В конце 1468 года они попытались было опять ввести новизну в своем церковном управлении, и опять неудачно: все монахи и священники псковские, все пять соборов, благословивши посадников и весь Псков на вече, сказали: "Хотим, дети, между собою, по правилам св. апостол и св. отец, во всем священстве крепость положить, как нам управляться и жить по Номоканону; а вы нам, дети, будьте поборники, потому что здесь правителя над нами нет и нам самим между собою крепости удержать нельзя, да и вы иногда вступаетесь миром в церковные дела не по правилам: так мы хотим и на вас такую же крепость положить". Псков им отвечал: "То ведаете вы, все божие священство; и мы вам поборники на всякий добрый совет". Тогда все пять соборов и все священство написали грамоту из Номоканона о своих священнических крепостях и о церковных делах и положили грамоту в ларь, а для исполнения грамоты правителями над собой на вече перед всем Псковом посадили двоих священников. Но скоро клеветники встали на одного из этих правителей, и он убежал в Новгород к владыке. Владыка, узнавши о новизне, приехал в начале 1469 года во Псков и спросил: "Кто это так сделал без моего ведома? Я сам хочу здесь судить, и вы бы грамоту вынули и подрали". Все божие священство, посадники и весь Псков, подумавши, отвечали: "Сам, господин, знаешь, что тебе здесь недолго быть и нашего дела тебе скоро нельзя управить, потому что в это последнее время в церквах между священниками смущение сильное, так что всего и сказать нельзя, сами они хорошо об этом знают; так вот, грамоту из Номоканона выписали и в ларь положили по вашему же слову; сам ты, господин, и прежние владыки благословляли пять соборов управлять всякими делами священническими по Номоканону вместе с своим наместником". Владыка сказал: "Доложу об этом митрополиту и дам вам знать, как он прикажет". Митрополит благословил, а великий князь приказал, чтоб псковичи все управление священническое положили на архиепископе новгородском, потому что так искони предано, и весь Псков митрополичье благословение и государя своего, великого князя, слово принял, вынул грамоту из ларя и подрал.
Между тем в Москву приехал из Новгорода посол, посадник Василий Ананьин, правил посольство о своих делах земских новгородских, относительно же великокняжеских жалоб не сказал ни слова и, когда бояре напомнили ему о них, отвечал: "Великий Новгород об этом не мне приказал". Великого князя раздосадовала такая грубость, что новгородцы о своих земских делах к нему посылают и челом бьют, а в чем ему грубят, то забывают; он велел Ананьину сказать новгородцам: "Исправьтесь, отчина моя, сознайтесь, в земли и воды мои не вступайтесь, имя мое держите честно и грозно по старине, ко мне посылайте бить челом по докончанию, а я вас, свою отчину, жаловать хочу и в старине держу". Отправивши такое умеренное требование, без всяких угроз, Иоанн, однако, не очень надеялся на удовлетворительный для себя ответ со стороны Новгорода и стал думать о походе, послал сказать псковичам: "Если Великий Новгород не добьет мне челом о моих старинах, то отчина моя Псков послужил бы мне, великому князю, на Великий Новгород за мои старины".
В таком положении находились дела, когда в ноябре 1470 года умер новгородский владыка Иона, а чрез два дня после его смерти приехал в Новгород брат киевского князя - наместника Семена, Михаиле Александрович или Олелькович, выпрошенный Новгородом у короля Казимира, приехал в сопровождении многочисленной толпы и был принят с честью. Принимать с честью князей литовских и давать им кормление на пригородах не было новостью для Новгорода, и подобные приемы прежде не вели к разрыву с московскими князьями, которые продолжали держать в Новгороде своих наместников.