Подчинились ему и греческие города Малой Азии, где Дарий назначал тиранов, которые должны были платить ему дань и предоставлять военные отряды. Малоазиатские греки должны были участвовать в завоевательных походах персидских царей. Но греки тяготились этой зависимостью и только ждали благоприятного случая, чтобы сбросить персидское иго. Когда в 514 году до н.э. Дарий предпринял завоевание Скифии, двинувшись туда через Фракию и Дунай, греческие отряды охраняли мост через Дунай. Уже тогда в их рядах возник план: разрушить мост и уйти в Грецию, оставив Дария в степях Скифии. Но этому помешал милетский тиран Гистией, понимавший, что гибель персов угрожала бы его собственному положению как правителя Милета. Гистией был возвышен Дарием и вызван ко двору. Вообще, следует сказать, что при Дарии находилось немало греков, среди которых он не только подбирал администраторов в провинции, но и вербовал надежную агентуру.
В 500 году до н.э. в греческих городах Малой Азии вспыхнуло восстание против персов. Его предводитель, Аристагор, искал помощи у европейских греков, но лишь Афины и Эретрия прислали несколько кораблей. Сначала успехи были на стороне восставших, но грозный царь собрал все силы для подавления мятежа. В 494 году до н.э. восстание было подавлено, греческие города вынуждены были вновь подчиниться Дарию и назначенным им тиранам.
Но Дария это не удовлетворило. Желая наказать афинян за помощь, оказанную ими восставшим, он решил завоевать и европейскую Грецию. В этом его поддерживал и поощрял бывший афинский тиран Гиппий, живший при дворе Дария.
Весной 492 года до н.э. персидское войско переправилось через Геллеспонт и при поддержке большого флота двинулось вдоль фракийского побережья. Но у мыса Афон флот был застигнут небывалой бурей. 300 кораблей погибло. А на суше пехота и конница персов понесли большие потери от фракийцев. Армия Дария вынуждена была вернуться обратно. Через два года Дарий направил в греческие города послов с требованием «земли и воды», то есть изъявления полной покорности. В городах Северной Греции, где у власти стояли сторонники Дария, это требование было исполнено (или давался уклончивый ответ). А в Спарте и Афинах царские посланцы были умерщвлены, и верх взяли сторонники вооруженного сопротивления.
Одновременно с дипломатическими мерами Дарий повел и тайную войну против Афин. Широко развернула свою деятельность заранее подготовленная агентура Дария в Афинах. Она действовала как легальными (создание проперсидской партии), так и нелегальными средствами (шпионаж, пораженческая пропаганда, подготовка вооруженного восстания к моменту подхода персидских войск).
Весной 490 года до н.э. персидский флот с посаженным на него войском под начальством Датиса и Артаферна направился прямо через Эгейское море против Эретрии и Афин. Эретрия, располагавшаяся на острове Эвбея, была взята после кратковременной осады. Затем флот направился к греческим берегам, и персы приступили к осуществлению хитро задуманной военно-разведывательной операции.
Персы высадились на берегах Аттики в районе городка Марафон, лежавшего недалеко от берега пролива между Аттикой и островом Эвбея, приблизительно в 40 километрах от Афин. Датис и Артаферн по совету Гиппия высадили лишь небольшую часть своего стотысячного отряда. Это было сделано с расчетом на то, что афиняне направят на борьбу с десантом свое войско, тем самым бросив Афины на произвол судьбы. А там в это время предполагалось восстание, подготовленное проперсидской партией и агентурой Дария, и его сторонники намеревались захватить власть в городе. На помощь восставшим должны были подойти главные силы Дария, которые оставались на кораблях неподалеку от города Фалерон и ждали лишь сигнала, по которому они должны были высадиться в Афинах.