Только после длительного процесса отбора священных книг, когда сложились представления о существовании подлинных, истинных текстов и текстов подложных, искаженных, слово "канон" начало употребляться по отношению к собранию священных христианских книг, ставших образцами, с которыми нужно было сверять все высказывания, проповеди и даже поступки верующих. Такое словоупотребление распространяется с середины IV в., но начало создания канона или, точнее, канонов (ибо у разных групп каноны отличались друг от друга) относится к более раннему времени.
Вопрос о "подлинных" и "подложных" писаниях поставил в сочинении "Против ересей" Ириней. Он подверг критике множество существовавших в конце II в. учений внутри и около христианства, которые считал "еретическими". Слово "ересь" в греческом языке имело широкий диапазон значений. Применялось оно и для обозначения философской школы, учения. В христианских писаниях, в частности в "Деяниях апостолов", этим словом называют религиозные секты, например секту саддукеев (5.17); иудеи назвали христианство сектой (ересью) назореев (24.5), причем это слово не имело специфически отрицательного значения. Затем параллельно с отбором священных текстов и развитием христианской теологии слово "ересь" приобретает негативный смысл, означая учение, расходящееся с истинным.
Главным объектом критики Иринея были многочисленные гностические учения (ереси), которые особенно широко распространились во II в. (им близко учение Маркиона). В противовес их писаниям Ириней выдвигает в качестве единственно истинных четыре евангелия. Он особенно активно защищал подлинность четвертого евангелия, тем самым косвенно свидетельствуя, что оно не было признано повсеместно и вызывало споры: "Четыре есть евангелия, не больше и не меньше, и только пустые, неученые и наглые люди, извращая форму евангелия, вводят их больше или меньше" (111.11). В противовес этим истинным евангелиям Ириней упоминает "несказанное множество апокрифических и подложных писаний" (1.20). Употребленное им слово "апокрифические" впоследствии было распространено на все не признанные церковью христианские книги. Появление этого термина связано с религиозно-философским течением гностицизма (о гностицизме подробнее см. во II части книги). Гностики сами называли свои писания тайными (они даже применяли криптограммы), предназначенными только для "избранных".
Гностики, о которых писал Ириней, пользовались сложной символикой образов, придавали магическое значение числовым сочетаниям, которые тоже могут быть постигнуты только "избранными" и останутся тайной для непосвященных. Именно такой подход и дал основание Иринею назвать сочинения гностиков апокрифами, а так как он полемизировал с гностиками, стремясь доказать, что они искажают подлинное учение Христа, то для него их сочинения, также написанные от имени апостолов, были не только тайными, но и подложными. Такое же словоупотребление (тайные - подложные) встречается у Тертуллиана, христианского философа рубежа II и III вв. В конце II в. встречается выражение "Новый завет" как название собрания признанных священными книг. Евсевий Кесарийский упоминает о сочинении неизвестного автора, направленном против одной из радикальных христианских групп монтанистов; в этом сочинении слова "Новый завет" употреблены применительно к писаному тексту, хотя само понятие существовало значительно раньше. Слово "завет" восходит к идее союза народа с богом, выраженной в библейских книгах; "Новым союзом" назвали себя кумранские сектанты, считая, что старый ("ветхий") союз бога с иудеями потерял силу из-за искажения первосвященниками, фарисеями, вероотступниками истинного смысла божественных установлений, и они заключили с богом "Новый союз".