тысячелетие после Панини.
Буддистами были лучший лексикограф своего времени Амарасинха, известный специалист в области грамматики и поэтики Чандрагомин и блестящий языковед-философ Бхартрихари, изучавший вопросы отношения слова и предложения, принципы определения значения слов (по существу, дистрибутивные), правила сочетаемости слов друг с другом, в пределах которой фраза не становится бессмысленной (ср. некоторые современные учения об обусловленности возможности сочетания слов их логической природой). Созвучность мыслей Бхартрихари многим идеям, возникшим уже в наши дни, становится всё более осознанной и ясной.
Уже не раз отмечалось, что буддийская литература на санскрите оказала могучее влияние не только на многие области традиционной для Индии литературы и науки (ср., например, влияние буддийской философии на Шанкару, виднейшего представителя философии веданты, и на Кумарилу, развивавшего идеи мимансы), но и далеко за пределами Индии. Так, в Тибете переводы индийских текстов образуют два больших собрания весьма различного содержания - знаменитые Ганджур и Данджур и очень популярный сборник сутр, не говоря уже о многочисленных переводах художественной и научной литературы, повлиявших на местную традицию. В Китае сохранилось огромное количество буддийской литературы Индии. Более того, она была дополнена неоценимыми в качестве источников описаниями путешествий китайских паломников в Индию и выдающимися произведениями, принадлежащими к своеобразному направлению в развитии китайской буддийский лирики. В японской литературе - в стихах и прозе - с давних пор нашёл отражение сплав буддийских идей, прошедших, как правило, через призму китайской традиции, с китайскими формами и местными образцами. В Монголии скрещивались буддийские влияния, шедшие через Тибет (ср., например, "Сутру Золотого Блеска", проникшую далеко на Запад к уйгурам и калмыкам, джатаки и т. п.), с буддийской литературой, переводимой с китайского (как, например, знаменитая "Сутра Белого Лотоса"). В Восточном Туркестане за последние десятилетия обнаружены ценнейшие фрагменты буддийской художественной и религиозной литературы иранских, тюркских и тохарских народов. Особое направление получила буддийская литература в странах Юго-Восточной Азии, где, однако, влияние литературы на санскрите уступает место влиянию буддийских произведений на пали.
Основное ядро палийской литературы - буддийский Канон. Именно падийская версия, созданная сектой тхеравадинов, отличается наибольшей полнотой и, как правило, аутентичностью. Произведения, входящие в Канон, образуют Типитаку ("Три корзины [закона]"). Хронология её едва ли может быть сейчас определена с достаточной точностью, как, впрочем, и большинство других дат в истории древней Индии. Очевидно, что составление Канона не могло иметь места раньше смерти Будды и, по-видимому, позже Третьего собора в Паталипутре в середине III в. до н. э. Поэтому эти крайние вехи являются весьма существенными. Что касается даты смерти Будды, то существуют довольно значительные расхождения между цейлонской традицией (поддержанной недавно П. Ч. Сенгуптой), которая считает, что нирвана была в 544 г., и более распространённым и, нужно думать, более верным взглядом, относящим эту дату примерно к 80-м годам V в. до н. э. Как известно, предание сообщает, что уже на Первом соборе в Раджагрихе, состоявшемся вскоре после смерти Будды, между его учениками и последователями возникли разногласия по ряду вопросов. Ближайшие сподвижники Будды изложили основные принципы его учения: Упали говорил о правилах поведения, Кашьяпа - о метафизических взглядах, а Ананда сообщил притчи и рассказы, слышанные им из уст Будды. Можно думать, что эти выступления и послужили основой и первым наброском будущей Типитаки. Однако целый ряд конкретных соображений из истории первоначального буддизма заставляет предполагать, что окончательный свой вид Канон приобрёл века на два с лишним позже, хотя записан он был лишь в 80 г. до н. э. на Цейлоне при царе Ваттагамани.