Дела в марионеточной хунте сразу не заладились. Наполеон, считавший себя либералом, дал инструкцию своему главкому в Мексике не допускать реставрации в стране феодальных порядков. В частности, предполагалось оставить в силе антицерковные декреты Хуареса. Базен во главе 200 французских зуавов ворвался на заседание хунты и заставил ее в письменном виде подтвердить правомочность конфискации церковного имущества. После этого разъяренный архиепископ Лабастида вышел из состава «правительства».
32-летний Максимилиан, получив предложение занять мексиканский трон, поначалу заартачился. Конечно, принц очень хотел стать императором далекой страны, которая представлялась ему в романтическом свете (еще более страстно желал спровадить брата-престолонаследника в Мексику австрийский император Франц-Иосиф). Но Максимилиан, как ни странно, также слыл либералом и потребовал всенародного плебисцита по своей кандидатуре. Здесь он, видимо, брал пример с Наполеона, полиция которого поднаторела в организации всенародных «голосований», которые неизменно одобряли все меры императора.
Во второй половине 1863 года французские войска стали продвигаться на север Мексики, оттесняя Хуареса к американской границе. Во всех занятых городах проводился «плебисцит». Вскоре Форей докладывал результаты всенародного «волеизъявления»: 6,4 миллиона мексиканцев из 8,6 пожелали видеть Максимилиана своим императором.
В конце мая 1864 года Максимилиан со своей молоденькой женой, которая стала называть себя на испанский манер Карлоттой, прибыл на австрийском фрегате в Веракрус. Город разочаровал холодным приемом и непролазной грязью из-за окружавших его малярийных болот и отсутствия даже намеков на систему уборки мусора. Привезенная специально из Вены роскошная карета очень скоро не выдержала мексиканских дорог. Младшему брату Максимилиан с удивлением писал, что в Мехико нет столь необходимых атрибутов светской жизни, как балы и сплетни за чашкой чая. Эти странные мексиканцы, мол, только и любят скакать верхом, наслаждаясь окрестными ландшафтами.
Перед отъездом Максимилиана в Мехико Наполеон заставил подписать его союзный договор, по которому французская армия в Мексике переходила формально под командование нового императора. В обмен тот должен был уплатить Франции 270 миллионов франков в качестве компенсации расходов на «освобождение» страны, а также по 1000 франков в год за каждого французского солдата и взятую с потолка громадную сумму компенсации «ущерба» неким французским подданным в Мексике. Секретные статьи договора предусматривали поступательное сокращение французских войск в Мексике с 38 тысяч в 1864 году до 25 тысяч в 1867 году.
Романтика Максимилиана прозаические деньги не очень занимали, оттого-то он сразу же увеличил налоги для новых подданных в два раза. Это позволило ему назначить себе жалование в 1,5 миллиона песо в год, плюс еще 200 тысяч на любимую Карлотту. За первые полгода в Мексике Максимилиан устроил 70 официальных завтраков, 20 банкетов, 16 балов и 12 приемов, истратив только на вино 100 тысяч песо.
Проблема была лишь в том, что власть империи распространялась только на крупные города, да и то до тех пор, пока там стояли французские гарнизоны. В Мексике развернулась широкомасштабная партизанская война. В ее навыках военачальники либералов поднаторели за время недавних сражений с консерваторами. Интересно, что пресса почти всего мира вскоре стала сравнивать положение войск Наполеона III в Мексике с партизанской войной в России против войск первого Наполеона. Американские газеты отмечали, что «Мексика окажется для него [т. е. Наполеона III], несомненно, тем же, чем стала Москва для его дяди в России». Один из самых видных генералов армии Хуареса Сарагоса тоже говаривал, что для французов «Мексика может стать второй Москвой».
Так и вышло. Многочисленные партизанские отряды, во главе которых, как и в России в 1812 году, зачастую стояли офицеры регулярной армии, блокировали растянутые коммуникации французских войск, что в условиях горного рельефа и бездорожья было отнюдь не сложно. В крупные сражения с французами мексиканцы старались не ввязываться. Французские войска (во главе которых вскоре поставили будущего маршала Базена) мстили повстанцам, дотла сжигая города и деревни. Максимилиан поначалу протестовал против этой жестокости, но Базену было наплевать на сантименты своего «верховного главнокомандующего». В частности, Максимилиан потребовал выслать из Мексики французского офицера Дюпена, командира так называемой контргерильи, т. е. конного антипартизанского отряда, славившегося неимоверной жестокостью. Дюпен действительно уехал, попал на аудиенцию к Наполеону, получил от того полное одобрение своим действиям и героем вернулся в Мексику. Протесты «императора» Максимилиана были проигнорированы.
Надо сказать, что Максимилиан жестоко разочаровал консервативную партию. Он сформировал правительство из умеренных либералов, подтвердил специальной конституцией все демократические права и свободы. К тому же масон-император наотрез отказался вернуть церкви ее имущество. В аграрном вопросе Максимилиан оказался даже радикальнее Хуареса. Он подтвердил земельные права индейских общин и даже создал Совет по делам индейцев для заботы о нуждах коренного населения. Император прилежно учил испанский язык и вскоре произносил на нем речи, появляясь перед публикой в мексиканском национальном костюме. Но все эти либерально-косметические меры ничего не значили в условиях тотальной войны, в которой реальная власть принадлежала Базену.
И все же Максимилиан в 1864 году пребывал в состоянии полной эйфории относительно будущего империи. Хуарес поспешно отступал на север, и его восьмитысячная армия, с которой он ушел из Мехико, таяла как весенний снег. Французский флот вошел в реку Рио-Гранде, чтобы отрезать республиканское правительство от США. Вопреки советам Базена Максимилиан распустил все свои мексиканские части, оставив под ружьем два полка. Лучшие генералы-консерваторы Мирамон и Маркес были усланы с дипломатическими миссиями в Европу (Мирамон стал наблюдателем при прусской армии). Максимилиан опирался в основном на 1,5 тысячи бельгийских добровольцев, именовавшихся «стражей императрицы Шарлотты», и 6,5 тысячи подданных своей родной Австрии, среди которых большинство составляли поляки.
Базен показал себя грамотным и настойчивым военачальником. К концу 1865 года Хуарес оказался уже на самой американской границе в городе Пасо-дель-Норте. Опасаясь реакции США, Базен прекратил преследование, и это спасло республику от полного разгрома. К тому же у Хуареса формально истек срок президентских полномочий, что подвигло генерала Ортегу (он занимался сбором помощи в США) поднять мятеж против президента. Благодаря твердости Хуареса мятеж так и не разросся, а Ортега был арестован.
В октябре 1865 года французы информировали Максимилиана, что Хуарес якобы покинул Мексику и прекратил борьбу. Это дало повод императору 3 октября 1865 года издать специальный декрет, прозванный в Мексике «черным законом». Согласно этому декрету любой мексиканец, захваченный с оружием в руках, считался бандитом, подлежал суду командира захватившей его части и расстрелу в течение 24 часов. Ведь после мифического бегства Хуареса, по мнению Максимилиана, регулярных вооруженных сил республики уже не существовало. Император и не догадывался, что подписал себе этим декретом смертный приговор.
Базен с присущей ему энергией стал проводить октябрьский декрет в жизнь. В секретном циркуляре своим подчиненным командующий писал: «Я прошу вас разъяснить личному составу находящихся под вашей командой частей, что я не разрешаю больше брать пленных». Были расстреляны более 20 тысяч мексиканцев, включая видных военачальников республики. В ответ войска Хуареса тоже прекратили брать пленных. Война за независимость превратилась в войну на уничтожение.