Его повествование более краткое и, если можно так сказать, более историзованное – он скрупулезно прослеживает в Библии линию именно человеческой истории. В одиннадцатой книге он доходит до времен Александра Македонского. С двенадцатой книги содержание «Иудейских древностей» перекликается с содержанием «Иудейской войны», но события раскрываются более подробно, более широко, порой в иной версии. Как и в первой своей книге, Иосиф Флавий излагает историю евреев на фоне всемирной истории.
При работе над «Иудейскими древностями» автор использовал большое количество источников, многие из которых до нас не дошли. Он приводит множество текстов государственных указов, цитирует договоры между государствами. Опирается Иосиф и на труды своих предшественников – историков Страбона, Полибия, Тита Ливия, Азиния Поллиона, Николая Дамасского и других. Для первых же книг «Иудейских древностей» главным источником, конечно, была Библия.
Трудно переоценить значение трудов Иосифа Флавия для научной библеистики. Как в «Иудейской войне», так и в «Иудейских древностях» он предпринял попытку представить в наивыгодном свете историю и культуру древнееврейского народа. Понимая всю ответственность поставленной перед собой задачи, Иосиф выработал своеобразный подход к материалу библейских книг. В основном следуя тексту Септуагинты, он опускает или подает иначе все то, что представляет его народ в невыгодном ракурсе. Так он игнорирует в своем пересказе Ветхого Завета эпизод с продажей Исава Иакову своего первородства, сведения о кровосмесительстве Иуды и Фамари, Лота и его дочерей, об убийстве Моисеем египтянина и о других нелицеприятных событиях.
Своеобразно его отношение к чудесам, о которых рассказывает Библия. В большинстве случаев он стремится при первой возможности дать им рациональное объяснение. В остальных же местах ограничивается простым пересказом библейского текста. К некоторым ветхозаветным чудесам Иосиф относится явно скептически. Это видно из приведенных им аналогий. К примеру, проход израильтян по дну Красного (Чермного) моря он сравнивает с описанием перехода Александра Македонского через Памфилийское море; при этом он оговаривается: пусть каждый думает о таких сведениях как ему угодно.
Иосиф старается показать, что уже древнейшие представители его народа обладали культурой и образованностью весьма высокого уровня. В этом, по его словам, они не уступали представителям современной ему античной цивилизации. Иосиф щедро наделяет библейских персонажей достоинствами, присущими древнегреческим героям и легендарным царям. Так уже Каин, по Иосифу Флавию, ввел систему мер и весов, учредил межи на полях, а Сиф и его дети освоили астрономию. Иосиф сообщает, что первый человек Адам предсказал конец мира от потопа или вселенского огня. Притянутыми выглядят его вставки о преследовании Авраама месопотамскими земляками за единобожие и о том, что именно Авраам научил египтян математике и астрономии.
Заметно приукрасил Иосиф Флавий и достоинства древнееврейской литературы. В его передаче Пятикнижия последняя песнь Моисея написана гекзаметром, а псалмы Давида – пентаметром. Царю Соломону приписываются три тысячи книг и парабол. По мнению Иосифа, древнееврейской литературе присущи ритм и музыкальность, свойственные древнегреческой изящной словесности.
Во всем этом проявилось стремление Иосифа Флавия создать как можно лучшее мнение о древних евреях у иноземных читателей, прежде всего у его высочайших покровителей из императорской династии Флавиев и их придворного окружения. Вероятно, в этой части своего труда Иосиф использовал и иудейские народные предания.