Младший Разумовский был изрядно образован, при том оставаясь скромным православным человеком, приверженцем древнего благочестия и традиций. В 30 лет он выслужил превосходительный чин, отказался от дальнейшей карьеры и вышел в отставку, поселившись на Москве в собственном доме. На одном из балов, проводившихся по случаю Светлой Пасхи, он встретился с княгиней Марией Голицыной, доброй и благочестивой, как и он сам. Граф Разумовский влюбился в нее, но как человек чести не смел претендовать более чем на приличествующее ее положению общение. Княгиня была замужем, не особенно любила своего мужа – человека, подверженного азартным играм, и изрядного мота, для поддержания своего реноме раскуривавшего иной раз трубку крупными денежными купюрами. Удача улыбнулась влюбленным совершенно с иной стороны. Эксцентрик по натуре, князь Голицын в один прекрасный вечер проиграл графу Разумовскому собственную жену в карты – к великому для той счастью. Оформить развод в те времена было долгим и сложным делом, но тем не менее в Петровско-Разумовском появилась новая хозяйка. Этот союз не был благосклонно принят в свете, но неловкую ситуацию разрешил сам государь Александр Павлович, на одном из балов назвав княгиню Голицыну графиней. После того законность их супружества уже более не подвергалась сомнению – по крайней мере, публично. Граф Лев Кириллович, как известно, унаследовал отцовскую бережливость и радение о собственности, доходящей до совершенства. В 1804 г. он пристроил к Петропавловской церкви «зимний», отапливаемый придел, нареченный в честь Казанской иконы Божией Матери, пожертвовал немало средств на украшение царских врат и алтаря домовой церкви и собрал образцовый хор певчих.
В 1812 г. войска императора Наполеона, вторгшиеся в Россию, добрались, наконец, и до Белокаменной. В Петровско-Разумовском расположились на постой конная армия и штаб маршала Нея, пожалованного французским императором титулом «князя Москворецкого»; сюда, если верить бытописателям, приезжал и сам Наполеон. Петропавловский храм, как водится, осквернили и ограбили, взяв из него все, что не успели спрятать хозяева. Многие деревья в московском Тюильри порубили на дрова, а при прощании с негостеприимной столицей запалили графскую усадьбу, предварительно вывезя из нее картины, скульптуры и книги. По окончании Отечественной войны граф Лев Кириллович, посокрушавшись о содеянном, снова взялся за восстановление Петровско-Разумовского, преуспев в этом деле так, что со временем усадьба ничем не отличалась от своего прежнего великолепия, разве что меньшим количеством деревьев.
В 1818 г. граф Разумовский умер, не оставив после себя наследников, и с его смертью пресеклась история этого родового владения. Супруга пережила графа на 47 лет. Законных детей Разумовский не имел; у него были воспитанник, Ипполит Иванович Подчаский, и две воспитанницы. В 1820 г. усадьба была куплена московским градоначальником князем Долгоруковым, а в 1829 г. перепродана им за 210 тыс. руб. безвестному московскому аптекарю П.А. фон Шульцу. Фармацевт, чуждый романтике допетровской Руси и блистательной екатерининской эпохи, принялся сдавать его в аренду кому попало, повелел вырубить деревья на дрова, использовать земли под сенокосы на продажу и под обустройство дач. Все, что могло хоть в малой степени приносить доход помимо строго аптекарской деятельности, было пущено в оборот. Ничто не останавливало предприимчивого фон Шульца от извлечения вожделенной прибыли. Если даже в «купчих» запрещалось рубить ценные деревья, по распоряжению фармацевта их просто пилили. Без прежних крупных вложений нового владельца в усадебное хозяйство – обветшавший дворец с каскадом прудов – оно быстро пришло в упадок. Некогда тенистые сады Разумовского стали совершенно запущенными. Об этом стало известно государю Александру II, распорядившемуся выкупить за условленные средства из казны усадьбу Разумовского, отдав ее под учрежденную Сельскохозяйственную академию, как хотел устроить еще сам Петр Великий. В январе 1861 г. Министерством Двора и уделов усадьба по высочайшему повелению была выкуплена в казну за 250 тыс. руб. «с целью учреждения агрономического института, фермы и других сельскохозяйственных заведений»; ее стали перестраивать под новое, столь необходимое в то время учебное заведение. Оно было названо Петровской земледельческой и лесной академией, по названию места, где располагалась.
3 декабря 1865 г. Петровская земледельческая и лесная академия открылась для всех желающих получить сельскохозяйственное образование. Домовая Петропавловская церковь графов Разумовских стала домовым храмом Петровской академии. Он вновь обрел важное практическое назначение. Первым настоятелем академического Петропавловского храма и преподавателем богословия в академии стал профессор о. Яков Головин. Своими усилиями отец Яков обустроил собственный деревянный дом с мезонином на Вязовой улице в Петровско-Разумовском, получивший обиходное название «дома священника». Его сын, Александр Яковлевич Головин, избравший тропу изящных искусств, стал впоследствии известным русским художником. В Третьяковской галерее есть картина «Грот в старом парке», созданная Головиным под впечатлениями детства. А в 1907 г. директором института стал профессор-почвовед В.Р. Вильямс – памятник ему и теперь стоит на месте Петропавловской церкви. Довольно мирная страница открылась и в истории Петровско-Разумовского парка. Москвичи обожали приезжать сюда «на природу», на народные гулянья с невинными увеселениями – кататься на лодках, отдыхать на траве с плетеной корзиночкой снеди у самовара. Здесь же с удовольствием селились дачники. И потому в 1886 г. сюда специально был проведен маленький рельсовый путь, соединивший Академию и дачников Петровско-Разумовского с городской сетью конной железной дороги. Однако конный трамвай не полюбился Академии: он был очень медленным, лошади вязли в грязи среди полей, холодные вагоны на открытом пространстве пронизывал ветер, и администрация настояла на «паровичке» – вагоне на паровой тяге. За проезд от Академии до Бутырской заставы платили 10 коп., но академия договорилась с руководством дороги о льготной плате для студентов и преподавателей. Кондуктором на этой «самой дачной линии» одно время был писатель К.Г. Паустовский, разжалованный из вагоновожатых за аварию. Он тоже оценил красоту природы Петровско-Разумовского, громаду его лип и кленов, лимонную бледность его осин...
В местном парке любили гулять А.Н. Островский, М. Ермолова, М. Пришвин, здесь впервые встретились русские «короли репортеров» В. Гиляровский и В. Дорошевич. Лев Толстой ходил сюда пешком из Хамовников – дочь директора Академии была женой старшего сына писателя, Сергея Львовича. Андрей Белый вдохновлялся в парке Петровско-Разумовского для романа «Петербург», вживаясь в былую память о Нечаеве и Иванове. А.П. Чехов любил ездить сюда не только на пикники, но и ловить бабочек, в то время как очарованные видом знаменитого писателя студенты периодически устраивали на него вылазки: Чехов сердился и уходил, бросая сачок. Художник И.И. Шишкин написал здесь картину «Пруд в старом парке», о котором сказано потом у Ходасевича: «Снег на дворике московском // Иль в Петровском-Разумовском // Пар над зеркалом пруда».
В 1911 г. настоятелем Петропавловского храма и преподавателем богословия в Московском сельскохозяйственном институте, то есть в бывшей Петровской академии, стал выдающийся пастырь, священномученик о. Иоанн Артоболевский. Родом из Пензы, из семьи священника, он окончил Московскую духовную академию, одно время занимался историей в Московском археологическом институте, посещал лекции В.О. Ключевского, а в 1905 г. принял священнический сан. Через несколько лет о. Иоанна избрали профессором и заведующим кафедрой богословия в Московском сельскохозяйственном институте – вопреки желанию министра просвещения, который не соглашался с его кандидатурой, считая его «либералом». О. Иоанну суждено было стать последним настоятелем этой церкви. После указа Совнаркома «об отделении церкви от государства и школы от церкви» кафедра богословия в Московском сельскохозяйственном институте была упразднена. Домовая церковь, согласно большевистскому декрету, была отделена от института и превратилась в обыкновенный приходской храм, в котором продолжал служение о. Иоанн, в 1919 г. возведенный в сан протоиерея. Первым разрушительным ударом Петропавловской церкви стало изъятие церковных ценностей – акция, подобно урагану пронесшаяся по апрельской Москве 1922 года. Тогда произошло примерно 1414 кровавых столкновений прихожан и представителей власти и красноармейцев, призванных подавлять сопротивление возмущенного народа. После изъятия ценностей московские власти откликнулись массовыми уголовными процессами по делам об изъятии церковных ценностей. По 231 возбужденному уголовному делу было привлечено 732 человека. Им инкриминировалось неповиновение власти, вооруженное сопротивление, хулиганство и т. п.