Но как такое окаянное дело, в целых веках редко случающееся, неведомыми судьбами Божиими по сие время не решилось, а перед немногим только временем подано нам от Сената нашего докладом и между тем некоторые участвующие яко орудие в сем убийстве уже померли, главные же самые убийцы живые на земле остаются в тюремном заключении, то сие самое столь долговременное продолжение их жизни наипаче привело нас в размышление, угоднее ли Богу будет лишением живота по законам строжайшим сих злодеев наказать и яко прямо отступивших от веры Христовой и от закона естественного истребить или, ведав их преступление отчаянное, соблюсти души их от вечной муки истинным к Богу покаянием без нарушения нашего правосудия и без соблазна народного, оставя дни и живот их в руки Всевышнего судьи, на собственное совестное раскаяние и всечасное их сокрушение». Затем следует известие об обращении к архиереям и проч. По прочтении манифеста преступники на коленях должны были читать покаянную молитву, нарочно для них сочиненную, а во время обедни, также стоя на коленях, должны были просить всех входящих и выходящих помолиться о них; во время обедни дьякон говорил особую ектению о кающихся, священник говорил проповедь о покаянии убийц. По окончании этого покаяния Алексей Жуков сослан был в Соловки, а жена его — в Далмацкий монастырь в Сибири на покаяние.
С 1758 года тянулось дело вдовы геодезиста Щулепникова, подозревавшейся в убийстве мужа. Сенат подал доклад, что хотя Щулепникова и не винится, но по обстоятельствам дела и кроме оговора состоит подозрительною и по закону надобно ее пытать, но так как она дворянская дочь и дворянская жена, то Сенат не может назначить пытку без высочайшего указа. Но мы видели, что Екатерина постоянно противодействовала пытке; и потому она написала решение, что так как Щулепникова имеет за себя закон, запрещающий верить показаниям против того, кто привел преступника, а Щулепникову оговаривают люди, на которых она указала как на убийц мужа, то она освобождается от пытки, а вместо того должна быть заключена на год в монастырь или в тюрьму, где никто не может ее видеть, кроме священника, который должен уговаривать ее признаться, причем судьи должны допрашивать ее каждые четыре месяца и сравнивать ее допросные речи с прежними. Если она признается в течение этого времени или откроется более доказательств преступления или невинности, то должно поступить по законам. Если она не признается в течение года, то совершенно освобождается. Астраханская губернская канцелярия донесла, что по указу 763 года в приписных городах пыток чинить не велено, но так как приписной город Саратов от Астрахани в 700 верстах, то канцелярия просит, не повелено ли будет производить пытки в Саратове. Сенат приказал: в силу именного указа 764 года стараться, не возя колодников в губернские города, оканчивать дела в указанный срок без пыток.
В это же время Екатерина должна была решить трудное и неприятное дело. Знаменитый граф Алексей Петрович Бестужев-Рюмин имел единственного сына, поведением которого имел полное право быть крайне недовольным. Неудовольствие было давнее, что мы имели уже случай видеть в письме Бестужева к императрице Елисавете; несмотря на то, благодаря значению отца сын быстро поднялся по служебной лестнице, был уже давно генералом, исполнял важные поручения; но теперь, перед самою смертью, старик обратился к Екатерине с просьбой о наказании непокорного сына по решению верховной власти, без суда ссылкою в монастырь. Сначала императрица решительно отказала в просьбе. «Просили вы меня, — отвечала она Бестужеву, — о наказании вашего сына, которого поступки, конечно, всякого похуления достойны. Но кому исправление сына более принадлежит, как не отцу его? Родительская ваша власть, законами утвержденная, ни чинами, ни летами вашего сына не нарушается, кольми паче когда он и службою еще никакою не обязан. Он погрешил перед вами, раздражая дурным своим поведением вас, а перед женою неприличною и жестокою его с нею поступкою. В обоих случаях могут обвинить и наказать его государственные узаконения, если к порядочному правосудию вы прибегнете.