Часовню Крюйса снесли в 1730 г. из-за ее ветхости, после чего богослужения перенесли в дом, купленный общиной Голландской церкви за 315 руб. 75 коп. Участок с этим домом располагался на углу реки Мойки и (будущего) Невского проспекта .
Помещение церкви построили на Мойке между участком полиции и домом пастора. С Мойки был и вход в церковь. "Церковь эта имела вид обыкновенного здания; богослужение отправлялось в большой зале, – сообщалось в православной печати. – Первым пастором был Грубе" . Несмотря на то что община никогда не была большой, за исключением короткого периода в XVIII в., она всегда имела священников; некоторые из них – заметные и интересные личности. Преемником скончавшегося в 1724 г. первого пастора голландской церкви Х. Г. Грубе стал Г. Крамер, в течение последующих 20 лет, вплоть до своей смерти в 1744 г., служивший общине .
Пастор Й. Гаргон (служил на приходе с 1770 г.) – первый летописец истории голландской реформатской церкви в Санкт-Петербурге. Он пишет, что новое здание храма построено в 1741 или в 1742 г. под наблюдением пастора Г. Крамера . Однако петербургский историограф Федор Туманский приводит более раннюю дату постройки: "Реформатская голландская каменная (церковь), в 1739 году заведенная, состоит близ Зеленого моста в доме ныне купца Брауера" . Это противоречие можно упразднить, если допустить, что 1739 г. – начало возведения храма, а 1741–1742 гг. – завершение строительства.
Необходимые на постройку средства получили в виде пожертвований от Генеральных штатов – 2000 гульденов и от сбора средств в Амстердаме, принесшего около 5000 гульденов. Члены общины и заинтересованные лица в Санкт-Петербурге внесли также свои вклады в строительство .
В 1744 г. любимого прихожанами пастора Крамера сменил пастор Й.Ф.Х. Карп (1719–1794). Его служение на этой должности закончилась плачевно в 1749 г. – ссорой с церковным советом. Конфликт возник из-за расхождения во мнении о назначении солиста церковного хора и постепенно перешел в борьбу за власть не только между давними прихожанами и новоприбывшими, в числе которых был и сам пастор, но также между российскими властями и представителем нидерландского правительства. Конфликт разрешился только после продолжительной судебной тяжбы с участием российских властей. Расходы, связанные с судебным разбирательством и с неудачным результатом для церковного совета, поставили общину на грань разорения .
Голландская община в эпоху Екатерины II
По причине затянувшегося внутрицерковного конфликта община смогла назначить следующего пастора лишь в 1770 г., а пока была вынуждена пользоваться услугами пасторов французской и немецкой реформатских общин. С ними у голландцев еще раньше установились прочные связи, в свою очередь они тесно сотрудничали и между собой. Немецкий пастор Л.Ф.А. Дилтей (1726–1767 гг.) находился на службе у французской и немецкой реформатской общин С.-Петербурга, однако при назначении его на должность в 1760 г. голландцы решительно заявили, что также считают его своим пастором .
Одно время даже рассматривался вопрос об объединении всех трех общин в церковное сообщество, однако до дела не дошло. Голландские моряки, с которых взимался "церковный налог", потребовали на этом основании ведения службы на родном языке. Община из-за конфликта с Карпом потеряла почти всех своих членов: если в 1748 г. она насчитывала 176 членов (мужчин), то в 1770 г. их стало всего 22.
Но внутренние конфликты не влияли на укреплявшиеся русско-голландские связи. Так, голландский мастер Петр Броувер (на русской службе с 1741 г.) восстановил сгоревший шпиль Петропавловского собора . Голландец Андрис Форсен (Andries Voorsing), "часового дела мастер", стал первым городским часовым мастером города. Он монтировал и много лет обслуживал часы на Петропавловском и Исаакиевском соборах, церкви Симеона Богоприимца и Анны Пророчицы. Скончался в 1747 г.
Его дело продолжил часовой мастер Оорт Краас Барент (ум. в 1764 г.). Он привез в Петербург новые часы с карильоном для колокольни Петропавловского собора, которые изготовил в Голландии по заказу русского правительства .
В 1770 г. для голландской общины назначили нового пастора – Я.И. Гаргона (1770–1775 гг.). За время его служения к 1775 г. число членов опять возросло . Пастор Гаргон оставил описание интерьера голландского храма: "Расположение кафедры и скамей для пастора, церковного совета и общины – согласно голландскому вкусу, но без стульев, а со скамьями по обеим сторонам до самого конца и с широким подходом к ограде для крещения и кафедре. Вся резьба по дереву покрашена в небесно-голубой цвет, растительный орнамент всюду позолочен, что очень украшает и без того красивую кафедру. Мужчины сидят по правую руку, женщины – по левую, до самого конца на скамьях, скамьи пастора и членов церковного совета, как и у нас, стоят вдоль стен по правой и левой сторонам, неподалеку от ограды. Аналои покрыты зеленой тканью" .
Гаргон сообщает, что в мае 1771 г. из-за сгнивших балок чуть не обрушились чердак церкви и крыша кафедры. Появилась необходимость заменить их, и службы временно были перенесены в одну из комнат Гаргона. В результате ремонта был поднят потолок церкви, пристроена еще одна комната и проложена новая отопительная система. После окончания работ Гаргон написал стихотворение "В честь замечательного ремонта Голландской реформатской церкви в Санкт-Петербурге, оконченного 24 июля 1771 г." .
В 1752 г. на русскую службу поступил Йохан Исаак де Сварт. С 1773 по 1791 г. он являлся нидерландским резидентом и главой голландской колонии в С.-Петербурге. Йохан Сварт подвизался и на церковном поприще, сначала как церковный староста (с 1769 по 1772 г.), а затем как председатель церковного совета голландской реформатской церкви (с 1774 по 1793 г.) .
Среди постоянных и временных прихожан насчитывалось большое количество германо– и франкоязычных членов общины. Появилась необходимость иметь, по крайней мере, двуязычного пастора. В 1769 г. данное желание совершенно четко, с полной ясностью высказал церковный совет. Поэтому преемником Гаргона стал Й.Х.Л. Реутер, немец, который учился в Голландии. Реутер являлся пастором в церкви с 1777 по 1798 г.
Уже упоминалось, что голландские моряки требовали проведения богослужений на своем родном языке, да и другие прихожане, особенно новоприбывшие из Фризенвейна, предпочитали ведение службы на голландском. Это было отражением сложившейся ситуации. Для большинства более или менее постоянных прихожан немецкий – язык повседневного общения, тем не менее новоприбывшие и заезжие оказались в состоянии настоять на проведении богослужений на голландском. В 1777 г. церковный совет постановил, что впредь службы должны будут проводиться как на немецком, так и на голландском языке.