За 90 верст до города встретил князя владыка Феофил, воевода новгородский, князь Василий Васильевич Шуйский и посадник степенный Ананьин со многими другими духовными, боярами и житыми людьми: владыка поднес две бочки вина, все остальные — по меху вина, и все были угощены обедом. Проведя месяц в дороге, 21 ноября Иоанн въехал в Новгород, встреченный посадниками, житыми людьми, множеством народа, и стал на Городище; владыка прислал двух чиновников своих распоряжаться доставкою съестных припасов ко двору великокняжескому; но великий князь не велел брать от них кормов и осердился на владыку, зачем прислал людей непригожих к делу, незначительных; владыка просил прощения чрез бояр, велел отпускать припасы наместнику своему, и тогда великий князь нелюбье отложил и пожаловал, велел брать кормы; владыка в день приезда бил челом Иоанну, звал его к себе обедать; но великий князь не пожаловал, не поехал и на другой день позвал к себе на обед владыку, посадника степенного, старых посадников, тысяцких и многих знатных людей; в тот же день нашло к нему множество жалобников, новгородцев и уездных людей; одни пришли просить приставов, чтобы не быть ограбленными от ратников, пришедших с великим князем, другие пришли с жалобами на свою же братию, новгородцев. «Потому что, — говорит летописец, — земля эта давно уже в своей воле жила, о великих князьях небрегла и не слушала их, и много зла было в ней: убийства, грабежи, домам разорение напрасное; кто кого мог, тот того и обижал».
23 ноября въехал Иоанн в город (крепость), где был встречен владыкою со всем духовенством, как приказал сам великий князь. В этот день он слушал обедню у св. Софии и обедал у владыки, причем получил дары: три постава сукон, 100 корабельников (червонцев), зуб рыбий да на проводях две бочки вина. На другой день пошли к великому князю с челобитьем, дарами и жалобами разные люди, а на третий явились главные жалобщики — две улицы, Славкова и Никитина, да братья Полинарьины — и жаловались в присутствии владыки, старых посадников, других бояр и житых людей. Иоанн сказал владыке и посадникам: «Ты, богомолец наш, и вы, посадники, объявите отчине нашей, Великому Новгороду, чтобы дали на этих обидчиков своих приставов, как я дал на них своих, потому что я хочу дело рассмотреть; и ты бы, богомолец мой, и вы, посадники, тогда у меня были: хочется мне обиженным управу дать». Новгородцы дали своих приставов, и в воскресенье 26 ноября обидчики и обиженные все стали перед великим князем на Городище в присутствии Феофила и старых посадников; начался суд, и было решено, что жалобы справедливы. Тогда великий князь велел взять обвиненных, главных посадить за приставами, товарищей их отдать на поруку крепкую, в 1500 рублях; архиепископ взял их на поруку. В то же время Иоанн выслал от себя вон и велел схватить Ивана Афанасьева с сыном за то, что советовали Новгороду отдаться за короля.
Прошел день, другой; на третий явился на Городище владыка и посадники бить великому князю челом от Великого Новгорода, чтобы пожаловал, смиловался, велел освободить посаженных бояр и отдать их на поруку. Великий князь челобитья не принял и сказал: «Известно тебе, богомольцу нашему, и всему Новгороду, отчине нашей, сколько от этих бояр и прежде зла было, а нынче, что ни есть дурного в нашей отчине, все от них; так как же мне их за это дурное жаловать?» В тот же день посадник Ананьин с тремя главными товарищами скованные были отправлены в Москву. Спустя несколько времени пришел опять Феофил с посадниками и многими другими людьми бить челом о помиловании тех товарищей Ананьина, которые даны были на поруку; это челобитье великий князь принял, велел только взыскать с виноватых 1500 рублей истцовых убытков да свои судные пошлины (свою вину).