Рабле вернулся, таким образом, к своим естественнонаучным интересам и занимался в это свое пребывание в Риме, которое тянулось месяцев семь-восемь (от августа 1535 до апреля 1536 г.), преимущественно ботаникою. Он не забывал, конечно, и другого. Археология Рима продолжала и в этот приезд привлекать его внимание. Он много бродил по развалинам. Немало времени ушло на устройство важного для него личного дела: он добился у папы прощения за самовольное оставление своего бенедиктинского монастыря. Когда он вернулся на родину, то тут его сразу увлекли в круг совершенно новых для него вопросов.
Если обратить внимание на хронологию отдельных частей его романа, то нетрудно увидеть, что после появления "Гаргантюа" в 1534 году и до 1546 года, когда появилась "Третья книга", Рабле как будто совершенно не интересовался своим романом. Это странное обстоятельство недавно пытался объяснить в комментариях к "Третьей книге" Абель Лефран, известный исследователь жизни и творчества Рабле. Когда Рабле вернулся из второй поездки в Италию, утверждает Лефран, семья дю Белле, которой Франциск I поручил организацию во Франции и особенно вне Франции распространения сведений, нужных правительству, привлекла к этому делу Рабле. Рабле не уклонился: новое положение избавляло его от тревог за личную безопасность, так сильно обострившихся перед второй поездкой. Дело это не было новым. Еще при Людовике XII в первом десятилетии XVI века подобные же литературные поручения выполнял такой крупный писатель, как Пьер Гренгуар, автор известных соти, направленных против папы Юлия II. Ни он в то время, ни Рабле теперь не считали эти занятия предосудительными. Они оба были убеждены, что служат своим пером родине. Следов работ этого рода, принадлежащих Рабле, не сохранилось, ибо они носили в значительной мере негласный характер.
Эти свои секретные дела он мог соединять если не с продолжением романа, то с медициною. В 1537 году он получил в Монпелье степень доктора и в ближайшие годы практиковал как врач в разных местах на юге Франции. В это время у него завязываются сношения с королем Франциском. В середине июля 1538 года он неожиданно оказывается в королевской свите в знаменательный день свидания Франциска с Карлом V в Эгморте. Это свидание было устроено стараниями папы Павла III, обеспокоенного успехами реформационного движения и пытавшегося наладить для борьбы с ним соглашение между двумя сильнейшими католическими монархиями. Соглашение состоялось, и с этого дня эра терпимости во Франции окончательно отошла в области преданий. Репрессии усилились. Сорбонна оказалась снова в чести, и для всякого человека, который имел основания опасаться ее, вставал вопрос о том, как себя обезопасить. А кто мог чувствовать на себе косые взгляды обскурантов больше, чем Рабле? Обе его книги - и "Пантагрюэль" и "Гаргантюа" - были уже осуждены: сорбоннисты были достаточно умны, чтобы понять, как опасен им Рабле. Правда, он был рекомендован королю лицами, которым Франциск доверял. Но этого Рабле казалось мало, и он считал, что не лишним будет принять меры к спасению того, что можно было еще спасти из своих писаний. Он начал с того, что пересмотрел обе свои "грешные" первые книги. В 1542 году он напечатал их вместе, в том логическом порядке, в каком они должны были следовать одна за другой: сначала "Гаргантюа", потом "Пантагрюэль". В этом издании он смягчил нападки на богословов Сорбонны и убрал места, которые могли дать повод к зачислению его в протестанты. Но он не тронул издевательств над чудесами и пародий на Библию, так как устранить их значило бы признать их богохульными.
В 1540–1542 годах Рабле находился при дворе пьемонтского наместника Ланже (Пьемонт в значительной части принадлежал тогда Франции), брата кардинала дю Белле, а в 1545 году он получил от короля привилегию на дальнейшее издание "Пантагрюэля", что было далеко не лишним, так как Сорбонна уже точила на пего когти. "Третья книга", сравнительно невинная, вышла в 1546 году. В ней Рабле совершенно отказался от глумления над церковью и над Сорбонной и даже (гл. 29) погладил слегка по головке "добрых богословов" за то, что они "искореняют ереси" и "внедряют в сердца человеческие истинную… католическую веру". Ему нужно было помириться с Сорбонной и добиться если не благословения ее - на это рассчитывать было трудно, - то, но крайней мере, ее нейтралитета. Единственное, что Рабле позволял себе по-прежнему, - это насмешки, порою достаточно злые, по адресу монахов. Но ото была такая ходячая монета в те времена, что без нее не обходилась, можно сказать, ни одна новелла, и самые суровые духовные цензоры не очень хмурились на выходки этого рода. Плодами предосторожности были в значительной мере план и сюжет "Третьей книги".
Эту книгу можно было бы озаглавить "Панург", ибо беспутный друг Пантагрюэля выдвигается в ней на первое место, а ого неудержимое желание жениться определяет весь сюжет. Строя таким образом книгу, Рабле получил возможность почти совершенно устранить элементы ироикомического эпоса с великанами в качестве главных персонажей. Пантагрюэль становится скорее фоном повествования; чем его протагонистом. Он все время присутствует, огромный, сильный, малоподвижный, но динамику рассказа создают не его интересы, а интересы Панурга. Проблема Панурговой женитьбы дает повод Рабле развернуть во всю ширь сокровища своей учености: филологической, философской, юридической, естественнонаучной. Вопрос о женитьбе перерастает в вопрос об отношениях между мужчиной и женщиной, в анализ общественной и культурной роли женщины. Пантагрюэль рекомендовал Панургу обратиться за советом к богослову, врачу, философу и юристу. А еще раньше Панург уже обращался к астрологу и поэту, вопрошал некую сивиллу, а после четырех ученых консультаций решил, в согласии с Пантагрюэлем, ехать в Китай и спросить там мнение оракула Божественной Бутылки. Все это и дало Рабле повод обнаружить свою эрудицию, а из показа новых лиц возникла целая галерея художественных образов огромной реалистической силы. Сатира Рабле получила тут обильную пищу. Советы, которые с разных сторон даются Панургу, так нелепы и смешны, советчики представляют собой такую великолепную галерею человеческой глупости, особенно лжефилософы схоластической школы - ими еще раз с большим увлечением занялся здесь Рабле, - что эти страницы новой его книги сделались яркой картиной мертвой и уже неспособной воскреснуть феодальной культуры.
Однако все меры предосторожности, принятые Рабле, не помогли. "Третья книга" была осуждена Сорбонной так же, как и обе ее предшественницы. Времена были тяжелые. Инквизиция свирепствовала. Вскоре после выхода "Третьей книги", в том же 1546 году, на площади Мобер в Париже был сожжен старый соратник и друг Рабле, Этьен Доле, которого, несмотря на недавнюю размолвку, он ценил и уважал. На королевскую защиту полагаться было трудно. Франциск, который знал Рабле, был болен, и его смерти можно было ждать каждый день. В следующем году он умер, а с преемником его, Генрихом II, у Рабле никаких связей еще не установилось. Рабле решил, что будет благоразумнее не испытывать судьбу и до лучших времен скрыться из Парижа, куда он приехал, чтобы следить за печатанием книги. Он перебрался за границу и нашел приют в Меце, где стал работать врачом. Кардинал дю Белле поддерживал его материально, а в августе 1547 года взял его снова с собой, в третий раз отправившись в Италию. Уезжая, Рабле оставил своему лионскому издателю ту часть "Четвертой книги", которая была у него готова. Она вышла в свет в 1548 году.
В Италии Рабле пробыл на этот раз довольно долго, до ноября 1549 года. Он общался там с гуманистами, писателями, художниками, дипломатами, пополнял свое образование, описывал празднества, устраиваемые в "вечном городе" его кардиналом. А когда он вернулся во Францию, мрачная атмосфера оказалась сильно прояснившеюся.
Одна за другой последовали смены на престолах, французском и папском. Павлу III наследовал Юлий III, и очень скоро стал обостряться начавшийся еще до нового папы конфликт между Парижем и Римом по поводу раздачи французских бенефициев курией и связанных с нею темных банковских махинаций. Курия и, следовательно, папа все более становились в положение врага, с которым нужно было бороться всяким оружием, в том числе и идеологическим.
По этому случаю покровители Рабле - в их числе появились кардиналы Шатильон и Лотарингский, через которых он перешел на положение клиента могущественных домов Колиньи и Гизов, - в удобный момент напомнили Генриху II о Рабле и об услугах, оказанных стране писателем при его отце. Положение Рабле сразу улучшилось. Теперь уже и кардинал дю Белле мог покровительствовать ему более открыто: в январе 1551 года он дал ему место кюре в Медоне, близ Парижа, связанное с хорошими доходами. Это был обычный в те времена бенефиций, не требовавший фактического исполнения священнических обязанностей. Все свое время Рабле мог теперь тратить на ученые и литературные занятия. Он кончал "Четвертую книгу", которая была полностью напечатана в силу новой королевской привилегии, выхлопотанной кардиналом Шатильоном в 1552 году.
Пока книга печаталась, ситуация для Рабле была такова, что он мог не особенно бояться нападок. Сорбонна угрюмо молчала, а лаяли только озлобленные от усердия шавки, вроде монаха Габриэля де Пюи-Эрбо, который написал на него беззубый донос в 1549 году. Очень показательно то, что год спустя напал на него и Кальвин в памфлете "О соблазнах". Для "женевского папы" было особенно опасно вольнодумство Рабле, который поднимал на смех всякое принуждение в области религии. С такими противниками Рабле не страшно было схватиться. И монаху и Кальвину в "Четвертой книге" посвящено несколько злых и остроумных сентенций.