Вместе с тем следует отметить, что библейские законы Иосиф пересказывает кратко, с большими пропусками. Возможно, это объясняется тем, что он имел намерение посвятить этой теме отдельное сочинение.
Критика трудов Иосифа Флавия обильна и разнообразна. Раньше всех, начиная с XVII века, недоверие к нему выразили богословы разных вероисповеданий. Их возмущало его открытое и необъясненное пренебрежение к тексту Священного писания. Таких примеров, действительно, можно привести много. Иосифа часто обвиняли в самовосхвалении и неумеренном честолюбии. Даже авторские экскурсы высокого литературного достоинства признавались великим кощунством. У соплеменников же недовольство вызывала эллинизация Ветхого Завета.
В то же время светская критика его произведений была не всегда объективной и аргументированной. Последнее во многих случаях относится к подозрениям о слабом знании Иосифом как родного языка, так и древнегреческого. Однако, как показали последующие исследования, замеченные у него огрехи в равной мере присутствуют и в трудах других авторитетов древности, в основном как описки переписчиков.
Несомненно, Иосиф Флавий владел древнееврейским, арамейским, греческим, латинским, а возможно, даже набатейским и арабским языками. В своей книге «Против Аппиона» он говорит: «Свое сочинение о древностях я составил... на основании наших священных книг, так как сам принадлежу к священническому роду и основательно изучил философию, заключающуюся в тех книгах».
В «Иудейских древностях» содержится много ценного, порой уникального, исторического материала. Это относится, например, к истории эллинистических государств, Парфии, Армении, Набатейского царства. Римской державы, к истории покорения Римом государств Передней Азии. Не случайно в средневековье и в новое время эта книга Иосифа Флавия считалась одним из важнейших источников по древнеримской истории, наряду с сочинениями Тита Ливия, Тацита, Светония, а один из наиболее эрудированных христианских авторов IV-V веков Иероним назвал Иосифа Флавия «Титом Ливием греков».
Однако для христиан, пожалуй, наиболее важным в труде Иосифа Флавия было первое нехристианское свидетельство об Иисусе Христе, помещенное в 18-й книге «Иудейских древностей». Вот оно: «Около этого времени жил Иисус, человек мудрый, если Его вообще можно назвать человеком. Он совершил изумительные деяния и стал наставником тех людей, которые охотно воспринимали истину. Он привлек к себе многих иудеев и эллинов. То был Христос. По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил Его к кресту. Но те, кто раньше любили Его, не прекращали этого и теперь. На третий день Он вновь явился им живой, как возвестили о Нем и о многих других Его чудесах боговдохновенные пророки. Поныне еще существуют так называемые христиане, именующие себя таким образом по Его имени».
Это место позднее вызвало бурные споры относительно своей подлинности. Многие исследователи (как атеисты, так и теологи) считали, что не мог фарисей Иосиф принимать Иисуса за Христа (мессию) и верить в его воскресение. При этом приводили утверждение видного христианского автора III века Оригена о том, что Иосиф, мол, не считал Иисуса Христом. Весь вышеприведенный отрывок объявлялся позднейшей вставкой, сделанной христианским переписчиком. И мало кто обратил внимание, что тот же Иероним, цитируя Иосифа в латинском переводе, вместо слов «то был Христос» давал «его считали Христом». Но в начале нашего века была обнаружена иная версия этого места, процитированная по-арабски христианским епископом Х века Агапием в его «Всемирной истории», и все стало на свои места: оказывается, Иосиф просто передавал слова учеников Иисуса о своем наставнике, которого именно они считали мессией.