Но Морозов был женат на молодой боярыне Елене Дмитриевне, дочери окольничего, убитого под Казанью, в которую прежде был влюблен Серебряный, до своего отбытия с посольством в Литву, и Елена Дмитриевна сама питала к нему ответные чувства. Лишь долгое отсутствие Серебряного и домогательства чуждого ей князя Вяземского, перешедшего в опричнину, заставили ее выйти за престарелого Морозова. Но Серебряный по-прежнему любит Елену Дмитриевну, и взаимная страсть их вспыхнула с новой силой. Князь оказывался нарушителем семейного очага Морозова, которого искренне уважает и в ответ на это уважение сам пользуется симпатией боярина. Они оба чувствуют, что являются единомышленниками, противниками опричнины, и что у них до некоторой степени общая судьба. Хомяк одновременно двойник и Вяземского: недаром он вызывается быть «охотником», то есть наймитом, чтобы заступить его место в поединке с Морозовым. А двойником Морозова на этот раз оказывается простодушный парень Митька, воплощение исконно русской народной силы, служащий правде и справедливости. У Митьки, кроме того, имеются и свои личные счеты с Хомяком, и Митька в «божьем суде» оглоблей мстит своему оскорбителю: «Я те научу нявест красть!»
Все герои романа резко делятся на два лагеря: боярство и опричнину. В первом несколько равновеликих личностей, своим благородством вызывающих симпатии у читателя. Князь Серебряный — главный герой романа. Рядом с ним столь же значителен боярин Морозов. К ним примыкает тот боярин, которого отравят на пиру в Александровой слободе. Сюда же относятся и терзаемые царской опалой Колычевы, родственники сведенного митрополита. Толстому важно показать и убедить читателя, что боярщина была плодотворной почвой для возникновения сильных, волевых характеров, независимых мнений, благородства, мужества. Поэтому естественно, что вокруг Серебряного группируются добрые и храбрые люди из других сословий, служащих ему верой и правдой. Таков не только его стремянный Михеич, подающий мудрые советы осторожности и осмотрительности в действиях, милый Михеич, сдабривающий всякий раз самые горькие повороты судьбы самодельно-иронической поговоркой: «Тетка его подкурятина». Пристает к Серебряному и разбойничья шайка во главе с Иваном Перстнем, способная благородно послужить как в стычке с опричниками, так и в битве с татарами и уходящая вместе с Серебряным служить отчизне, а не царю на форпосты против татар к Жиздре, где Серебряный, как мы узнаем позднее, и погибнет. Отколовшийся от них Иван Перстень появляется в конце романа снова при дворе Иоанна Грозного как соратник легендарного Ермака уже под именем Ивана Кольцо, с посольством и дарами из Сибири. Он оказался также служителем отчизне, вопреки царским преследованиям и указам, и поставил себя выше царского гнева, даже вызволил у Иоанна невольную благодарность.
Образ князя Серебряного вызывает симпатии читателя, но перед А.К.Толстым вставала опасность слишком прямой идеализации своего героя и, следовательно, его упрощения. Автор сам это чувствовал. «Я часто думал о характере, который надо было бы ему дать, — писал Толстой жене, — я думал сделать его глупым и храбрым, дать хорошую глупость, но он слишком был бы похож на Митьку». Толстой нашел средства усложнить и обогатить образ героя. Рыцарская прямота действий Серебряного, верность правде без рассуждений — это и есть «хорошая глупость». На ее основе вырастает особое духовное ясновидение героя: безошибочное суждение о правде и кривде. Мы не раз видим, как Серебряный своим благородством помыслов ставит в тупик злокозненных людей, расчетливых хитрецов, даже самого царя.