Новгородцы не могли не понимать всей опасности своего положения, не могли не видеть, что против сына Василиева не будет им помощи ни от кого из князей Северной Руси, и потому должны были искать помощи в другой стороне. Кроме великого князя московского, теперь сильного, спокойного, замышлявшего нанести последний удар Новгороду, был еще великий князь литовский, который назывался также и русским; к этому князю отъезжали из Северо-Восточной Руси все князья недовольные, лишенные отчин, угрожаемые князем московским; к нему обратились и новгородцы в последний, решительный час. Но великий князь литовский и вместе король польский был католик; отложиться от московского князя и поддаться литовскому, отложиться от московского митрополита и признать свою зависимость от митрополита киевского, митрополита подозрительного по своему поставлению, ученика Исидорова, в глазах многих, в глазах большинства в Новгороде, в глазах всего северного русского народонаселения значило изменить православию, приложиться к латинству или по крайней мере подвергнуть древнее благочестие сильной опаcности. Таким образом, мысль о подданстве великому князю литовскому встречала сопротивление в господствующем чувстве большинства в Новгороде, в привязанности к вере предков; таким образом, Москва в окончательной борьбе своей с Новгородом имела могущественного нравственного союзника, обещавшего верную победу; этот союзник было православие.
И прежде не раз великие князья литовские предлагали свое покровительство Новгороду; их предложения были отвергаемы; и нельзя не заметить, что главным побуждением к тому было иноверство Гедиминовичей, хотя, с другой стороны, и от Москвы не было еще тогда такой опасности, которая бы заставила новгородцев быть внимательнее к предложениям из Литвы. Но мысль, что рано или поздно придется просить помощи у Литвы, эта мысль не могла уже быть чуждою в Новгороде, и здесь нашлись люди, которые не разделяли мнения большинства относительно препятствий к соединению с Литвою. Заметно было уже и прежде раздвоение между гражданами новгородскими, между лучшими и меньшими людьми; теперь, в решительную минуту, это разделение повело к разномыслию относительно самого важного шага, а это разномыслие в свою очередь усиливало вражду между сторонами. Есть известие, что будто бы еще в тридцатых годах столетия была в Новгороде смута от желания знатных людей присоединиться к Литве В решительную минуту борьбы Новгород был разделен; в Москве не могли не знать о существовании литовской стороны, которая, разумеется, должна была утверждать, что соединение с Литвою вовсе не опасно для православия, что в старом Киеве такой же православный митрополит, как и в Москве. Для ослабления литовской стороны надобно было возражать на это, надобно было удержать прежде всего владыку новгородского от признания киевского митрополита Григория православным, законным, и вот Иоанн III посылает к владыке Ионе с такими речами: «Тебе известно, откуда пришел этот Григорий и от кого поставлен: пришел он из Рима, от папы, и поставлен в Риме же бывшим цареградским патриархом Григорием, который повиновался папе с осьмого собора. Ты знаешь также, за сколько лет отделилась греческая церковь от латинской, и святыми отцами утверждено, чтоб не соединяться с латинством.